В марте 1940 года М. И. Панкратьев обязал прокуроров республик, краев и областей улучшить контроль за исполнением приказов Прокурора Союза ССР – выяснилось, что они нередко просто подшивались в наряд, оперативные работники с ними не знакомились, исполнение не контролировалось. Панкратьев предложил заносить их в специально заведенные для этих целей книги (отдельно – секретные и несекретные), в день поступления приказа назначать ответственных лиц за его исполнение и обязательно знакомить с ним под расписку всех оперативных работников.
Большое внимание М. И. Панкратьев уделял подбору и расстановке кадров в органах прокуратуры. Он внимательно относился к прокурорским работникам, проявлял о них заботу и, когда мог, пресекал любые незаконные действия в отношении них. Характерен случай, происшедший си. о. прокурора Буда-Кошлевского района Гомельской области Ц. Он был снят с работы Прокурором Белорусской ССР и привлечен к уголовной ответственности за волокиту в рассмотрении жалоб и утерю двадцати пяти переписок с гражданами. Интересно, что прокуратура Гомельской области, привлекая к ответственности за волокиту собственного работника, также заволокитила его дело. Следовало учесть, что Ц. не имел юридического образования, а был «выдвиженцем». Первые три месяца он работал помощником прокурора, а затем ему приказали принять дела районного прокурора. В течение нескольких месяцев он оставался в прокуратуре совершенно один, причем аппарат прокуратуры Гомельской области никакой помощи ему не оказывал. Во время следствия были найдены восемь переписок по жалобам и установлено, что одиннадцать обращений граждан потерял еще его предшественник. В конце концов дело было прекращено, но места своего Ц. лишился и, имея семью из четырех человек, долгое время находился без средств к существованию. Прокурор Союза ССР М. И. Панкратьев восстановил Ц. на работе и указал Прокуратуре Белорусской ССР на недопустимость формального подхода к воспитанию и обучению молодых кадров.
Как Прокурор Союза ССР, к тому же не пользующийся популярностью, Панкратьев, конечно же, не мог что-либо противопоставить тем беззакониям, которые продолжались в стране. Уже через несколько месяцев после его назначения некоторые старейшие работники центрального аппарата обратились с письмом в ЦК ВКП(б), к тогдашнему секретарю А. А. Жданову – о том, что постановление СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 17 ноября 1938 года «Об арестах, прокурорском надзоре и ведении следствия» указало на «грубейшие искривления советских законов органами НКВД и обязало эти органы и прокуратуру не только прекратить эти преступления, но и исправить грубые нарушения законов, которые повлекли за собой массовое осуждение ни в чем не повинных, честных советских людей к разным мерам наказания, а зачастую и к расстрелам». И далее: «Эти люди – не единицы, а десятки и сотни тысяч – сидят в лагерях и ждут справедливого решения, недоумевают, за что они были арестованы и за что, по какому праву мерзавцы из банды Ежова издевались над ними, применяя средневековые пытки».
В письме утверждалось, что не происходит выправления «линии мерзавца Ежова и его преступной клики», а идет обратный процесс и что пришедший на смену Вышинскому Панкратьев «не может обеспечить проведение в жизнь» решения СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 17 ноября 1938 года, «в силу своей неавторитетности в прокурорской среде, а особенно в глазах работников НКВД». Это якобы наглядно проявляется на заседаниях Особого совещания, где «решающее значение и окончательное слово» принадлежит не представителю надзора – прокурору, а Берии и его окружению. Прокуроры просили Жданова «взяться за это дело первостепенной важности». «Подумайте только, – продолжали они, – что сотни тысяч людей, ни в чем не повинных, продолжают сидеть в тюрьмах и лагерях, а ведь прошел почта год со дня решения ЦК партии. Неужели это никого не беспокоит? Поговорите с прокурорами специальных прокуратур (железнодорожной, водной), и они Вам расскажут фактам от которых волосы встают дыбом, и покажут эта «дела», этот позор для Советской власти». Наряду с этим прокуроры просили «исправить грубейшую ошибку» с назначением Панкратьева. «Дайте нам высокоавторитетного руководителя, способного дать по рукам и Берии». Старые работники напоминали в письме о том, что прокуроров нельзя на протяжении десятка лет держать «в полуголодном состоянии», что «полуграмотные юнцы» в аппарате НКВД имели оклады вдвое большие, чем прокуроры центрального аппарата, работающие по десять – пятнадцать лет.
Конечно, это обращение ничего не изменило ни в положении самих прокуроров, ни в отношении к органам прокуратуры со стороны властей. Панкратьев продолжал оставаться на посту. По словам Г. Н. Сафонова, Панкратьев во время заседаний Особого совещания первое время пытался защищать протесты прокуратуры и возражал Берии. Но последний с присущей ему наглостью и бесцеремонностью в присутствии работников НКВД и прокуратуры однажды так отчитал его, что после этого Панкратьев вообще перестал ходить на совещания.