При Панкратьеве появилось пресловутое решение Политбюро ЦК ВКП(б) об освобождении арестованных за контрреволюционные преступления лиц только с согласия органов НКВД. В своих воспоминаниях Н. П. Афанасьев так рассказывает об этом. В начале 1940 года к нему, бывшему тогда заместителем Главного военного прокурора, попало заявление члена Военного совета Ленинградского военного округа Матера, арестованного за причастность к «заговору» Тухачевского и других военачальников. Он писал о том, что незаконно арестован, подвергается избиениям и издевательствам. Изучив дело и допросив Матера, Афанасьев выяснил, что занимавшиеся им лица сами арестованы за фальсификацию материалов следствия. Тогда он предложил допросить следователя, и тот признался, что никаких оснований для ареста не было, что на допросах Матера избивали, наказывали «стойками», не давали спать. Афанасьев вынес постановление о прекращении дела за отсутствием состава преступления. С этим он и пошел к Панкратьеву. Тот с постановлением согласился и попросил оставить дело для изучения, но через несколько дней вернул его Афанасьеву, сказав при этом: «А вы что, боитесь ответственности? Зачем тут мое утверждение? Решали же вы до сих пор дела – решайте и это».
Афанасьев попытался было объяснить, что дело Матера наверняка дойдет до ЦК партии. «Ну и что? – заявил Панкратьев. – Вот тогда, если будет нужно, мы пойдем вместе в ЦК и докажем, что Матер не виноват. А сейчас давайте кончайте дело сами».
Матер был освобожден из тюрьмы, но неосмотрительно явился в Наркомат обороны, а затем в ЦК партии для решения вопроса о трудоустройстве, и его дело снова «завертелось». Афанасьева вызвал нарком внутренних дел Берия. «Как только я вошел, – пишет Н. П. Афанасьев, – Берия стал спрашивать, на каком основании и почему я освободил из тюрьмы Матера и прекратил дело. Я объяснил.
«Да, – ответил Берия, – я вот читаю его дело (оно действительно каким-то образом оказалось у него). Материалов в деле нет, это верно, и постановление правильное, но вы все равно должны были предварительно посоветоваться с нами. На Матера есть «камерная» агентура. Сидя в тюрьме, он ругал Советскую власть и вообще высказывал антисоветские взгляды». Никакой агентуры в деле не было, но Берия повторил: «Надо было посоветоваться с нами, прежде чем решать…»
Утром, едва я пришел на работу, меня вызвал Панкратьев. Он был явно расстроен и сразу же набросился на меня: «Что вы сделали с делом Матера? Получился скандал. В дело вмешался товарищ Сталин, и теперь черт знает что может быть, и зачем было связываться с этим Матером?» Пока Панкратьев испуганно причитал в этом роде, в кабинет вошел фельдъегерь связи НКВД и вручил ему «красный пакет» (в них обыкновенно рассылались важные правительственные документы, имеющие срочный характер). Приняв пакет и прочитав находящуюся там бумагу, Панкратьев вновь обратился ко мне: «Вот видите, чем обернулось для нас дело Матера?»
Бумага была выпиской из решения Политбюро ЦК за подписью Сталина. В ней значилось:
«Слушали: доклад тов. Берия. Постановили: впредь установить, что по всем делам о контрреволюционных преступлениях, находящихся в производстве органов прокуратуры и суда, арестованные по ним могут быть освобождены из-под стражи только с согласия органов НКВД».
В силу личных качеств, в том числе таких, как низкий уровень образования, недостаточная твердость и простодушие, неумение эффектно преподнести властям свою работу (что особенно ярко проявилось на фоне Вышинского – блестящего оратора и эрудита, изворотливого, хитрого и беспощадного), М. И. Панкратьеву трудно было долго удерживаться в кресле Прокурора СССР. Формальным поводом для освобождения его от занимаемой должности 5 августа 1940 года стало якобы необеспечение руководства работой прокуратуры по выполнению Указа Президиума Верховного Совета СССР от 26 июня 1940 года «О переходе на восьмичасовой рабочий день, на семидневную рабочую неделю и запрещении самовольного ухода рабочих и служащих с предприятий и учреждений».
Сразу же после появления этого указа М. И. Панкратьев и Н. М. Рычков издали совместную директиву, в которой предупреждали работников органов прокуратуры, юстиции и судов о том, что отныне вопросы борьбы с нарушениями трудовой дисциплины должны стать для них первостепенными. Было предложено расследовать дела о прогулах в течение трех дней, а рассматривать в суде в пятидневный срок. Но, несмотря на драконовские меры, дисциплина на производстве существенно не улучшилась, хотя следственными органами только за месяц было возбуждено около ста тысяч уголовных дел. Указ встречал противодействие со стороны как рабочих, так и хозяйственников.