Идея патриаршества противопоставлялась традиции управления Церковью посредством государственного чиновничества в лице обер-прокурора бессловесно-послушного Синода. В статье «Нужен ли нам патриарх?», опубликованной в ноябре 1917 года, еп. Андрей отстаивает собственное представление о функциях будущего предстоятеля и возражает противникам патриаршества, видевшим в избрании первосвятителя дань самодержавным традициям, нарушающим принцип соборности православия. Главную задачу патриарха владыка Андрей определяет как нравственный надзор над всей церковной жизнью путем свободы патриаршей проповеди и патриаршего обличения, право на которые дается подвигом личной жизни. «Патриарх будет только председателем будущего церковного управления, – считал владыка, – но с обязательством личной нравственной ответственности за все, что совершается в церкви за время его управления» [130] . Таким образом, «патриарх будет иметь прежде всего не великие права, а великую обязанность: в своей любви и попечении содержать все души христиан православных» [131] . По мнению владыки Андрея, патриарх должен быть гарантом принципа автономии, лежащего в основе возрождения церковной жизни.
Еп. Андрей рисует четкую структуру новой церковной организации, свободной от всякого воздействия светской власти. Синод с патриархом во главе – ответственный перед Собором – регулирует деятельность епархий. Система епархиального управления при этом подвергается глубоким преобразованиям, в первую очередь резко – на порядок – увеличивается количество епископов (соответственно и количество епархий) [132] . Регулярные епархиальные съезды духовенства и мирян обсуждают и принимают решения по всем внутренним проблемам. Параллельно иерархическому управлению организуются имеющие большой вес приходские союзы, воссоздаваемые снизу доверху с целью наиболее полного и плодотворного вовлечения прихожан в церковно-общественную и хозяйственную активность приходов. Приходы должны стать моральной и материальной опорой всей церковной жизни страны, альтернативой тогдашним разрушительным тенденциям.
Материальная независимость Церкви от государства – важнейшая предпосылка свободного строительства приходской жизни. Владыка был твердо уверен в необходимости отказа от 40-миллионной подачки государства, закабаляющей развитие церковной общественности, и создания «общегосударственного денежного церковного фонда» [133] из пожертвований прихожан и поступлений от приходских кооперативных хозяйств.
Таким образом, еп. Андрей видит в принципах патриаршества и автономии основу возрождения Церкви, не оставляя никаких точек соприкосновения ее с государственным аппаратом.
Принцип автономии явно вел к провозглашению отделения Церкви от государства, но потребовалось время, чтобы владыка смог открыто высказать эту идею.
В беседе с главой правительства в мае 1917 года, а в августе и в открытом письме А.Ф. Керенскому еп. Андрей подчеркивает, что «отделение Церкви от государства не страшно для Церкви, но для государства страшно его собственное отделение от Церкви» [134] , подразумевая под этим невозможность строить общественную жизнь, игнорируя нравственное воздействие православия. В этом письме владыка еще рассчитывал на свои рекомендации представителю власти, призывая опереться в деле возрождения государства на здоровые силы общества, «понимающие религиозную психологию народных масс» [135] .
Однако последующее развитие событий вновь продемонстрировало нежелание и неспособность политических деятелей отказаться от своих узкогрупповых догм и вести страну по пути нравственного возрождения. В речах пришедших к власти чуткое сердце владыки улавливает звуки возведения стен новой тюрьмы для веры. Поэтому он высказывается за прекращение всяких контактов с государственными органами провозглашенной в сентябре Российской республики, будучи твердо убежден в невозможности достичь на этом пути положительных результатов.
Это отчетливо прослеживается в выступлениях еп. Андрея на Поместном соборе, где он оказывался в почти полном одиночестве при обсуждении основных вопросов. Владыка резко выступил против апелляции Собора к Временному правительству после принятия закона об изъятии школ из ведения церковных приходов: «Я считаю ошибочными все наши обращения в Петроград с покорнейшими просьбами то о Законе Божьем, то о школах. Нет основания думать, что эти просьбы будут удовлетворены, и тогда мы останемся с одними красноречивыми словами, не имеющими практического значения для жизни» [136] . Когда в Уфимской епархии приходские школы перевели в ведение Министерства просвещения, владыка Андрей незамедлительно распорядился организовать при приходах новые школы. Идентичное постановление было принято и на Соборе.