Изгнав великого святителя из столицы и таким образом достигнув желанной цели своих злобных домогательств, императрица Евдоксия, однако, еще не успокоилась и старалась преуспеть в том, чтобы поскорее уничтожить самые следы существования Иоанна. Даже и в заточении, в качестве беспомощного узника, Иоанн все еще страшен был для нее, и в ее преступной совести все еще гремели обличительные слова: «Опять беснуется Иродиада, опять мятется, опять пляшет и рукоплещет, опять главы Иоанновой ищет». Одно воспоминание об этих словах приводило ее в злобное неистовство, и она действительно продолжала искать главы Иоанновой. Она не преминула дать воинам, отправлявшим его в заточение, строгий наказ, чтобы они обращались со своим узником как можно беспощадней и всячески оскорбляли его, и это с той целью, «дабы умер скорее». Такова сатанинская жестокость этой своенравной женщины!
Варварские воины, конечно, были рады стараться и причиняли великому праведнику всевозможные оскорбления, стараясь всячески отравлять ему жизнь. Посадив его на голую спину лошака, они с жестокой поспешностью гнали животное, делая в один день такие переходы, какие следовало бы сделать только в два или три дня. Не давая ему ни малейшего отдыха днем, они и на ночь останавливались в грязных гостиницах, иногда в еврейских корчмах, а порой и прямо в блудных домах, совершая при нем всевозможные гнусности. В церковь нигде не позволяли ему входить, и когда он заявлял желание об этом, то его подвергали всяким ругательствам и оскорблениям и томили голодом, отнимая положенный ему паек.
Таков был крестный путь великого угодника Божия,
Но оскорбления ему причиняли не одни только грубые варвары-воины. Когда случалось им проходить через города, где жили друзья Феофила александрийского и, следовательно, ожесточенные враги Иоанна, то и эти недостойные пастыри всячески старались излить свою злобу на страдальце; некоторые совсем не впускали его в город, а другие даже поощряли воинов поступать с ним как можно беспощадней.
Один из его смертельных врагов, епископ Кесарии Каппадокийской, некий Фаретрий, позоривший славную кафедру Василия Великого тем, что его главным занятием была псовая охота на зайцев, едва не погубил жизнь Иоанна. С притворным гостеприимством отведя для него особый дом, Фаретрий подговорил монахов произвести на этот дом нападение, и святитель, спасаясь от ярости этих негодных людей, должен был ночью бежать из города, пробираясь по ухабистым горным тропам. Мул под ним при этом споткнулся, и страдалец, упав с него, получил такой сильный ушиб, что долго пролежал в опасном для жизни обмороке.
Положение страдальца было бы ужасным, если бы он не носил в своей собственной душе источника той неизреченной радости, которой никто не может отнять в этом мире и которая нередко прорывалась наружу, когда святитель, в безграничном уповании на всевидящий и благоустраивающий Промысл Божий, неоднократно говорил: «Слава Богу за все». Немалым утешением для него было и то, что в некоторых местах его встречали с глубочайшим сочувствием как епископы, так и народ, и проливали о нем горючие слезы. Особенно трогательным было зрелище в Таврокиликии, где навстречу ему вышло множество девственниц, которые или слышали когда-то его златословесные беседы, или, по крайней мере, читали его великие творения о девстве, сделавшиеся вечным источником назидания и ободрения для всех подвижниц этого рода. Увидев великого святителя, ведомого в заточение, они огласили воздух громким плачем и, проливая горькие слезы, вопили: «Лучше бы было, дабы солнце угасло, нежели уста Иоанновы умолкли». Это зрелище до глубины души тронуло страдальца, и он плакал и сам, находя себе в то же время великое утешение в столь искреннем и глубоком сочувствии даже со стороны тех, которых он никогда раньше не видел и не имел о них никакого попечения.
Местом ссылки для св. Иоанна назначена была отдаленная и бедная деревня Кукуз в Малой Армении, терявшаяся в одной из глухих долин дикого Тавра, где гнездилось разбойничье племя исаврийцев, которые то и дело совершали набеги на окружающие селения, производя грабежи и убийства. В этой живой могиле и должен был проживать бывший патриарх столичного города.