И сам святитель не забывал своих прежних друзей и духовных чад. Он вел с ними оживленную переписку, и особенно с благочестивой диакониссой Олимпиадой, сохранившиеся до нас письма к которой дышат глубоко христианской любовью святителя и отца церкви, не перестававшего и в своем заточении заботиться о духовном благе своих чад. Переписывался он и со многими епископами как восточными, так и западными, и в этих письмах оставался все тем же великим святителем, который, как бы забыв о своем собственном печальном положении, продолжал заботиться о благе и преуспевании церкви Христовой. Мало того, он не оставлял и своей заветной' мечты — возможно шире распространять царство Божие среди сидящих во тьме и сени смертной. Сам находясь в заточении, он, подобно апостолу Павлу во время его нахождения в узах, продолжал заботиться о спасении других и вновь обращал свои взоры к Финикии, где так много уже сделал для разогнания языческой тьмы. Он заботился о снаряжении туда новой миссии, старался утверждать уже ранее основанные там церкви.
Неподалеку от него находилась Персия, которая первоначально представляла весьма благоприятную почву для распространения Евангелия, но в это время христиане стали там подвергаться ожесточенным гонениям, как враги государства. Многие христиане кровно запечатлели свою преданность вере, и положение всех было угнетенное. И вот великий святитель пришел на помощь и к этим угнетенным христианам и своею апостольскою ревностью поддержал христианство и в этой стране. Но более всего его занимала мысль о просвещении светом евангельской истины полуварварских готов, этой молодой силы, которая в своем непросвещенном состоянии представляла угрозу для христианского цивилизованного мира, а с принятием православной веры могла бы обновить дряхлевший греко-римский мир.
Таким образом, ничтожная армянская деревня, о которой раньше едва ли кому было известно, теперь сделалась средоточием апостольства, лучи которого распространялись далеко — во все страны света, и все это потому, что в этой деревне заточено было великое духовное светило мира, светившее не заимствованным, а своим собственным духовным светом.
Когда таким грубым и жестоким образом низложенный и униженный всячески патриарх и в своем далеком заточении продолжал оставаться все тем же светилом миру, каким он был в Антиохии и Константинополе, и когда жалкая деревня Кукуз угрожала затмить самый Константинополь, все это стало до крайности беспокоить тех, кому возвышение Иоанна было равносильно их собственному посрамлению. Все уцелевшие от праведной кары Божией и оправившиеся от страхов враги его (а их еще было много) вновь пришли в движение и стали замышлять новые козни против низверженного ими святителя. Они думали, что он уже умер для них, а между тем он оказывался жив и начинал сосредоточивать на себе глаза всего христианского мира. «Смотрите, — переговаривались они между собой, — как этот мертвец становится опасным для живых и своих победителей». Им уже мерещился страшный призрак, как бы Иоанн вновь не возвратился на константинопольский престол, где он, по их мнению, должным образом расправился бы со своими врагами. И это казалось тем естественнее, что слабый преемник его Арсакий вскоре помер. Нужно было принять меры, чтобы поскорее похоронить его. И действительно, они приняли все меры к тому. Пущены были в ход все обычные в таких случаях интриги и подходы для того, чтобы разрушить столь опасное для них гнездо, каким сделалась деревня Кукуз. И вот они добились того, что приказано было удалить оттуда Иоанна и перевести его в новое место заточения — в Пифиунт. Это был самый отдаленный город империи, лежавший между Понтом и Колхидой, на берегу Черного моря, в стране дикой и пустынной, почти всецело предоставленной варварам. Приказ был дан внезапно (в июне 407 г.), с запрещением всякой отсрочки.