Возникновение приказов большинство историков относит к концу XV века, связывая их происхождение с разросшимися функциями «Казны», ростом значимости в деле управления Боярской думы, и переводом в Москву органов управления присоединенных княжеств. В период правления Ивана III стали создаваться специальные учреждения для руководства различными хозяйственными, финансовыми, оборонными делами в масштабе страны. Великий князь «приказывал» тому или иному лицу ведать каким-либо «делом» или отраслью управления. Царь приказал, царь приказал. Так возникли новые органы управления, которые назывались приказами (от «приказать», «поручить»), эти учреждения разбирали большинство дел. Новые органы центрального управления – приказы – возникали без законодательной основы, спонтанно, по мере надобности. Одни, возникнув, исчезали, когда отпадала в них надобность, другие дробились на отделы, превращавшиеся в самостоятельные приказы.
Осуществление отдельных государственных функций в XV веке поручалось боярам, а также неродовитым, но грамотным служилым людям – дьякам. Постепенно эти нерегулярные поручения («приказы») получали более постоянный характер. Появились такие должности, как казначей, печатник, разрядный и ямской дьяки. Первоначально в XV веке эти должностные лица осуществляли свои функции без вспомогательного аппарата. Но с усложнением задач им давались «для письма» с начала XVI века чиновники помельче – подьячие, которые собирались в особом помещении – «избе», «дворе», т.е. своего рода канцелярии. Процесс образования «изб», «дворов» – канцелярий растянулся на несколько десятилетий с конца XV и до середины XVI века. Должностные лица, не имевшие своих канцелярий – «изб», вели делопроизводство в уже сложившихся «избах», «дворах». Так, в первом из возникших «дворов» – Казенном впредь до образования соответствующих «изб» велись разрядные, поместные, разбойные, ямские и другие дела. Уже Судебник 1497 года, говоря об особых людях, которым «люди приказаны ведати», свидетельствует об их существовании.
Приказы осуществляли разбор споров и дел, связанных с определенной отраслью, вопрос о назначении судьи для разбора того или иного дела каждый раз решался, «приказывался» великим князем. Все приказы являлись не только административными учреждениями, но и судебными, а потому приказных людей называли судьями. Во главе приказа стоял боярин или думный дворянин, руководивший штатом чиновников, состоявшим из дьяков, подьячих и других должностных лиц. Подьячие возглавляли канцелярию приказа, делившуюся, в свою очередь, на столы и повытъя по ветвям управления. Приказы подчинялись царю и Боярской думе, имея, в свою очередь, в подчинении местное управление. Не существовало и строгого разграничения функций между приказами, к примеру, в Посольском приказе, пытали участников восстаний, брали у них «расспросные» и «пыточные» речи.
Одним из первых «приказов», превратившихся в постоянное учреждение, было центральное финансовое ведомство – Казна. Казенный приказ был не только дворцовым, но и общегосударственным учреждением. Первое упоминание о Казенном дворе относится к 1493 году (опальный князь Андрей Васильевич Большой сидел в «тюрьме на Казенном дворе»), но следы существования этого учреждения встречаются гораздо раньше. Само наименование Казенный приказ впервые упоминается в 1512 году. В организации этого приказа заметную роль сыграл византийский финансист и купец Петр Ховрин-Головин, потомки которого были казначеями на протяжении нескольких поколений. Казначеи ведали Денежным двором, собирали государеву подать в Москве и «дань» в Новгороде, оплачивали военные расходы и пр. Со временем из состава Казны выделились узкофинансовые ведомства вроде Большого прихода. Поземельные дела стал вершить Поместный приказ, военные дела – Разрядный приказ, суд – Разбойный приказ.
Впервые слово «казначей» можно встретить в «штатном расписании» Казенного приказа – учреждения, которое в период от Ивана III до Петра I заведовало царской казной. Там хранились: золото, серебро, посуда, бархат, шелк и другие драгоценности. Для хранения сборов и податей специальных касс тогда не было, каждый приказ хранил собираемые им доходы самостоятельно. Системной организации государственных финансов до Петра I не существовало.
Являясь главой Казенного приказа – важнейшего дворцового ведомства, сложившегося как общегосударственное учреждение ранее многих других ведомств, казначей уже со второй половины XV в. осуществлял и общегосударственные задачи: он ведал дипломатическими сношениями, ямскими, поместными, холопьими и другими делами. Здесь же на Казенном дворе находился и печатник – хранитель «большой государственной печати», прилагаемой к важнейшим общегосударственным документам (и прежде всего документам дипломатического характера).