Великий князь рассматривал дела в качестве суда первой инстанции по отношению к жителям своего домена, особо важные дела или дела, совершенные лицами, имеющими привилегию на суд князя, к которым обычно относились обладатели тарханных грамот и служилые люди (начиная с чина стольника), а также дела, поданные лично на имя великого князя. Помимо этого, князь рассматривал дела, направляемые ему «по докладу» из нижестоящего суда для утверждения или отмены принятого судом решения. Он являлся также высшей апелляционной инстанцией по делам, решенным нижестоящими судами, осуществляя так называемый «пересуд». Наряду с самостоятельным рассмотрением дел, великий князь мог поручить разбор дела различным судебным органам или специально назначенным князем лицам – путным боярам и другим чинам, ведавшим отдельными отраслями дворцового управления.
Связующим звеном между судом Великого князя и остальными судебными инстанциями была Боярская дума. Вопросами суда и управления ведали высшие чины Боярской думы – бояре и окольничие. Однако дворянство, стремясь ограничить права бояр, добились того, что судопроизводство проводилось в присутствии его представителей – дьяков. Боярская дума в качестве суда первой инстанции судила своих собственных членов, должностных лиц приказов и местных судей, разбирала споры о местничестве и иски служилых людей, не пользовавшихся привилегией великокняжеского суда. Боярская дума была высшей инстанцией по отношению к решениям местного суда. В нее переходили «по докладу» дела, изъятые из самостоятельного рассмотрения наместнического суда. В Боярскую думу также переходили дела от приказных судей, обычно в двух случаях: когда между приказными судьями при решении дела не было единогласия, или когда отсутствовали точные указания в законе.
На местах судебная власть принадлежала наместникам и волостелям. Наместник ставился «на место князя» для осуществления управления и суда обычно на территории города с уездом. В волостях (то есть в частях уезда) функции управления и суда осуществляли волостели. Наместники и волостели назначались князем из бояр на определенный срок, обычно на год, и находились на содержании населения, которое предоставляло им так называемый «корм».
Помимо наместников и волостелей в Москве и Московских волостях были тиуны государевы, также пользовавшиеся правом суда и управления и собиравшие доход с наместничьего и своего суда в пользу государя, а в других местностях – тиуны боярские, передававшие доход с суда своему боярину.
Духовные суды подразделялись, в свою очередь, на суды епископов, где судьей был епископ или назначенные им наместники, и суды монастырские, где судьей был игумен или назначенные им «приказчики». Также как и кормленщики, епископы и игумены получали вознаграждение с подсудного им населения. Ведению духовных судов подлежало белое и черное духовенство, крестьяне, находящиеся в распоряжении церковных и монастырских землевладельцев, а также люди, «питавшиеся за счет церкви» (ст. 59). Церковному суду были подсудны обыватели, совершившие преступления против Церкви. К ведению духовных судов относился также разбор брачных и семейных дел, отношений между родителями и детьми, дел о наследстве. Из подсудности духовных судов изымались: во-первых, наиболее важные уголовные дела – «душегубство» и «разбой с поличным», даже совершенные лицами, подсудными духовному суду, так как рассмотрение этих дел являлось исключительной компетенцией государственных органов. Во-вторых, дела, совершенные лицами, подлежащими разной подсудности, например, споры между крестьянами и слугами духовных и светских землевладельцев, или крестьянами и слугами, принадлежащими разным вотчинникам, разбирались так называемым «сместным» судом.
Судебник 1497 года «знает» целый штат судебных работников, помогающих суду и сторонам привлекать обвиняемых к суду, разыскивать и доставлять их в суд, сообщать сторонам о месте и времени рассмотрения дела, добывать доказательства и добиваться признания обвиняемых. Эти лица назывались недельщиками или ездоками в Москве и доводчиками – в провинции.
Судебник 1497 года впервые установил правило, обязывающее судью «…жалобников от себе не отсылати, а давати всемь жалобникам управа в всемь, которымь пригоже» (ст. 2), а также запрещает судье брать посулы (взятки) и решать дела, исходя из личных выгод судей: «А судом не мстити, ни дружити никому». Требование Судебника «давать суд всем жалобникам» основывается на стремлении господствующего класса сосредоточить разбор всех дел именно в органах государственного суда, стоящего на страже интересов господствующего класса, и не допустить разбор дела по старинным обычаям или путём передачи дела выборному третейскому суду.