Несмотря на возросшую к началу XVII века значимость поместного дворянства, боярство сохраняло свое политическое и экономическое могущество. Боярская дума по-прежнему являлась важнейшим органом государственного управления, разделявшим вместе с царем прерогативы верховной власти. Это был орган боярской аристократии. Боярская дума представляла собой собрание представителей старинных боярских фамилий и выслужившихся приказных дельцов.
В ее составе было четыре думных чина: боярин, окольничий, думный дворянин и думный дьяк. Два последних чина, введенных еще Иваном Грозным, стали часто даваться представителям столичного и провинциального дворянства и видным представителям центрального приказного аппарата. Данное обстоятельство некоторые историки (В. Ключевский, С. Платонов) трактовали как падение роли родовой аристократии и усиление влияния московского и провинциального дворянства в этом важнейшем государственном институте, хотя ряд современных авторов (Г. Талина, П. Седов) отрицает этот факт.
На протяжении столетия численность Боярской думы увеличилась с традиционных 25–30 до 90–95 думных чинов. Особенно заметно возросло число окольничих думных дворян и дьяков. В 1681 году в думе было 15 одних только думных дьяков. Как логическое следствие этого процесса, обычной практикой во времена правления Алексея Михайловича стало создание существенно более компактной (не более 5–15 бояр) «государевой комнаты», «ближней думы». Наряду с этим создавались «комиссии на Москве», состав которых зависел исключительно от личной воли царя. Это обстоятельство внесло раскол в некогда единый клан родовой княжеско-боярской аристократии, и избавило монарха от необходимости постоянного согласования своего политического курса со всем составом Боярской думы.
Постепенно нарастает процесс бюрократизации работы Думы, из ее состава в 1681–1694 годы выделяется специальная Расправная палата с переменным составом подьячих. Численное преобладание в Думе на протяжении всего XVII века сохранялось за боярами и окольничими. Только в последней четверти XVII века произошло увеличение числа думных дворян и думных дьяков. Удельный вес боярства снизился, но все же составлял 40%, а вместе с окольничими – 71%. В то же время боярство имело подавляющее количество дворов (из общего числа, принадлежавшего членам Думы), соответственно и количество дворов, приходившихся в среднем на одного члена Думы, намного выше всех было у бояр.
Боярская дума оставалась верховным органом по вопросам законодательства, управления и суда. По свидетельству современника, царь Михаил Федорович, «хотя самодержцем писался, однако без боярского совету не мог делати ничего»[17]. Алексей Михайлович, несмотря на наличие более узкой по составу «ближней думы» и личной канцелярии (Тайного приказа), по всем основным вопросам советовался с Думой; более мелкие вопросы Боярская дума обсуждала без царя. Характерной особенностью деятельности Боярской думы в XVII веке явилась более тесная связь ее личного состава с приказной системой. Многие члены Думы выполняли обязанности начальников (судей) приказов, воевод, находились на дипломатической службе по совместительству. На заседаниях Боярской думы утверждались решения приказов (статейные списки). Дума была высшей служебной инстанцией государства. Боярская дума просуществовала весь XVII век, хотя ее значимость в последнее десятилетие века сильно упала.
XVII век по праву считается периодом расцвета приказной системы Московского государства, хотя уже к последней четверти века эта система начинает переживать упадок и разложение. Это была довольно запутанная и громоздкая система центральных правительственных учреждений, в которой отсутствовали как единые принципы их деятельности, так и четкое распределение функций между ними. Этим обстоятельством и объясняется вся трудность их классификации, но, по мнению большинства историков, все приказы, число которых к концу правления Алексея Михайловича перевалило за 50, делились на постоянные и временные. Громоздкая приказная система с ее централизацией и бюрократизмом с трудом справлялась с возлагаемыми на нее функциями, порождала волокиту, злоупотребления, взяточничество.
На протяжении XVII века зафиксировано до 80 приказов, при этом постоянно действующих было до 40. Ключевые позиции в приказной системе занимали следующие приказы: Казенный приказ руководил финансовыми вопросами; Посольский, ведал внешней политикой и торговлей; Разбойный, на нем была борьба с разбойниками. Военный (Ратный) приказ в то время уступал им по своей значимости. В складывающейся тогда системе приказов были учреждены специальные судебные приказы: Холопий, Разбойный, Поместный, Судебный.
Уже в первые годы правления династии Романовых восстанавливается приказная система государственного управления, которая первоначально не претерпела кардинальных изменений.