В первой половине XVII века государство столкнулось с тяжелым финансовым положением как результатом разрухи после смуты. Это повлекло за собой усиление фискальной деятельности приказов. Завершается оформление четвертных приказов, созданы новые постоянные и временные центральные учреждения, ведавшие сбором налогов – Новая четверть (1619), приказ Большой казны (1621). Все многообразие приказов, существовавших в XVII веке, может быть разделено на две группы – постоянные и временные приказы.
Постоянно действующие приказы по признаку подчиненности делились на три большие группы – государственные, дворцовые и патриаршие.
Самой многочисленной группой были государственные приказы, которые подразделялись по территориальному признаку на общегосударственные: Посольский, Поместный, Разбойный, Стрелецкий, и областные: Сибирский, Малороссийский, Смоленский. Все общегосударственные приказы строились по отраслевому принципу. Посольский приказ ведал сношениями с иностранными державами. Разрядный приказ отвечал за сбор дворянского ополчения и назначение на военные должности и посты. Приказ Большой Казны управлял казенной промышленностью и торговлей. Поместный приказ занимался вопросами поместного землевладения и регистрацией земельных сделок дворян. Разбойный приказ выполнял функции уголовного сыска и следствия. Стрелецкий, Пушкарский, Иноземный, Рейтарский и Казачий приказы ведали различными родами войск и служилыми людьми «по прибору» и т.д.
Дворцовые приказы ведали обширным хозяйством самого царя и его ближайших домочадцев – супруги и детей. Среди них первостепенное значение имели приказ Большого дворца, который управлял царскими вотчинами. Казенный приказ, который ведал хранением вещевой казны, в том числе драгоценной мягкой рухляди (пушнины). Конюшенный приказ, который распоряжался царским выездом, Царская мастерская палата, ведавшая царским гардеробом, и т.д.
Патриаршие приказы ведали хозяйством патриарха и вопросами его личного обеспечения. Среди них важнейшими считались Патриарший дворцовый приказ, управлявший всеми вотчинами главы Русской православной церкви, и Патриарший казенный приказ, ведавший личными нуждами патриарха.
Особенностью центральных органов в первой половине XVII века было широкое распространение временных приказов по частным потребностям. Временные приказы создавались для решения конкретных задач и прекращали свое существование по мере их исполнения, например, приказ боярина Н.И. Одоевского, созданный в 1648 года для подготовки Соборного уложения. Временные приказы отличала от обычных приказов большая регламентация их структуры и деятельности. Указы об их создании определяли не только функции и главу приказа, но и его штат и бюджет. У временных приказов были четко определенные функции, экстерриториальный характер, работали они достаточно оперативно и эффективно (сыскные приказы различной компетентности, приказ «У сибирских дел», Записной – для составления Степенной книги и др.).
И все же дифференцированность функций отдельных приказов была часто условной. Они, как правило, выполняли ряд обязанностей, не имевших к ним прямого отношения, но приносящих дополнительный доход. Так, Посольский приказ заведовал кроме внешней политики почтой, судом и сбором таможенных и кабацких доходов, управлением некоторых городов и др. Как говорил А.Л. Ордын-Нащокин, «они мешают посольские дела с кабацкими…».
Усилиями первого царствования династии Романовых государство было восстановлено на старых основаниях, на которых покоилась и политика таких строителей государства, как Грозный и Годунов. Во главе правительства тех лет стояли люди, которым были близки традиции и привычки Московского царства, но которые были неспособны вести работу государственного управления по систематическому и твердому плану, и еще меньше были способны привнести в эту работу идею долга и строгую дисциплину.
Развитие воеводско-приказного управления в 1620–1630-е годы наталкивалось на недовольство сословий. В челобитных и на заседаниях земских соборов в 1630–40-е годы представители столичного и местного дворянства, горожан одновременно с требованием законодательного оформления прав и привилегий выступали в защиту сословно-представительного принципа формирования аппарата управления против приказного и особенно с критикой верхушки приказной группы.
Укрепление власти царя, необходимость крайней мобилизации сил нации, а также проведение в жизнь норм Уложения 1649 года, прозвучавших на Соборе пожеланий сословий потребовали преобразований в приказной системе. Они проходили в 1650–70-е годы, но особенно серьезная перестройка управления была предпринята в 1680-ы годы. Ее целью было упрощение устройства и централизация приказов.