Среди этих преобразований следует отметить попытку объединить все вопросы финансового характера в укрупненном приказе Большой казны и концентрацию всех вотчинных и поместных дел в Поместном приказе, а дел о службе – в Разрядном, с изъятием их из компетенции территориальных приказов. Следствием реформ стал переход в финансовом управлении от территориального к системному принципу, в отличие от военной администрации, где огромная территория требовала укреплять принцип полицентризма. Широко практиковалось, хотя и не было новым явлением, объединение приказов в группы с подчинением их отдельным, близким к царю лицам. В связи с преобразованиями количество приказов стабилизируется на уровне 37–38 (но дворцовых учреждений сокращение не коснулось). В то же время приказы превращаются, в отличие от первой половины XVII века, в крупные учреждения с большим штатом и сложной структурой.
Особый блок составляли приказы дворцово-финансового управления: Большого двора, Большой казны, Большого прихода, Счетный приказ. Приказ Большого дворца ведал содержанием дворца, а также населением и землями, разбросанными по всей стране, обязанными доставлять это содержание, судил привилегированных лиц, освобождаемых царем от суда обыкновенных органов. Ему были подчинены дворцы, отвечавшие за соответствующее снабжение: кормовой, хлебный, житенный и сытенный. К дворцовому ведомству относились также приказы: Ловчий, Сокольничий, Конюшенный, Постельничий. Приказ Большой казны из органа управления доходами государства эволюционирует в личную казну царя и хранилище драгоценных изделий. Приказ Большого прихода ведал косвенными налогами государства, а приказ Счетных дел (1667) осуществлял контрольные функции.
Одним из важнейших приказов в системе государственного управления стал Поместный приказ. Это обусловлено возрастанием роли и значимости помещиков-дворян в армии и гражданском государственном аппарате (приказы и воеводства), увеличением размеров поместного землевладения, постепенное сближение поместного и вотчинного землевладения. В начале XVII века этот приказ провел описание земель с целью восстановления нарушенных во время интервенции и крестьянской войны прав помещиков. Писцовые и переписные книги помогали рассматривать многочисленные земельные тяжбы между помещиками и вотчинниками. Кроме того, эти книги являлись документами, на основании которых производилось налоговое обложение. Поместный приказ ведал раздачей и переходом поместий, вотчин и связанными с этим тяжбами.
Важную роль в приказной системе играли судебно-административные органы. К ним принадлежали созданные еще в XVI веке следующие приказы. Разбойный приказ (в 1682 году переименован в Сыскной) осуществлял руководство полицейской расправой по разбойным, татебным и приводным делам, ведал уголовно-полицейскими делами по всей стране, кроме Москвы. В столице полицейским управлением, а также разбойными делами по Москве ведал Земский приказ; он следил за городским благоустройством и борьбой с пожарами. Земский приказ собирал налоги с московского тяглого населения и судил его, проводил переписи дворов и церквей. В конце XVII века он был объединен со Стрелецким приказом, с которым разделял полицейские функции по Москве. Во главе Разбойного приказа стояла следственно-судебная коллегия из боярина (окольничего), дворянина (стольника) и двух дьяков. Приказ имел разветвленную сеть местных органов – губных старост и губ, осуществлял надзор за содержанием тюрем во всем государстве. В чрезвычайных случаях приказ посылал надельщиков и сыщиков из центра. Приказ существовал до 1701 года.
Особое место в системе центрального управления занимали приказ Тайных дел, созданный в середине XVII века. В его компетенцию перешли важнейшие вопросы, связанные с царской и государственной безопасностью: контроль над дипломатией, производством огнестрельного оружия, за рудным делом; следствие по политическим делам, управление хозяйством двора и др.
К органам центрально-областного (территориального) управления относились приказы, традиционно называемые четвертными. По мере присоединения уделов к Москве их центральные органы переносились в столицу с сохранением территории ведения. Сначала их было три, и они назывались третями, а затем четыре, которые были названы четвертями, хотя в XVII веке таких приказов было уже шесть: Нижегородская, Галицкая, Устюжская, Владимирская, Костромская. Сибирская четверть была переименована в приказ. Новая четверть была финансовым ведомством, ответственным за питейное дело и кабацкие сборы. Они ведали населением городов, уездов и судом для податных групп населения.