Предупреждая свое духовное чадо, монахиню Сергию, об уходе из Лат, небольшого селения на реке Кодор на границе Сванетии и Абхазии, старец передал ей письмо. В начале 1929 года он перешел в пустынь близ села Георгиевское Цебельдинского района, где его и арестовали вместе с другими монашествующими 6 мая 1930 года по обвинению по статье 58/21 УК ССРГ, т.е. в ведении религиозной пропаганды66
. На допросе иеромонах Стефан (Игнатенко) держался очень спокойно, с достоинством и вместе смирением отвечал на вопросы. Так, спрошенный о своем признании в сочувствии царской, а не советской власти, он отвечал: «Сочувствую царской власти потому, что она не вмешивалась в наши религиозные дела, а наоборот, помогала нам в строительстве храмов и монастырей, и при том лично нас, монашествующих, не притесняла, а советская власть не дает нам действовать, благодаря нашим религиозным убеждениям, то есть не дает нам возможности быть нам (в оригинале – авт.) монахами, христианами, за что гонят нас из монастырей, пустынь, то есть, гор и лесов, и лишает нас средств к существованию, то есть арестовывают нас, имущество наше конфисковывают. Но я должен сказать, что каким бы гонениям, репрессиям и лишениям со стороны настоящей власти не подвергался, но от монашества я не отойду, так как я твердо верю в Священное Писание, которое говорит, что всякое отступление от Бога будет означать то, что отказаться нужно от Царствия Небесного. Я же, как человек верующий в загробную жизнь, от Священного Писания отступить не могу. Придерживаюсь я старо-церковнической тихоновской ориентации. Когда я был в Успенском монастыре и совершал как священник церковные богослужения, то я поминал царя Николая, как усопшего раба Божьего и желал ему, чтобы он попал в Царствие Небесное, но с 1927 года я поминать царя прекратил, так как нашел, что это для меня не обязательно». Так же твердо держался на допросе один из собратьев отца Стефана, молодой двадцатидвухлетний монах Успенского Второ-Афонского мужского монастыря Серафим (Дмитрий Михайлович Фетисов): «Советской власти я не сочувствую, потому что при ней, то есть, при советской власти, я не могу пройти по городу в монашеском костюме, так как меня сразу ловят на улице и сажают в темницу. Спрашивается, за что? Ответ ясен. За то, что я – монах, за то, что я – православный христианин, за то, что я молюсь Богу и исполняю свой монашеский обет, данный мною Богу перед пострижением меня в монахи. От других монашествующих я слышал, что монархическая власть, а также и власть Деникина и другие монашествующих не притесняли и на улицах нас не ловили и не арестовывали. Советская же власть все это делает. Если бы был устроен крестовый поход духовенством на СССР, то я с оружием в руках к походу не примкнул бы лишь потому, что я – монах и мне известно то, что монаху в политику вмешиваться не полагается. Примыкаю я к Святой, Апостольской Восточно-кафолической ориентации, потому что эта ориентация не изменяет до скончания века своих догматов. [На обновленцев, автокефалистов и других] смотрю (на них) как на отщепенцев от ветви православной. За своими молитвами главным образом поминаю патриарха Тихона, митрополита Петра Крутицкого и Серафима епископа Бакинского и Прикаспийского, но митрополита Сергия не поминаю. От монашеской среды я не откажусь и не думал отказываться, хотя бы мне за это и пришлось пострадать». Нужно отметить, что из тридцати пяти монахов, арестованных в пустыни близ села Георгиевского, лишь один объявил на допросе, что хранение верности монашескому обету даже до смерти является фанатизмом. Отцы поистине были исповедниками православной веры67.В Сухуме пустынников поделили на две группы. Один этап пешком погнали в Тифлис (Тбилиси). Без особых крепких башмаков из буйволиной кожи (постолов) на каменистой дороге монахи в кровь стирали ноги. Вторую партию арестованных отправили в Новороссийск и большую часть казнили. По преданию, многих погрузили на баржи и потопили в море68
.Монахиня Сергия после закрытия «Темных буков» надеялась найти в горах отца Стефана, но заболела и слегла с обострением туберкулеза. Она вспоминала печальную картину: плывшие по морю тяжело нагруженные баржи, переполненные арестованными монахами.