Александр Павлович нашел митрополита Кирилла в селе Ям-Курган Чимкентской области и пробыл у него несколько дней. Митрополит интересовался всем, и Александр Павлович много рассказывал ему о владыке Василии. От митрополита Александр Павлович поехал в Ташкент и устроился работать на завод.
Переехав в село Котово, владыка договорился с местным священником Константином Соколовым в будние дни служить вместе всенощную и литургию в присутствии только самых близких людей; позже на огороде хозяйки дома, в баньке, устроили небольшой храм.
Ираида Осиповна познакомила владыку с девушками — певчими, они стали навещать его, и так в селе образовался кружок, но просуществовал он недолго. Пребывание епископа в селе было скоро замечено местным НКГБ и началась слежка. Тем временем религиозный отдел НКГБ без всякой связи с епископом Василием начал по России разработку дела под условным названием «Проповедники». Арестовывали всех, не имевших регистрацию епископов и священников, а заодно и тех, кто их знал.
5 ноября 1943 года Ярославским НКГБ были арестованы епископ Василий, иеромонах Дамаскин и Ираида Тихова. Обвинили их в том, что «они являются сторонниками истинно православной церкви, ведут активную антисоветскую деятельность, организовали подпольную домашнюю церковь».
7 ноября епископ был заключен в Ярославскую внутреннюю тюрьму.
Конфискованного имущества у владыки оказалось немного: один ветхий подрясник, деревянный крестик, иконка, детская игрушка, кожаный ремень и расческа. При приеме в тюрьму врач поставил диагноз — миокардит и рекомендовал легкую работу. Владыке было шестьдесят восемь лет.
Допросы начались на следующий же день. И в тот же день ночью. И на следующий день. И на следующий день. И снова ночью. Следователей было двое, и они менялись. Иногда их сменял третий следователь. Епископа допрашивали, не давая ему спать по многу суток.
Следственный конвейер, когда многосуточно не давали спать, пытка голодом на фоне немощей и болезней старости сломили волю к сопротивлению следственным домыслам. И когда следователь в очередной раз принес загодя отпечатанный на машинке протокол допроса, владыка его подписал; он решил говорить хоть как-то, объяснять хоть что-то. Долго рассказывал о своем религиозном пути. Как был до революции в Англии и с интересом там наблюдал за христианским студенческим движением, как вернулся в Россию и здесь сам стал участником московского студенческого кружка. Как впоследствии сам создал «евангельские кружки» и что к октябрьскому перевороту отнесся совершенно отрицательно. Некоторое время думал, что в результате закона об отделении Церкви от государства она обретет свободу от государственного насилия, но скоро государство открыло жесточайшее гонение на Церковь, и тогда он уехал в Кинешму к отцу.
Следователь записывал по-своему: «Объединив вокруг себя недовольных советской властью лиц из числа сторонников нелегальной церкви, проживающих в городах и районах Ивановской и Ярославской областей, создавал антисоветскую организацию и руководил ею до момента своего ареста, вынашивая в себе надежду на неизбежность изменения у нас в стране политического строя…»
8 январе 1944 года из НКГБ СССР телеграфировали в Ярославль, чтобы епископа Василия переслали этапом в Москву во внутреннюю тюрьму.
Измученный двухмесячным пребыванием в Ярославской тюрьме и допросами, едва живым был доставлен святитель в Москву. При приеме во внутреннюю тюрьму НКГБ 26 января врач поставил диагноз: миокардит, артериосклероз, истощение и выписал направление в больницу.
В конце января владыку отправили в больницу Бутырской тюрьмы. Но пробыл он здесь недолго. Через две недели его перевели во внутреннюю тюрьму НКГБ для допросов. Допрашивал владыку майор госбезопасности Полянский[5]
.Епископа Василия включили в одно «дело» с епископом Афанасием (Сахаровым), которого также доставили в Москву. Формальным основанием послужило то, что келейник епископа Афанасия иеромонах Дамаскин (Жабинский) несколько раз навещал епископа Василия. И следователь упрямо теперь добивался подтверждения домыслам о близком знакомстве епископов.
Владыка Василий ответил:
— Я видел епископа Афанасия всего один раз, в ссылке, у митрополита Кирилла. И с тех пор я его не видел. Следователь:
— Вы лично переписывались с Афанасием?
— Нет.
— Почему?
— Потому что Афанасий является для меня случайным знакомым. Следователь:
— Выше вы показывали, что Афанасий Сахаров возлагал на вас руководство Владимирской епархией, писал вам письмо, слал приветы через своего келейника Жабинского, а сейчас заявляете, что для вас он случайный знакомый. Как видите, ваше заявление противоречит фактам.
— Я и Афанасий Сахаров являемся почитателями митрополита Кирилла. В этом общее между мною и Афанасием Сахаровым.
13 июля епископа, перевели в Бутырскую тюрьму и здесь объявили приговор — пять лет ссылки, после чего у владыки случился тяжелый сердечный приступ.