В период сотрудничества с Фрейдом он опубликовал много работ, посвященных различным аспектам психоанализа. В 1911 году вышел его объемный труд «Язык сновидения», в 1912 году – работа «Сновидения поэтов». На протяжении ряда лет он готовил десятитомное издание, семь томов которого, составлявших около четырех тысяч страниц, увидело свет к середине 1920-х годов. В год его смерти был опубликован труд «Техника аналитической терапии»(1940).
Наряду с психоаналитической деятельностью Штекель сочинял музыку и песни для детей, писал в стихах и прозе, сочинял театральные пьесы и юмористические рассказы, которые выходили как под его собственным именем, так и под псевдонимом Серенус. Он также обладал музыкальными, актерскими способностями и прекрасно пел.
Фрейд признавал заслуги Штекеля в области психоанализа, говоря о том, что его коллега лучше всех умеет улавливать смысл бессознательного. К. Г. Юнг называл Штекеля «энциклопедией сновидений». Поддерживавший с Штекелем дружеские отношения Ф. Виттельс писал о том, что «Фрейд – гений, но Штекель – лучший толкователь сновидений».
Несмотря на признание определенных достоинств венского аналитика, Фрейд полагал, что тот лишен критического подхода и отличается крайней недисциплинированностью.
Из истории психоанализа известны любопытные высказывания, приписываемые обоим аналитикам.
Говорят, что однажды Штекель высказал мысль о том, что карлик, сидящий на плечах великана, видит дальше, чем сам гигант. Узнав от коллег о подобном сравнении, Фрейд с сарказмом заметил, что, возможно, это и верно, но никак не относится ко вши, сидящей на голове астронома, особенно если он смотрит в телескоп.
Как бы там ни было на самом деле, тем не менее Штекель внес определенный вклад в развитие психоанализа.
Он уделял значительное внимание сновидениям и среди психоаналитиков первой волны действительно считался одним из лучших специалистов, способным давать оригинальное толкование любому сновидению. Причем Штекель настолько увлекся искусством толкования сновидений, что на заседаниях Венского психоаналитического общества часто давал такую интерпретацию, благодаря которой открывалось новое ви́дение какого-либо сновидения, ранее истолкованного другими аналитиками.
После разрыва с основателем психоанализа он неоднократно выступал в печати с материалами, в которых «исправлял» толкования сновидений, ранее данные ортодоксальными психоаналитиками. Не избежали этой участи и некоторые толкования сновидений, осуществленные Фрейдом.
Так, Штекель подверг пересмотру фрейдовскую интерпретацию сновидения, в котором пациентка видит умершего отца, говорящего ей: «четверть двенадцатого, половина двенадцатого, три четверти двенадцатого».
Интерпретация Фрейдом данного сновидения, воспроизведенная им в лекциях по введению в психоанализ (1916/17), основывалась на воспоминании пациентки об одном ее родственнике, который накануне приснившегося ей сновидения высказал мысль, что во всех людях продолжает жить первобытный человек (Urmensch). Эта мысль дала повод для воскрешения умершего отца, которого пациентка сделала человеком, живущим по часам (Uhrmensch) и говорившим о четверти часа по полудни. В понимании Фрейда в рассматриваемом сновидении находит свое отражение желание пациентки, чтобы отец оставался живым, по крайней мере в ней самой.
С точки зрения Штекеля, данное сновидение содержит иной смысл. Двенадцатый час означает последний час, требующий какого-то решения со стороны пациентки. Явившийся в сновидении дочери отец как бы предостерегает ее о приближении последнего срока (четверть двенадцатого, половина двенадцатого, три четверти двенадцатого), когда она должна что-то сделать, совершить или завершить.
Придавая важное значение символике сновидений, Штекель попытался раскрыть значение многих символов. Так, он полагал, что представления о левом и правом должны истолковываться в этическом смысле. Например, левая дорога может означать путь преступника, гомосексуальность, в то время как правая дорога – путь праведника, законный брак. Родственники в сновидении могут играть роль различных половых органов, цифры и числа имеют сексуальное значение, багаж путешественника означает тяжесть греховного бремени человека, погоня за экипажем и неспособность догнать его – сожаление о невозможности сгладить разницу в возрасте.
По мнению Штекеля, все появляющиеся в сновидениях сексуальные символы имеют бисексуальный смысл, то есть могут быть рассмотрены как в мужском, так и в женском значении.
Он полагал также, что имеются сновидения, в которых сновидящий проецирует себя в тело отца, но не понимает того, что происходит на самом деле. Кроме того, ему принадлежит заслуга в рассмотрении символов смерти.
Штекель был одним из первых психоаналитиков, кто обратился к осмыслению данной проблематики. Он полагал, что позади каждого сновидения скрывается страх смерти.