В первых трудах Оккама преобладала теологическая проблематика, касающаяся «Божьей кары», «ада» и «спасения души». Оккам решительно отверг так называемый схоластический реализм авторитетного философа Петра Ломбардского, примкнув, тем самым, к сторонникам номинализма, отстаивающего идею существования общих понятий о вещах с их индивидуальными качествами. Если для Петра и плоть, и душа Христа были всего лишь различными «одеяниями» божественного слова, а очеловечивание Иисуса – процедура, которую следует принимать только в символико-аллегорическом смысле, то для Оккама, напротив, Христос – соединение двух простых «природ» в одну сложную. Это соединение мыслилось им примерно так, как в древней мифологии представлялся синтез человека и лошади в образе кентавра Харона.
Наряду с теологией Оккам уделял внимание и анализу философских категорий. Так, рассматривая вопрос о субстанции, философ выдвигал тезис о ее реальной неотличимости от качества. По мысли Оккама, нет двух настолько отделенных друг от друга предметов, чтобы один мог быть только субстанцией, а другой – лишь качеством. Эти две категории в любой вещи соединены.
В Оксфорде Оккам приступил к написанию фундаментального труда «Свод всей логики», завершенного в 1340 г. уже в Мюнхене. Назначение своего основного логического трактата философ определил таким образом: «Без науки логики невозможно умело использовать ни природоведение, ни теорию морали, ни какую бы то ни было другую науку». Первое издание «Свода всей логики» вышло лишь в 1488 г. в Париже, спустя почти полтора столетия после смерти автора.
Построенная на принципах номинализма, логика Оккама привлекала не только глубиной трактовки проблем, но и цельностью замысла, наглядными примерами. В Оксфордском университете «Свод всей логики», состоявший из трех частей – «О терминах», «О предложениях» и «О силлогизмах», – пользовался популярностью вплоть до конца XVII в., распространяясь нередко в списках.
В 1313–1314 гг. Оккам вступил в ряды францисканцев-миноритов, именовавших себя спиритуалами в отличие от другого направления – конвентуалов, близко стоявших к ортодоксальной церкви. Через несколько лет такой поступок привел Оккама к открытому конфликту с канцлером Оксфордского университета Иоанном Люттереллом, обвинившим философа в теологическом скептицизме и ереси. Не удовлетворившись личными обвинениями, канцлер сообщил о поведении «еретика» папе Иоанну XXII. В конце 1324 г. Оккама препроводили в папскую резиденцию в Авиньоне, где он должен был дать объяснение по обвинениям Люттерелла. Без малого четыре года Оккам провел под стражей в монастырской тюрьме в ожидании суда. Наконец комиссия в составе шести магистров приступила к обследованию трудов обвиняемого. Итог был неутешителен для Оккама. Магистры выделили 51 «сомнительный» тезис из числа содержащихся в работе «Комментарии к «Сентенциям» Петра Ломбардского», 29 из которых были признаны откровенно еретическими. К ним относились комментарии Оккама по вопросам милосердия, греха, познания Бога, причастия, безупречности, поведения Христа, свойств божества и Св. Троицы. Размах процесса и участие в нем высокопоставленных лиц явно указывали на то, что речь шла не просто о преследовании провинциальных миноритов, а о попытке высшей духовной власти наказать оппозиционно настроенных францисканцев, теоретиком которых выступал Оккам.
Однако до логического конца дело довести не удалось. В конце мая 1328 г. Оккаму вместе с двумя друзьями-францисканцами – генералом ордена Михаилом Чезенским и известным юристом Бонаграцием – удалось бежать из папской тюрьмы. На лошадях беглецы добрались до побережья, где их уже ожидала галера. Конечной целью был город Пиза, где Оккам и его друзья намеревались присоединиться к армии немецкого короля Людвига Баварского, выступившего против папских войск в Италии. 9 июня беглецы прибыли в Геную, где узнали, что их отлучили от церкви, а в конце июня они добрались до Пизы.
В феврале 1330 г. Оккам переехал в Мюнхен, где тут же был принят королем Людвигом Баварским. При встрече с монархом философ произнес ставшую крылатой фразу: «Император, защищай меня мечом, а я буду защищать тебя словом». Найдя пристанище при монастыре францисканцев, Оккам без промедления развернул настоящую борьбу сначала против Иоанна XXII, затем против его преемника Бенедикта XII и наконец против Климента VI. Оккам призывал понтификов подчиняться в мирских делах государям, а в духовной жизни – собору. Он принял участие в работе францисканских соборов, вел переписку с коллегами по ордену, прямо провозглашал себя и «братьев-миноритов» истинно верующими мужами, не связанными никакими папскими указами. Особый гнев церковников вызвала защита права королей облагать налогом все принадлежащие церкви владения, когда это будет угодно светскому владыке.