В октябре 1564 г. он подготовил вторую экспедицию. Её финансировали как купцы, так и придворные; королева Елизавета предоставила в распоряжение Хокинса корабль «Джизес оф Любек». Добыв на берегах Африки 400 рабов, англичане пересекли Атлантический океан и достигли побережья Венесуэлы. Хотя испанские власти в Борбурате, а затем в Рио-де-ла-Аче боялись торговать с иностранцами, Хокинс, действуя то хитростью, то угрозой применения силы, сумел обменять рабов на золото, серебро, жемчуг и драгоценности. На родину работорговцы вернулись в сентябре 1565 г. Прибыль от этого предприятия составила, по разным оценкам, от 30 до 60 %.
Очередная экспедиция планировалась на лето 1566 г. Однако испанский посол в Лондоне, узнав о намерении Хокинса, обратился с резким протестом к английской королеве. Хокинса вызвали в адмиралтейство, где он поклялся не плавать в Вест-Индию. Тем не менее в ноябре в море вышли его корабли под командованием Джона Ловелла.
В июле 1567 г. правительство поручило Хокинсу снарядить флотилию для похода в Африку «за золотом». Инвесторами предприятия выступили графы Лестер и Пемброк, королева, лорд-адмирал, толстосумы из Сити, братья Джон и Уильям Хокинсы, представители адмиралтейства. В Плимуте снаряжались сразу 4 корабля, принадлежавшие Хокинсам. Ещё до отплытия командир экспедиции решил, что пойдёт не только в Африку, но и в Вест-Индию, где он собирался продать английские товары и сбыть негров-рабов. 2 октября 6 судов флотилии Хокинса покинули Плимут, имея на борту более 400 моряков и солдат. Флагман экспедиции, «Джизес оф Любек», был вооружён 22 батарейными орудиями и 42 лёгкими пушками, экипаж насчитывал 180 человек. Вначале всё шло по плану. Англичане добыли в Африке несколько сот рабов, затем пересекли Атлантику и с выгодой продали невольников в портах Юж. Америки. В трюмах остались несколько десятков «единиц живого товара», но так как приближался сезон ураганов, Хокинс принял решение возвращаться домой. В августе в районе кубинского мыса Сан-Антонио, разыгрался шторм. Когда ветер стих и погода наладилась, выяснилось, что «Джизес оф Любек» протекает как решето. Хокинс начал искать удобное место, где можно было починить флагман и другие суда. 15 сентября он прибыл в гавань Сан-Хуан-де-Улуа — морские ворота Веракруса. Когда англичане появились в гавани, там как раз ожидали прибытия флота Новой Испании. Испанцы приняли вражеские корабли за суда этого флота. Можно представить себе их испуг, когда они обнаружили свою ошибку. Вся годовая выручка Мексики оказалась под контролем Хокинса, но он успокоил испанцев, заявив, что хочет лишь пополнить запасы продовольствия и отремонтировать суда.
17 сентября у входа в гавань показался испанский «серебряный флот» — 13 торговых судов, сопровождаемых 2 военными галеонами. Хокинс оказался в трудном положении. Увидев эскадру, он решил, что она была послана специально для его уничтожения. На самом деле это был флот Новой Испании, не имевший для своей охраны ничего, кроме
Временно отказавшись от участия в заморских экспедициях, Джон Хокинс начал «делать карьеру» на берегу. В 1571 г. он стал членом парламента. Будучи женатым на Кэтрин Гонсон, дочери казначея королевского флота, Хокинс получил доступ в администрацию Адмиралтейства. В 1577 г. он заменил своего тестя на посту казначея королевского флота, а в 1589 г. стал также контролёром флота.
В 1588 г. Джон Хокинс принимал участие в сражениях с Испанской Армадой, командуя кораблём «Виктори». В ранге контр-адмирала флота он был членом военного совета и отличился в боях у Плимута, Портленда, о. Уайт, Кале и при Гравлине. После сражения у о. Уайт лорд-адмирал Англии возвёл Хокинса в рыцари.
В 1590 г. сэр Джои в консорте с Мартином Фробишером совершил каперскую экспедицию к Азорским о-вам. В том же году вместе с Дрсйком он основал богадельню для моряков-ветеранов, которая в 1592 г. была дополнена больницей.