Однако П. Сагайдачный не мог в полной мере воспользоваться плодами своих побед. Хотя запорожцы и подчинялись его власти, но вольны были сами выбирать, где, с кем и за что воевать, часто уходили вместе с донскими и терскими казаками в войска самозванных лжеправителей, атаманов и просто грабителей, сеявших смуту на Руси. Сагайдачный не ввязывался в эти войны, а сосредоточился на борьбе с татарами и турками, то поддерживая Польшу, то действуя вопреки ее политике. Тем самым гетман обострял отношения Речи Посполитой с Османской империей.
Король Сигизмунд III грозил наказаниями за самоуправство, но повлиять серьезно на Запорожское Войско не мог, его война с казаками носила эпистолярный характер, потому что все польские силы были в то время отвлечены на Московию. Король предполагал использовать Сечь в своих авантюрных замыслах: он хотел, пользуясь смутным временем в Московском царстве, захватить трон Ивана Грозного и посадить в Кремле своего сына Владислава.
В 1618 г. королевич занял Смоленск и кратчайшим путем двинулся на Москву, но поспешил и у стен столицы оказался в окружении с горсткой солдат. Большая часть королевской армии, не получив обещанных денег, взбунтовалась и покинула Владислава. Польское правительство вынуждено было любой ценой спасать престолонаследника (впоследствии Владислав стал королем Польши) и обратилось за помощью к Сагайдачному.
Огромная армия запорожцев (по разным сведениям, от 20 до 40 тысяч человек) быстрым маршем преодолела немалое расстояние, захватила города Ливны и Елец, разбила русское ополчение, возглавляемое воеводами Пожарским и Волконским, перешла Оку, достигла польского лагеря и осадила Москву. Но штурмовать столицу гетман не стал, вступил в переговоры, и поход закончился заключением перемирия. Роль Сагайдачного в московском походе нельзя переоценить. Историки считают, что он не просто избежал кровопролития между православными людьми, но и не допустил торжества Речи Посполитой, т. е. польско-католической экспансии в Русское государство.
После спасения королевича в отношениях гетмана с Сигизмундом III произошли перемены. Король щедро вознаградил полководца; Сагайдачный вернулся из похода не в Запорожье, а в Киев, поселился в богатом доме и взял город под свою опеку, всячески стараясь проводить независимую политику и способствовать развитию Киева как центра политической и культурной жизни. Гетман лично принял участие в создании на Подоле, при Богоявленском монастыре, коллегиума, ставшего впоследствии основой Киево-Могилянской академии. На его защиту могли рассчитывать церковные и культурные деятели Галиции и Киевщины. Чтобы поддержать Киевское братство, Сагайдачный вступил в него вместе со всем войском. А в 1620 г., воспользовавшись тем, что в Киеве находился Вселенский патриарх Феофан, гетман уговорил его высвятить нового православного митрополита Иова Борецкого и пятерых епископов для епархий, признававших раньше унию. Ярый католик Сигизмунд вынужден был признать свершившийся факт. Ему ничего не оставалось в сложившихся обстоятельствах: дело в том, что султан Сулейман со своей армией стоял на Днестре и обещал превратить Польшу в турецкую провинцию. И это не было простой угрозой – всего годом ранее турки нанесли поражение польской армии в Молдавии, потом подвергли жестокому грабежу Подолию. Теперь их силы во много раз превосходили возможности поляков. Король снова вспомнил о Войске Запорожском и послал к гетману послов.
Проанализировав ситуацию, Сагайдачный решил диктовать невиданные условия: сейм и король обязаны признать власть гетмана над всей Украиной; снять ограничения на количество реестровых казаков; предоставить свободу православной вере в Украине; признать административную и судебную автономию, иными словами – признать самостоятельное украинское государство. Только после принятия всех требований, как хозяин положения, Сагайдачный с казацкими полками выступил в Хотин, где в начале сентября 1621 г. развернулись главные военные события.
Объединенные славянские войска (30 тыс. поляков и 40 тыс. украинцев) сошлись с почти 200-тысячной армией Сулеймана. Хотинская битва длилась 39 дней. В результате противник вынужден был отступить на территорию Молдавии. Взбешенный султан приказал повесить главного визиря и нескольких военачальников.