С тех пор Стэнли «заболел» Африкой. Ее тайны неудержимо влекли его. После смерти Ливингстона журналист решил продолжить его исследования и найти истоки Нила, безуспешно разыскиваемые многими поколениями путешественников. Финансирование новой экспедиции, кроме «Нью-Йорк геральд», взяла на себя и лондонская газета «Дэйли телеграф».
В ноябре 1874 г. с отрядом численностью свыше трехсот человек солдат и носильщиками Стэнли отправился в путь. Его маршрут начался все в том же Багамойо и закончился на оз. Виктория. Были получены относительно точные данные об очертании водоема. Стэнли также сумел установить, что истоком Белого Нила является р. Кагера, вытекающая из оз. Виктория.
Далее двинулись на запад. В Уганде экспедиция открыла горный массив Рувензори, оз. Эдуарда, затем уточнила очертания оз. Танганьика. Продвигаясь дальше на запад, Стэнли достиг Ньянгве на верхней Луалабе и принял решение спуститься вниз по реке.
Потребовав у арабских работорговцев 18 лодок, путешественник и его отряд пустились в полное приключений и очень тяжелое плавание и наконец, измученные и умирающие от голода, 8 августа 1877 г. добрались до низовьев великой африканской реки Конго. Им пришлось вступить в 30 сражений, преодолеть множество стремнин и водопадов, прорубаться сквозь чащу леса, неся на плечах лодки в непроходимых по воде местах. Страдали путники от лихорадки и голода, в результате чего из экспедиции вернулись только 109 из 369 человек, отправившихся в путешествие. Из европейцев в живых остался только Стэнли, но и он пережил 23 приступа страшной африканской лихорадки. Но зато последняя из великих рек Африки была разведана на всем протяжении, материк был пересечен в районе экватора, была разгадана загадка истоков Белого Нила. Путь в глубь центральной части материка стал для европейцев открытым.
Спустя два года Стэнли по поручению бельгийского короля Леопольда II, давно лелеявшего мечту о колониальных захватах в Африке, осуществил свою третью экспедицию в район Конго, якобы для развития торговли, а на самом деле – для основания бельгийских поселений и подготовки почвы для масштабных территориальных завоеваний и образования государства Конго под протекторатом Бельгии.
Стараниями Стэнли с 1879 по 1884 г. была создана обширная колония, охватившая почти весь бассейн великой реки. Путешественник основал ряд опорных поселений, в том числе заложил город Леопольдвиль, ставший административным центром Бельгийского Конго. Кроме того, в этом путешествии бывший журналист открыл озеро, получившее название озера Леопольда.
Вернувшись в Англию, он занялся описанием своих путешествий, был избран директором Африканского общества, принял участие в европейской конференции, которая создала независимое государство Конго, не спросив на то согласия коренных африканцев.
Примерно в это время умерла мать Стэнли, в конце жизни испытавшая достаток. А своим знаменитым сыном, который так редко бывал дома, она уже давно гордилась. Стэнли было уже за сорок. Казалось, что он, подобно большинству путешественников, так и не создаст семьи. Однако на его пути встретилась Дороти Тенант, высокообразованная и талантливая девушка. Она тоже была журналисткой и с успехом занималась живописью. В 1887 г. они обручились, но свадьбу пришлось отложить. В этом году Стэнли пришлось в последний раз отправиться в Африку. Предстояло помочь египетскому губернатору Экваториальной провинции Судана Эмину-паше, совершенно отрезанному от внешнего мира в результате восстания Махди – религиозного вождя мусульман. Жизнь губернатора и его приближенных находилась под угрозой.
Эта экспедиция носила чисто военный характер, но и здесь Стэнли, вынужденный идти новым, более длинным и сложным, но зато совершенно неизведанным путем, сумел разведать область девственных лесов между излучиной р. Конго и озерами Нила. В марте 1887 г. с отрядом в 620 человек он двинулся вверх по Конго, дошел до впадения в нее реки Арувим и оставил там отряд из 257 человек во главе с майором Бартелоттом. Время показало, что это решение было ошибочным.
Постепенно отряд Стэнли начал таять. Люди умирали от болезней, истощения, дезертировали, хотя в одиночку они наверняка не выжили. Часто путников сражали стрелы, направленные из чащи невидимой черной рукой. В различных стычках было потеряно более 100 человек. Однажды при нападении туземцев на лагерь из 52 европейцев, находившихся там в этот момент, в живых осталось только 5.
Чем дальше, тем тяжелее становился путь. Экспедиция проникла в самое сердце африканских джунглей – в бассейн р. Итури, где приходилось топорами и ножами прокладывать путь через влажные непроходимые леса, не уступающие печально знаменитой амазонской сельве. Только маленькие пигмеи – легендарные жители этих лесов – могли жить здесь, не испытывая неудобств. Стэнли и его спутники стали первыми европейцами, увидевшими их. Малыши, однако, были настроены очень воинственно. На пути отряда они расставляли колья, обильно пропитанные ядом, и часто атаковали путешественников.