Расположенная в живописных окраинах Тюрингинского леса, Иена была колыбелью многих великих явлений немецкой культуры. Над ней будто витал дух соседнего Веймара, где творил Иоганн Вольфганг Гете – не только поэт и философ, но и теоретик сравнительной анатомии, увлеченный поисками «единого плана строения» у животных и «прарастения» среди зарослей средиземноморской флоры. Кстати, Гете оставил нам в наследство придуманный им термин «морфология». Другое имя, сделавшее Йену центром сравнительной анатомии, – Лоренц Окен, крупнейший эмбриолог и натурфилософ, убежденный сторонник закона «все живое от живого», автор позвоночной теории происхождения черепа (и вдобавок еще и либерально-демократический политик).
Впервые Геккель выступил в зашиту теории Дарвина в 1863 году на съезде германских естествоиспытателей в Штеттинге. В популярной форме Геккель изложил свои взгляды в книге «Естественная история мироздания», которая уже при жизни автора выдержала десять изданий в Германии.
Будучи учеником великих учителей, Геккель и сам стал блестящим наставником, создав в Иене интернациональную школу сравнительных анатомов, эмбриологов и филогенетиков, многие из представителей которой сыграли большую роль в развитии дарвинизма. Среди них Антон Дорн, автор «принципа смены функций», эмбриологи братья Гертвиги, изучавшие развитие, оплодотворение и деление яйцеклеток, зоолог Вильгельм Гааке, прославившийся открытием ехидны – млекопитающего, откладывающего яйиа. Кстати, в то время это было необычайно ценное открытие, доказывающее наличие «промежуточных форм», или «недостающего звена» – увы, теперь мы считаем их не промежуточным звеном между рептилиями и млекопитающими, а боковой ветвью эволюции. Другой Йенский ученик Геккеля – Вильгельм Ру создал «механику развития», точнее – экспериментальную эмбриологию. Наконец, были и русские ученики, среди которых – Н.Н. Миклухо-Маклай и В.О. Ковалевский.
Взяв на вооружение идеи Дарвина, Геккель-эволюционист сделал новый логический шаг, поставив «родословное древо организмов». Чарльз Дарвин, сформулировавший принцип дивергенции при видообразовании, ограничился осторожным и общим замечанием, что один вид может со временем дать несколько видов, не пытаясь установить конкретные родственные связи между ныне живущими и ископаемыми организмами и тем более построить филогенетическое древо. Хотя уже тогда представления о родословном древе органического мира имели столетнюю историю. Впервые, видимо, генеалогическое древо построил в 1766 году последователь Линнея немецкий ботаник Й. Рюлинг – изображая «естественную систему» растений. В том же году молодой П. С. Паллас (впоследствии он станет академиком Петербургской академии наук, знаменитым исследователем просторов Евразии) писал о том, что наиболее удобно представить систему органических тел в виде древа (а не лестницы!). О происхождении всех живых существ от одного корня и их историческом развитии в виде древа говорили и в XIX веке, например, Г. Тревиранус и Г. Бронн (изобразивший «древо» позвоночных за год до того, как в 1858 году Ч. Дарвин опубликовал свою знаменитую схему дихотомического видообразования).
Наконец, в 1866 году Геккель предложил расширенный вариант «монофил етичес кого родословного древа организмов», в котором нашлось место и человеку – хоть и на вершине (как венец творения), но все же в системе животного мира, в отряде приматов, рядом с гориллой и орангутангом. При построении древа жизни Геккель сразу же отказался от аристотелевой двухцарственной схемы деления живой природы и выделил три царства – простейших, растений и животных, что для того времени было значительным шагом вперед.