Институт мозга в 1930 году был передан в ведение Коммунистической академии — кузницы "красных профессоров". Мнением Фогта об этих реформах уже не интересовались. Наоборот, его подвергали нещадной критике. Так, в январе 1932 года член ЦК ВКП (б) А. Стецкий пишет письмо-донос Сталину, сообщая, что профессор Фогг, несмотря на заключенный с ним контракт, не бывает в Москве и фактически не имеет никакого отношения к Институту мозга. Зато в своих лекциях, читаемых на Западе, он позволяет себе недопустимое: демонстрирует диапозитивы фрагментов мозга Ленина и сравнивает их с образчиком мозга некой преступницы. В заключение Стецкий предлагал передать мозг Ленина на хранение в Мавзолей и прекратить любые сношения с "буржуазным профессором" Фогтом.
"Основанный мной московский Институт исследования мозга, — писал в апреле того же года Фогт, — все больше подпадает под коммунистическое влияние, хотя мне... обещали, что членство в коммунистической партии не будет иметь для моих сотрудников никакого значения. Однако за моей спиной Институт был поглощен Коммунистической академией... Теперь он занят главным образом антирелигиозной пропагандой".
И тут события приняли неожиданный поворот. Решением Политбюро от 13 апреля 1932 года Институт мозга был восстановлен, а должность его директора зарезервирована за Фогтом; его заместителем был назначен Саркисов. Воссозданный Институт мозга заметно расширился. Если в 1929 году в нем работали шесть человек, то теперь — двадцать, в том числе 6 ученых, 7 лаборанток и препараторов, 2 фотографа.
Изменилось и еще кое-что. Начиная с 1932 года, ни в одном из институтских темпланов не упоминается исследование мозга Ленина. Вопрос о его гениальности уже не мог обсуждаться публично. Ленин на глазах превратился в культовую фигуру, "воплощенную гениальность". У него не осталось никаких качеств, кроме положительных. Как можно было точно атрибутировать структуры его мозга? Основатель страны безбожников стал безлик, как Бог — как пролетарский Бог-Отец.
Простое географическое перемещение Фогта из Советского Союза в нацистскую Германию или буржуазную западную страну не могло помочь, ибо здесь Ленин рассматривался как "воплощение зла", а значит, тоже должен был обладать строго определенным набором качеств.
Между тем Ленин был противоречивейшей фигурой. Вот лишь несколько мнений о нем. "Он совершал самые страшные злодеяния и допускал самые большие заблуждения, следуя самым благим иллюзиям" (А. Балабанова). "Вождь большевиков был воплошением исторической безответственности" (Д. Волкогонов). Он был "не только интеллигентным, скромным и не терпящим фальши, как уверяли авторы его приукрашенных биографий, но и вспыльчивым, нетерпимым, замкнутым, лишенным чувства юмора и типичным филистером в частной жизни" (Вольфганг Руге, ГДР/Германия).
Двадцать седьмого мая 1936 года глава Советского государства Михаил Калинин доложил на заседании Политбюро об итогах исследования мозга В.И. Ленина, длившегося почти двенадцать лет. К докладу прилагался отчет, подготовленный советскими учениками Фогта и подписанный Саркисовым. Он был намного подробнее последнего отчета Фогта, хотя новых идей в нем почти не появилось.
Так, было отмечено, что в лобной доле мозга Ленина (ее развитие связано с волевыми задатками) имелось больше извилин, чем у Луначарского, Маяковского, И. Павлова или Цеткин. Его нижняя теменная и височные доли — они управляют речью — тоже изобиловали извилинами, чем заметно отличались от средних показателей. Лобный участок занимал у Ленина 25,5 процентов всей поверхности мозга, в то время как у Маяковского — 23,5 процента. Собранные данные позволили составить архитектоническую карту мозга Ленина. Резюме было таким: мозг Ленина обладает особенно сложным рельефом и своеобразной конфигурацией борозд и извилин.
Однако исследователи избегали сравнивать мозг Ленина с образцами мозга "обычных" людей, а потому было непонятно, чем все-таки Ленин анатомически сложнее устроен, нежели те революционные солдаты и матросы, гудевшие на митингах. Быть может, эти числа и проценты, отличавшие "прозрачное чело" Ильича от "светлых голов" его нескольких соратников, совершенно типичны для масс обывателей? Подобный вопрос не могли не задать непредвзятые критики.
Наконец, сама работа ученых не отвечала принципам статистики. Они не подсчитывали степень разброса данных, стандартные отклонения и тому подобное, а лишь сравнивали мозг Ленина с теми образцами мозга, что уступали ему по каким-то параметрам. Не для науки они старались выбирать — не вымерять! — цифры, а для партийных чиновников, ждавших заведомо известный ответ.
Тем временем профессор Фогг из руководителя опыта превратился в безучастного попутчика. С 1930 года он не был в СССР и абсолютно не занимался возложенной на него задачей, докладывал Сталину в июле 1935 года председатель ученого совета при ЦИ К СССР Владимир Милютин.