В 1810 году пастором церкви назначили швейцарца Иоганна фон Муральта. Он организовал здесь частную школу (пансион) по системе Песталоции. Это заведение вошло в историю петербургского образования. В 1838 году его сменил пансион Шене.
Здание церкви в 1839-1840 годах перестроил член реформатской общины Г.А. Боссе (после этого он создал на другой стороне улицы ансамбль домов Финской церкви). В 1850 году в зале установили новый орган, изготовленный мастером Т. Метцелем из Регенсбурга. Вслед за этим немецкая часть общины отделилась. По проекту Г.А. Боссе у слияния набережной Мойки и Большой Морской улицы в 1862-1865 годах возвели Немецкую реформатскую церковь – монументальное здание в неороманском стиле с высокой башней (строительство осуществил архитектор Д.И. Гримм, в 1930-х годах храм реконструирован под Дом культуры работников связи).
Приход на Большой Конюшенной улице стал только французским. В 1850-х годах большие работы на участке вел архитектор Юлий Осипович Дютель. Из петербургских доходных домов, сооруженных этим архитектором, наиболее примечательны дома купца А.М. Тупикова на Литейном проспекте, 8/21 и 21/14. Кроме столицы, он работал в Перми и Екатеринбурге. Реконструкция участка Французской реформатской церкви относится к раннему периоду творчества Дютеля.
Церковный двор Дютель замкнул четырехэтажными корпусами. Художественным оформлением они отличаются от обычной безликой застройки дворов. Фасады корпусов поделены тягами на четыре яруса. Горизонтальный руст первого этажа, филенки и типы наличников напоминают об архитектуре раннего классицизма.
По проекту Дютеля в 1858 году был изменен внешний облик самой церкви. В соответствии со вкусами эклектики ее фасад получил обогащенную штукатурную отделку. Архитектор ввел в композицию рустованные наличники и лопатки, балкон на фигурных кронштейнах, решетку над карнизом.
Из круга исторических прообразов Дютель избрал мотивы раннего итальянского ренессанса. Общий тон задают обрамления окон второго этажа, словно перенесенные с флорентийских палаццо XV века. Знаковой деталью служит двойное окно – бифорий – на левом ризалите. Элементом иного происхождения, близким барокко, выглядит дугообразный фронтон над тройным окном повышенного бокового объема.
Перелицовка фасада видоизменила характер здания. Однако его первоначальная структура ясно проступает сквозь эклектическое облачение. При этом со двора постройка Фельтена сохранилась в первозданном виде. Линейный руст, филенки, архивольты, профилированные карнизы прорисованы рукой мастера раннего классицизма. Формы второго этажа церкви во многом схожи с более поздним сооружением Фельтена – галереей-переходом Эрмитажа над Зимней канавкой.
В 1864 году внутреннюю отделку Французской церкви обновил А.Х. Пель, много строивший на противолежащем участке Немецкой лютеранской церкви св. Петра. Лейтмотив интерьера составляют ложные арки стен, вторящие очертаниям окон.
В начале XX века на Большой Конюшенной улице, 25, размещались и благотворительное общество, и конторы торгово-промышленных учреждений. В их числе – фирма « Братья Зульцер», специализировавшаяся на отоплении и вентиляции, фирма «Братья Боссгард», которая занималась изготовлением и установкой древесно-бетонных полов и центрального отопления, тут же находилась контора архитектора К.К. Шмидта – видного мастера «кирпичного стиля» и модерна.
На крутом повороте истории в судьбе Французской реформатской церкви произошел резкий перелом. В 1920-х годах здание стало прибежищем общины евангелических христиан, но уже вскоре ее вытеснил Дом антирелигиозного просвещения, в котором действовал Союз воинствующих безбожников. Наконец, в 1937 году здесь обосновался Шахматный клуб имени М.И. Чигорина, сыгравший большую роль в развитии древней игры в нашем городе. С клубом связаны биографии многих известных шахматистов.
Раритетом советской эпохи остается пышечная, которая работает в бывшем церковном доме с 1960 года. Здесь до сих пор функционирует старое оборудование. В 2008 году пышечную включили в «красную книгу» знаковых мест Петербурга.
Территория единого сквозного владения реформатов между Большой Конюшенной улицей и набережной Мойки в XIX веке была разделена надвое дворовыми строениями. На половине участка, ближней к Мойке, находилась школа при реформатских церквях, основанная в 1818 году пастором И. фон Муральтом. В середине XIX столетия, когда французская и немецкая общины разошлись, за немцами осталась западная часть владения – дом № 38 на набережной.