Вероятно, расхождение филогенетических стволов ранних хордовых, которые дали начало подтипам позвоночных, бесчерепных и оболочников, произошло в самом раннем кембрии. Возможно, юннанозоон был близок к предкам бесчерепных, а хайкоуэлла – к предкам позвоночных. Достоверные древнейшие представители бесчерепных описаны из нижнего кембрия Китая (Cathaymyrus
) и среднего кембрия Северной Америки (Pikaia). Достоверные ископаемые остатки древнейших представителей оболочников известны из раннего кембрия Китая [Иорданский, с. 181–182; Черепанов, Иванов, с. 27–29].Кроме того, с позднего кембрия до позднего триаса существовала загадочная группа конодонтов
(Conodontochordata). Эти небольшие животные (длина тела до 9 см) известны в ископаемом состоянии в основном по разнообразным по форме зубоподобным (конодонтовым) элементам или их комплексам. Находки отпечатков тела единичны. Особенности образа жизни неизвестны. Считается, что конодонтовый аппарат мог служить для фильтрации, а в некоторых случаях для измельчения пищи. Конодонтов сближают с бесчерепными или миксинами, редко – с более продвинутыми позвоночными. Сейчас конодонтов выделяют в отдельный подтип хордовых [Иорданский, с. 182; Черепанов, Иванов, с. 29–31].