Благодаря сообщениям, найденным в мусорной корзине одного корабля, немцы узнали о морских торговых кодах англичан. После этого Адмиралтейство приказало всем своим кораблям сообщать по радио о подозрительных судах. А «Атлантис», в свою очередь, получил приказ сначала открывать огонь, потом вести переговоры. Радиограммы посылались приблизительно с каждого второго атакованного рейдером корабля. Суда обстреливалась из орудий, часто с серьезными повреждениями. Но, следует заметить, капитан Рогге вел свою морскую войну довольно «цивилизованно», насколько это было возможно в тех условиях. Капитан содержал пленников в каютах и брал на борт все, что можно было спасти. За двадцать месяцев, проведенных Рогге в плавании, был момент, когда он держал более тысячи пленников всех возрастов, обоих полов и двадцати национальностей. Пленники питались так же, как и команда. Днем им разрешалось выходить на палубу, если только «Атлантис» не вел бой, и купаться в брезентовом бассейне. Капитаны потопленных судов имели отдельные каюты. Когда пленников переводили на другие корабли, капитан Рогге устраивал в честь капитанов прощальные обеды.
В первой половине осени 1940 года «Атлантис» потопил всего один корабль за сорок дней. Зато в ноябре в течение двух суток ему попались сразу три судна. Норвежский танкер «Оле Якоб», перевозивший высокооктановый бензин, был без боя захвачен двумя подплывшими на моторной лодке офицерами «Атлантиса». Норвежский танкер «Тедди» горел несколько часов, превратившись в огромный факел, который было видно за несколько миль. А британский корабль «Аутомедон», перевозивший важные документы, в их числе совершенно секретный отчет военного кабинета и почту для британского дальневосточного главного командования, сдался после того, как выпущенный с рейдера снаряд убил всех, кто находился на мостике.
В начале 1941 года «Атлантис» потопил всего четыре судна за несколько месяцев. В их числе был египетский лайнер «Зам зам», перевозивший 140 американских миссионеров. И пассажиры, и команда «Зам зама» — всего 309 человек — были переведены на «Атлантис». На следующий день другой немецкий корабль — «Дрезден» — освободил рейдер от всех пленников, а затем доставил их в Бордо. Рейдер стал внушать настоящий ужас. Британцы направили свои боевые корабли, необходимые в других районах, на юг на его розыски. Капитаны транспортных судов шли обходными маршрутами, тратя понапрасну время и горючее; стало труднее набирать команды, и приходилось выплачивать надбавку за «опасную зону».
Летом «Атлантис» бороздил южные просторы Индийского океана. Наконец 10 сентября 1941 года он захватил свою 22-ю (и последнюю) добычу — норвежское судно «Силваплана». 21 ноября, совершая посадку после утреннего полета, разведывательный самолет «Атлантиса», получив повреждения, вышел из строя. Авария случилась в тот момент, когда он был больше всего нужен. На следующий день рейдер встречался с подводной лодкой U-126, чтобы взять на борт горючее. Во время этой сложной операции «Атлантис» становился очень уязвимым. Встреча произошла на полпути между Бразилией и Африкой, и ко времени завтрака перекачка горючего началась. В моторном катере рядом с подводной лодкой находилось несколько членов команды рейдера, а капитан U-126 поднялся на борт «Атлантиса», у которого машины левого борта были разобраны для ремонта.
Неожиданно впередсмотрящий закричал, что видит верхушку мачты. Через несколько минут немцы выяснили, что к ним направляется тяжелый британский крейсер «Девоншир», которым командовал капитан Р. Д. Оливер. Сразу же связывающие два судна тросы были сняты и U-126 ушла под воду, оставив своего капитана на борту «Атлантиса». Оставалось неясным, заметили ли британцы подводную лодку. По воде вокруг рейдера радужным пятном разлилось горючее. «Атлантису» оставалось одно: начать переговоры, затягивая время, попытаться ввести противника в заблуждение и заманить его в зону, где его смогут достать торпеды U-126.
Однако капитан Оливер был очень опытным. Он понял, что этот корабль полностью соответствует данному Адмиралтейством описанию неуловимого рейдера. Поэтому, постоянно меняя курс и держась за пределами досягаемости торпед, капитан приблизился к «Атлантису» и двумя выстрелами захватил в артиллерийскую вилку.
С рейдера сообщили, что судно называется «Полифем». Капитан крейсера тут же послал запрос главнокомандующему в Южной Атлантике: мог ли встретившийся им корабль оказаться действительно «Полифемом»? Практически целый час «Атлантис», лежа в дрейфе и мягко покачиваясь на волнах, тянул переговоры. Капитан Рогге продолжал надеяться, что U-126 подкрадется к крейсеру и выпустит торпеду. Однако старший офицер на подводной лодке вместо этого приказал оставаться около рейдера. В 9.34 был получен ответ главнокомандующего в Южной Атлантике: «Нет, — повторяю, — нет!» «Девоншир» мгновенно открыл огонь. После третьего залпа восьмидюймовок капитан Рогге приказал установить взрывные часовые механизмы и покинуть судно.