Изабелла всегда очень боялась королевской мести: как ни благороден был Карл, ему были присущи вспышки сильной неконтролируемой ярости и склонность к решительным и даже жестоким поступкам. Это неудивительно, ведь король родился в семье, где были очень распространены кровосмесительные браки.
Королеву Изабеллу совершенно не беспокоила судьба Франции, которая так и осталась для нее чужой страной. Изабелла сохранила свой баварский акцент, даже не пытаясь как следует выучить язык подданных. Власть подарила этой алчной женщине много денег, которые она с удовольствием тратила на развлечения и туалеты.
Несмотря на свою природную недалекость, ее супруг все же думал о благе Франции и не одобрял чрезмерного пристрастия Изабеллы к роскоши и увеселениям. Поэтому король постоянно вызывал у нее досаду и неудовольствие.
Первый припадок безумия охватил Карла 5 августа 1392 года в лесу, через который он двигался вместе со своей армией. Его состояние постоянно ухудшалось. Моменты просветления становились все короче, а периоды безумия — все продолжительнее. Изабелле в то время было двадцать два года, и она была матерью трех королевских наследников.
В декабре 1392 года королю Карлу неожиданно стало гораздо лучше. Он даже вернулся в Париж и занялся государственными делами. Подданные искренне радовались тому, что король выздоровел и что смутные времена миновали, отмечая только его повышенную раздражительность. Однако их надежды оказались напрасны: Францию ожидали новые испытания.
После небольшой передышки Карл вновь оказался в плену своего недуга: он не узнавал окружающих, постоянно бормотал что-то невразумительное и порой впадал в такое бешенство, что его приходилось запирать в пустой комнате.
Король перестал узнавать свою жену. В хронике бенедиктинского монаха Мишеля Пентуана рассказывается, что Карл требовал от слуг «убрать от него эту женщину, которая бесстыдно на него пялится» и громко кричал: «Узнайте, что ей нужно, и пусть проваливает, нечего ходить за мной по пятам!» А еще Карл утверждал, что он никогда не был женат, не имеет детей и даже отказывался от собственной фамилии и герба.
Только любовница и сиделка Карла Одетта де Шамдивер не боялась входить к безумцу, полагаясь на силу своей любви. Кстати, эта женщина даже родила от больного короля дочь — Маргариту Валуа. Но Изабеллу это не особенно тревожило.
Изабелла стала жить отдельно от супруга, поселившись во дворце Барбетт, где она, по словам современников, «не боялась быть избитой до полусмерти Карлом VI». По некоторым источникам, брат короля Людовик Орлеанский советовал Изабелле бежать в Баварию вместе с детьми. Но все же в моменты просветления монарха Изабелла была близка с мужем. Существует запись, датированная 1407 годом, что «на сей раз король провел ночь вместе с королевой». Всего Изабелла родила двенадцать детей, хотя отцовство некоторых из них часто ставится историками под сомнение.
Тем временем здоровье короля все более ухудшалось, и все меньше надежд оставалось на его выздоровление. После того как медики окончательно признали свое бессилие перед психическим недугом Карла, королева обратилась к услугам знахарей. Но все было бесполезно.
А Изабелла становилась все сильнее. Ни одно государственное решение не принималось без ее ведома. Дядьев ее мужа уже не было в живых, оставался лишь Филипп Бургундский, который склонил голову перед волей королевы, и никто не мешал Изабелле властвовать над Францией. Со временем она вообще перестала оглядываться на Карла. Она приказала построить роскошный особняк, укрытый в тени деревьев, и принимала там многочисленных любовников. По Парижу ходили слухи о жутких оргиях, которые устраивала королева. По сплетням тех времен, обрюзгшая и располневшая Изабелла даже не участвовала в срамных игрищах, наблюдая за ними и раздавая советы молодым развратникам.
Со временем Изабелла потеряла все свое политическое влияние. Конец жизни она провела в нужде и всеми забытая. Вот что об этом пишут историки: «Физически беспомощная, растолстевшая королева в последние годы жизни даже не могла передвигаться без посторонней помощи. Во время парижской коронации ее десятимесячного внука Генриха VI о ней даже никто и не вспомнил. Королева была весьма ограничена в средствах, казна выделяла ей всего лишь несколько денье в день, поэтому Изабелла была вынуждена распродавать свои вещи».
К концу жизни ей довелось услышать о победах Жанны д’Арк, причем, по одним данным, она восприняла это враждебно, а по другим — равнодушно. В последний раз ей удалось увидеть своего внука и предполагаемого наследника французского трона во время его торжественного въезда в Париж в 1431 году. Она наблюдала из окна, как великолепный кортеж проехал мимо. Увидев ее, галантный мальчик снял шаперон и низко поклонился. Старая королева не смогла сдержать слез.