В пятнадцать лет Мария вышла замуж за четырнадцатилетнего дофина Франциска, который через два года стал королем Франции, а Мария стала королевой. Однако юный король был внезапно сведен в могилу: в левом ухе у него образовался свищ, началась гангрена, и Франциск II скончался. Детей у него не было, и на престол вступил его десятилетний брат Карл IX. Юная вдова вернулась в Шотландию.
Франциск II был слабым королем, и на первые роли во Франции вышли королева-мать Екатерина Медичи и Гизы — дяди Марии Стюарт. Одновременно Шотландию захлестнула протестантская революция. Бо́льшая часть шотландской аристократии присоединилась к восставшим протестантам и обратилась за помощью к Англии. В страну были введены английские войска, встреченные протестантами как освободители.
11 июня 1560 года скончалась Мария де Гиз, и исчезло последнее препятствие на пути Шотландии к протестантству и тесному союзу с Англией. Эдинбургский договор, по которому Елизавета I становилась королевой Англии, закрепил победу протестантства в стране. Мария Стюарт так и не признала этого договора.
С первых дней своего правления Мария I стала проводить осторожную политику, лавируя между католицизмом и протестантством. В результате начало правления Марии отмечено достижением определенной политической стабильности. А вот внешняя политика представляла для королевы серьезную проблему. Она отказывалась признавать Елизавету I королевой Англии, надеясь на реализацию своих прав на английскую корону.
Компромисс мог быть достигнут только при условии отказа Марии от посягательств на английский трон при жизни Елизаветы I. Взамен Елизавета признала бы ее очередь наследования. Однако ни Елизавета, ни Мария не были готовы идти на компромисс.
А тем временем встал вопрос о новом браке королевы Марии. На ее руку претендовали короли Франции, Дании, Швеции и эрцгерцог Австрии. Наиболее вероятным женихом считался дон Карлос — сын испанского короля Филиппа II. Переговоры об этом союзе очень беспокоили Англию: Елизавета I даже согласилась признать Марию своей наследницей в обмен на отказ от испанского брака. Однако оказалось, что дон Карлос психически невменяем, и этот проект с треском провалился.
В 1565 году в Шотландию прибыл кузен королевы — девятнадцатилетний Генрих Стюарт, лорд Дарнли. Он был сыном графа Леннокса и по материнской линии — потомком английского короля Генриха VII. Генрих Стюарт был очень хорош собой, и Мария влюбилась в него с первого взгляда. В конце июля 1565 года она вышла за него замуж.
Этот брак не только означал разрыв Шотландии с Англией, но и одновременно оттолкнул от королевы ее бывших союзников. Протестанты и англофилы были далеки от безоговорочной лояльности. И тогда королева изменила политику.
Она начала активно сближаться с католиками и возобновила переписку с королем Испании. Одновременно Мария отдалила от себя шотландских аристократов и приблизила лиц незнатного происхождения и даже иностранцев, угодных лично ей, а не государству. Положение усугубило и охлаждение Марии к мужу: по прошествии некоторого времени она увидела неготовность лорда Дарнли к королевским обязанностям и полное отсутствие у него каких-либо достоинств, кроме приятной внешности. Королева стала пренебрегать своим супругом, уже будучи от него беременной, и открыто симпатизировать Джеймсу Хепберну, графу Ботвеллу.
Этот человек был полной противоположностью Дарнли и отличался недюжинной силой, смелостью, мужеством и решительностью. Отношения с мужем зашли в тупик настолько, что он даже отказался присутствовать на крещении их ребенка, будущего короля Якова VI.
Королева влюблена в графа Ботвелла, и ее политика начинает определяться страстью к своему избраннику. Марии очень мешает ее супруг, и 10 февраля его находят задушенным в пригороде Эдинбурга.
В мае 1567 года состоялось торжественное бракосочетание Марии и графа Ботвелла.
Полагали, что именно новый супруг был причастен к смерти короля, поэтому брак с его вероятным убийцей лишил Марию Стюарт поддержки народа.
Этим немедленно воспользовались лорды-протестанты, силой выбив королеву и Ботвелла из Эдинбурга. В июне этого же года Мария Стюарт была вынуждена сдаться, предварительно обеспечив беспрепятственный отъезд Ботвелла, и была препровождена мятежниками в замок Лохлевен.
В июле она подписала отречение от престола в пользу своего сына Якова VI. Регентом страны до совершеннолетия короля был назначен граф Морей, принимавший активное участие в заговоре и мятежах.
Мария Стюарт бежала из заключения, прибыла в Англию и обратилась за поддержкой к королеве Елизавете I.