Надо сказать, жизнь совсем не баловала Маргариту. Этой женщине пришлось пережить и многочисленные интриги, и гибель родных и близких, и войны, и бедствия. Ее брак с Генрихом Наваррским, заключенный исключительно «по уму», изначально был окрашен кровью: Варфоломеевская резня, разразившаяся в их брачную ночь, на долгие годы определила и развитие событий в королевской семье, и отношения между супругами — отнюдь не любовные, а партнерские. Уведя во время Варфоломеевской ночи юного мужа от грозящей ему опасности, Маргарита и в дальнейшем придерживалась покровительственной позиции, почти не реагируя на его многочисленные любовные похождения. Впрочем, Генрих платил ей той же монетой: их обоюдная снисходительность вошла в историю как удивительный для королевских браков феномен. Генрих при малейшей опасности каких-либо разоблачений прятал в своей спальне любовников супруги, а Маргарита все время покрывала наличие у мужа внебрачных детей. Но обо всем по порядку.
Маргарита была самой младшей, третьей, дочерью королевской четы и седьмым их ребенком. С самого раннего детства девочка отличалась большим очарованием, независимым характером и острым умом. В духе эпохи Ренессанса она получила прекрасное образование: знала латынь, древнегреческий, итальянский и испанский языки, изучала литературу и философию, сама писала прекрасные тексты. Марго ее называл брат, король Карл.
Еще когда Марго была ребенком, ее рука была предметом постоянного торга. Сначала Маргариту предлагали в жены Генриху де Бурбону, принцу Беарнскому и наследнику королевства Наварра, затем дону Карлосу, сыну Филиппа Второго Испанского, после этого — португальскому королю Себастьяну. Однако непримиримая позиция французского двора на переговорах и слухи о развратном поведении Маргариты обеспечили полный провал и испанских, и португальских переговоров. Со временем исключительно по политическим причинам Карл IX и Екатерина Медичи возобновили переговоры о союзе Маргариты и Генриха де Бурбона.
В 1570 году начинается бурный роман Маргариты и герцога Гиза — фактического главы французских католиков, а немного позднее — претендента на трон. Однако король Карл IX и Екатерина Медичи запретили дочери даже думать об этом браке, который усилил бы позиции Гизов и нарушил баланс между протестантами и католиками. Судя по всему, Гиз и Маргарита до конца своих дней сохраняли чувства по отношению друг к другу. Это подтверждает секретная переписка королевы.
Ради закрепления очередного эфемерного мира между католиками и гугенотами 18 августа 1572 года Маргариту выдали замуж за одного из лидеров гугенотов — короля Наварры Генриха де Бурбона, ее троюродного брата и принца крови. Именно эта пышная свадьба закончилась известной кровавой Варфоломеевской ночью. Чудом уцелев во время массового избиения людей, Маргарита спасла жизни нескольким гугенотским дворянам, и главное — своему мужу, Генриху Наваррскому. Ей удалось это сделать, ослушавшись родителей и отказавшись от развода.
Когда в 1576 году Генрих Наваррский бежал из Парижа, Маргарита какое-то время оставалась заложницей при дворе и подозревалась в причастности к бегству мужа. Но уже в 1577 году ей позволили совершить дипломатическую поездку во Фландрию с целью подготовить почву для ее младшего брата Франсуа Алансонского, претендовавшего на власть в этом государстве.
Королева Марго воссоединилась с мужем только в 1578 году, в период заключения промежуточного мира с гугенотами. До начала 1582 года она жила в его резиденции в Наварре, собрав вокруг себя поистине блестящий двор.
После этого Маргарита по настоянию матери вернулась на полтора года в Париж, но летом 1583-го она поссорилась с Генрихом III, который обвинил ее в невыполнении долга по отношению к семье Валуа. Генрих III не преминул отметить, что Маргарита пустилась в любовное приключение с его придворным — маркизом де Шанваллоном, а также поссорилась с королевскими фаворитами.
Обиженная Маргарита покинула Париж и вернулась в Наварру, но там она оказалась уже не у дел: ее муж Генрих Наваррский имел серьезные любовные отношения с графиней де Гиш. Тогда Маргарита уединилась в Ажене, своем собственном католическом графстве на юге Франции, где объявила себя членом Католической Лиги и возобновила отношения с герцогом де Гизом. Этим поступком она открыто выступила против мужа и брата.
Однако Генрих III взял Марго под стражу и отправил в замок Юссон в Оверни, но в качестве узницы она пробыла там всего два месяца. Герцог де Гиз выкупил любимую у коменданта и сделал ее хозяйкой замка.