Борис Зубакин родился в Петербурге. Его отец, полковник царской армии, стал военспецом РККА. Мать происходила из шотландского рода Эдвард, представители которого прибыли в Россию еще во времена Петра I. Родители Бориса умерли в 1919 году. Он в 1912 году окончил 12-ю петербургскую гимназию. С 14 лет читал собственные научные доклады, надеялся стать «профессором истории». Но, увлекшись мистической и оккультной литературой, Зубакин отказался от поступления в университет и создал масонскую ложу «Свет звезд», которая вскоре влилась в ложу розенкрейцеров, существовавшую с 1907 года в Озерках, где была дача Зубакиных. В 1913 году Зубакин познакомился с руководителем петербургского отделения ложи розенкрейцеров «Астрея» Александром Каспоровичем Кордингом и вместе со своими друзьями вступил в эту ложу. Борис Михайлович полагал, что «люди полны насквозь мировым светом»; человек «во всех ситуациях по-новому божествен и неожиданно победен, неповторим и оправдывает собою все Бытие». Каббалистику он изучал у петербургского профессора Мебеса. В Гельсиндорфе слушал лекции по теологии и занимался средневековой философией у Германсена. В Киеве посещал занятия у Болсуновского по археологии и славянской мифологии. Также Зубакин посещал лекции в университете Кёнигсберга. В 1915 году после смерти Кординга Зубатов возглавил ложу. В 1916 году ложа розенкрейцеров была преобразована в философский институт, где Зубакин читал лекции. В 1917 году служил прапорщиком в саперном батальоне в Невеле. Зубакин вспоминал: «Почти всю мою бытность на военной службе провёл в г. Невеле, где стоял сапёрный батальон, в котором я служил. После Февральской революции меня выпустили на боевую линию под Ригу. Комиссии по осмотру освобождали от службы, но летом 1920 года под Витебском снова мобилизовали в армию, сделали меня лектором и направили в Смоленск. Затем был переведен в Минск, затем снова в Смоленск. Здесь местное отделение Московского археологического института предложило мне кафедру по истории религии. Занятия по подготовке лекций «съели» меня целиком… Я стал лектором отдела связи, а затем – политпросвета ВЧК. Весь год я голодал и холодал. В институте жалованье было ничтожное, пайка не имел. Военного пайка не хватало, занятий было по горло».
Зубакин пытался возобновить розенкрейцеровскую ложу. Услышав его философско-исторические лекции, С. Эйзенштейн воспринял Зубакина как «совершенно необыкновенное» лицо – странствующего архиепископа ордена Рыцарей Духа, знания которого «прямо безграничны», а излагаемые им учения «удивительно захватывающие».
В 1920 году Борис Михайлович сдал экзамен по истории искусств и археологии на философском факультете Московского археологического института (МАИ), получил ученую степень за две ранние научные работы и стал профессором. В 1922 году он перебрался в Москву.
30 декабря 1922 года Зубакин был арестован. Его обвинили в том, что он нарушил декрет о необходимости регистрации организации, которую он создал и которая проповедует мир между угнетателями и угнетенными, а также в антисоветской деятельности. На вопрос, почему общество Зубакина скрывало свою деятельность от официальных органов, он отвечал так:
«Почему было «нелегальным»? По исторической традиции всегда маленькие (по своей природе не могли быть большими) группы – так называемые братства… – были тайны и интимны, желая жить в тишине и не подвергаться обвинению официальных церковников в ереси, чтоб не слыть еретиками…» 8 февраля 1923 года его освободили, но взяли подписку о невыезде из Москвы.
МАИ, где он преподавал, был закрыт, и Борис Михайлович вернулся к литературной деятельности. В 1920-х годах он создал поэмы «Бетховен», «Пушкин», десятки стихотворений, начал роман в стихах о Гражданской войне в России «Иллария», был известен как поэт-импровизатор. В 1924 году Зубакин организовал Содружество поэтов-визионистов. В 1929 году издал единственный прижизненный сборник стихотворений «Медведь на бульваре».
Зубакин был вторично арестован 27 августа 1929 года по обвинению в участии в «нелегальном гипнотическом обществе в Москве и в распространении мистических идей» (он обладал гипнотическими способностями). В анкете он написал: «Безработный, жена Елена Сергеевна Ильинская – 27 лет, сын от первого брака Аза Борисович – 16 лет от роду». Впоследствии Ильинская была арестована по одному с бывшим мужем «делу ложи розенкрейцеров» и отправлена в лагерь.
Постановлением Особого совещания при коллегии ОГПУ от 14 октября 1929 года Зубакин был выслан в Северный край сроком на три года. Наказание отбывал в Архангельске, в Холмогорах и в селе Ломоносово. В 1931 году Северное краевой издательство выпустило книгу Зубакина «Холмогорская резьба по кости. История и техника производства». На Севере Борис Михайлович также создал немало скульптур. После отбытия ссылки он поселился в Архангельске, так как проживание в Москве ему было запрещено.