Потом была посадка на мель в Зунде, после которой пришлось месяц чиниться в Портсмуте, однако по выходе в море дала себя знать сильная течь, так, в принципе, при ремонте и не ликвидированная. Перенеся затем штормы в Индийском и Тихом океанах, корабль ясно дал понять, что его время подходит к концу. Был изменен даже маршрут путешествия – не «напрямую», а «перебежками», от порта до порта. И. А. Гончаров так писал в письме Н. А. Майкову: «Нас прихватил шторм у мыса Доброй Надежды, лишь только мы отъехали от него верст 200. Этот шторм окончательно и доказал, что фрегат наш более чем плох. Я сидел в кают-компании, когда буря началась. Качка усиливалась, сначала взяли рифы, то есть уменьшили паруса, но ветер крепчал, их убрали совсем, кроме самых необходимых. Началась течь, как в решете, все ничего, в общей каюте было еще сухо, но фрегат начал черпать бортами, да еще дождь проливной пошел, и вдруг хлынули целые потоки к нам вниз. Меня адмирал звал не раз, через посланного, вверх – полюбоваться картиной, где блеск луны и молнии спорил друг с другом, но как на палубе на четверть ходила вода, то я и не пошел, думая удержать свою сухую позицию до конца бури. А когда вода хлынула в десять каскадов и к нам, мы оттуда поневоле бросились вон, вверх, по трапам лились тоже потоки, а я в башмаках и летнем костюме. Вверху я насмотрелся и молнии и луны, наслушался и грома и ветра, но через пять минут я весь был мокрехонек, добрался до своей каюты, переменил белье, заснул и не знаю до сих пор, как и когда кончился шторм».
Параллельное описание более сухо, но, с другой стороны, и более информативно: «Волнение шло горами, достигая порой такой высоты (до 45 футов), какой бедное судно еще не видывало. Фрегат ложился то на один, то на другой бок и, несмотря на вторичную, полную конопатку в Саймонсбее, потек всеми палубами и показал весьма значительное движение в надводных частях корпуса». При попытке подкрепить грозившую упасть грот-мачту матросу разбило крюком голову. Да и вообще – экипаж «Паллады» испытал все «прелести» долгого тропического плавания – горячку, лихорадку, под конец – цингу.
Путятин истребовал новое судно («Диану»), «Паллада» же была поставлена в Императорскую гавань (22 мая 1854 г.) под немногочисленной охраной из моряков и казаков. Комиссия установила, что кораблю требуются докование и ремонт. В связи с событиями Крымской войны генерал-губернатор Сибири Н. Н. Муравьев распорядился собрать все суда в устье Амура, однако выяснилось, что большая осадка «Паллады» препятствует ей войти в реку. Фрегат вернули на место его прежней стоянки с наказом начальнику охраны подпоручику Кузнецову: «В случае входа неприятеля в гавань сжечь фрегат, а самому стараться достигнуть берегом до заселений на Амуре».
Зимовка далась ветхому кораблю нелегко: «Палладу» затерло льдами, корпус стал наполняться водой. Вскоре она достигла батарейной палубы. Новые попытки вывести эту «богиню отечественного производства» и отбуксировать в Амур закончились ничем (в них принимали участие герой обороны Петропавловска фрегат «Аврора» и транспорт «Оливуца»).
Очевидец вспоминал: «При входе на шлюпке в Константиновскую гавань нам открылось небольшое селение из нескольких избушек. По обеим сторонам их виднелись батареи, помещенные на берегу, густо поросшем лесом. Посредине, между батареями, стояла ошвартованная «Паллада». Фрегат был когда-то первым красавцем на флоте. А теперь? Жаль смотреть. Тени не осталось от того, чем он был год назад. Лишь одно название сохранилось неприкосновенным. Теперь без балласта это был какой-то короб с тремя мачтам. Если всматриваться, то еще можно заметить следы красоты, как иногда сквозь старческие черты можно уловить память былого… В трюме воды было под самую жилую палубу».
Ввиду катастрофического положения судна решением военного губернатора Камчатки В. С. Завойко 31 января 1856 г. оно было пущено ко дну мичманом Разградским. Иной раз пишут – из-за угрозы захвата англо-французами, но захватывать там, по большому счету, было нечего: старый протекающий гроб – далеко не лучший трофей… Контр-адмирал Г. И. Невельской писал Завойко, чтобы тот не торопился: «В уничтожении фрегата «Паллада» не предстоит ныне ни малейшей крайности, потому что до вскрытия Императорской гавани, до мая месяца 1856 года может последовать перемирие и даже мир, а поэтому нужно… подтвердить Кузнецову, в случае если мира не последует и неприятель войдет с целью завладеть фрегатом, действовать в точности согласно данным ему инструкциям, то есть взорвать фрегат, а самому с людьми отступить в лес по направлению к Хунгари. Подобное действие будет иметь гораздо большее влияние на неприятеля в нашу пользу, чем затопление безо всякой ее крайности фрегата, который может быть выведен из гавани, в случае наступления мира с весной 1856 г.». Но Завойко остался непреклонен, ответив, что рекомендация Невельского противоречит полученным им инструкциям. Перед затоплением с фрегата сняли орудия и такелаж…