3 марта 1861 года Александр издал Манифест об освобождении крестьян от крепостной зависимости. Однако крестьяне получили наделы, совершенно недостаточные для удовлетворения даже минимальных жизненных потребностей и меньшие, чем они фактически имели до освобождения. В целом по 15 нечерноземным губерниям земельные наделы крестьян в среднем стали на 4 % меньше, чем до реформы, в 21 черноземной – на 24 % меньше, а в 9 западных – на 11 % больше. Лучше было положение государственных и удельных крестьян, которым не пришлось делить свою землю с помещиками. Государственные крестьяне, к которым относилась почти половина всех крестьян, получили в среднем надел в 6,6 десятины, а помещичьи – 3,2 десятины. В среднем же по империи крестьяне владели 4,8 десятины. По губерниям средняя обеспеченность землей варьировалась от 3,5 десятины на ревизскую душу в Малороссии и Прибалтике до 12,7 десятины на юго-востоке – за счет казачьего землевладения. И даже за крошечные наделы крестьяне обязаны были в течение 49 лет вносить выкупные платежи государству под 6 % годовых, и до уплаты всех платежей считались временно обязанными и оставались в зависимости от бывших помещиков. К концу царствования Александра II государство выкупило у помещиков 80 % всех крестьян. Все это создало почву для постоянных аграрных беспорядков в империи. В память о реформе Александра II назвали Освободителем.
Александр осуществил административную реформу, благодаря которой были введены губернские и уездные земские учреждения. Она прошла в 1864 году. Земские учреждения были введены на всей территории империи, за исключением западных, прибалтийских и закавказских губерний. Судебная реформа 1864 года ввела публичность и гласность суда, независимость судей, состязательность судебного процесса, суды присяжных. Отныне суд стал бессословным, состязательным и независимым от администрации, а судопроизводство велось открыто и гласно, с участием обвинителя-прокурора и защитника-адвоката. Вопрос о виновности подсудимого отныне решала коллегия из двенадцати присяжных заседателей, избираемая по жребию из числа местных жителей всех сословий. На основании вердикта присяжных судья определял наказание или объявлял об оправдании обвиняемого. Для разбора мелких уголовных и гражданских дел вводился институт мировых судей, избираемых уездным земским собранием или городской думой сроком на три года. Более сложные и значимые дела разбирали окружные суды, имевшие уголовные и гражданские отделения. Правительство не могло отстранять от должности ни мировых, ни окружных судей. Таким образом действовал принцип несменяемости судей. К смертной казни могли приговаривать только военные суды и Особое присутствие Сената. Для крестьян также существовал сословный волостной суд, рассматривавший дела по упрощенной процедуре. Правовые понятия крестьян сильно отличались от общегражданских, и часто мировой судья со «Сводом законов» был бессилен разрешить конфликты, возникавшие в крестьянской среде.
Военная реформа заменила рекрутские наборы всеобщей воинской повинностью. Еще в начале царствования были отменены телесные наказания, ликвидированы военные поселения, а срок службы сокращен с 25 до 15 лет. Позднее, в 1870‑е годы, была введена всеобщая воинская повинность, а срок службы сокращен до 6 лет. Была организована массовая подготовка офицеров через сеть юнкерских училищ.
В царствование Царя-освободителя были расширены права университетов и введена их внутренняя автономия. В университеты отныне можно было поступать представителям всех сословий. Для малообеспеченных студентов были введены государственные стипендии.
К 1880 году имелось почти 23 тысячи народных училищ более чем с миллионом учащихся. Именно при Александре II было положено начало массовому начальному образованию в России. В 1864 году были введены наряду с гимназиями и реальные училища, в которых не преподавали латынь и греческий, а больше внимания уделялось естественным наукам.