В 1938–1946 годах Товстоногов работал режиссёром Русского драматического театра им. А. С. Грибоедова в Тбилиси. Здесь определились его театральные интересы, убеждения, цели, здесь он занялся (в 1939 году) педагогической работой в Театральном институте им. Ш. Руставели.
В 1946 году Товстоногов дебютировал в Москве, сначала в областном театре, а затем и на большой сцене Центрального детского театра. Вскоре он стал главным режиссёром Ленинградского театра им. Ленинского комсомола (1950).
В среднем он выпускал четыре спектакля за сезон, работая почти одновременно над такими разными произведениями, как «Дорогой бессмертия» (пьеса написана Товстоноговым совместно с В. Брагиным по книге Ю. Фучика «Репортаж с петлёй на шее»), «Закон Ликурга» Н. Базилевского по Т. Драйзеру и «Гроза» А. Островского (сезон 1951 года). Событием для советской сцены стала «Оптимистическая трагедия» (1955) Вс. Вишневского в Академическом театре им. А. С. Пушкина (ныне Александринский театр драмы). За этот спектакль Товстоногов был удостоен Ленинской премии (1958).
В начале 1956 года он поставил в Театре им. Ленинского комсомола «Униженных и оскорблённых» Ф. Достоевского — это было первое за долгие годы возвращение театра к творчеству великого писателя. Режиссёр вернул сцене большую литературу, заставив пересмотреть наше наследие глубже и пристальнее.
13 февраля 1956 года Товстоногов впервые переступил порог Большого драматического театра им. М. Горького, переживавшего к тому времени тяжёлый период: в зале по 10–15 человек, в кассе — миллион дефицита. Он принял театр с широкими полномочиями, с правом полной его перестройки.
Товстоногову понадобилось несколько сезонов, чтобы превратить БДТ в центр театральной жизни страны. Он начал с лёгких комедий, в которых заблистали актёры, уже работавшие в труппе, — Нина Ольхина, Ефим Копелян, Кирилл Лавров, Владислав Стржельчик. В роли провинциальной учительницы, старой девы мадемуазель Куку, на сцену Большого драматического вышел Евгений Лебедев.
О необычных, весёлых, музыкальных спектаклях заговорил весь город. И в БДТ хлынул зритель. Вскоре весь театральный Ленинград за глаза называл Товстоногова не иначе как Гога.
Товстоногов строил театр-дом. Помимо решительного обновления репертуара, Георгий Александрович обновил и творческий состав. Пригласил начинающих режиссёров Игоря Владимирова и Рубена Агамирзяна, блистательного педагога Розу Сироту, выпускников школы-студии МХАТ Татьяну Доронину и Олега Басилашвили. Уже через год после назначения Товстоногова в театре произошла настоящая сенсация — премьера спектакля «Идиот» (31 декабря 1957 года).
Он долго не мог найти актёра на роль князя Мышкина. На одном из просмотров фильма «Солдаты» режиссёр был буквально пленён глазами солдата Фарбера в исполнении малоизвестного актёра — Иннокентия Смоктуновского. Участь Мышкина была решена. А если вспомнить, что в том же спектакле играли Доронина (Настасья Филипповна), Олег Борисов и Стржельчик (Ганя Иволгин), Лебедев (Рогожин) и Ольхина (генеральша Епанчина), то станет понятно, с кого и с чего начался театр Товстоногова.
Ещё одной сенсацией театрального Ленинграда стала постановка камерной пьесы Володина «Пять вечеров». Премьера состоялась 6 марта 1959 года. И мгновенно любимцами театралов стали Копелян, Шарко, Макарова, Лавров. Главный герой пьесы возвращается к любимой женщине после долгого отсутствия. Новизна заключалась в отсутствии пафоса: спектакль рассказывал о жизни самых обыкновенных людей, герои были показаны с состраданием и любовью.
Ставя пьесы Максима Горького, режиссёр всегда находил в них истину страстей и философский смысл. Начиная с «Варваров» (1959), где блистали Доронина, Луспекаев, Лебедев, Стржельчик, Товстоногов вёл горьковскую линию мощно и искренне. Позже на сцене БДТ появились «Мещане», «Дачники», «На дне». И каждый раз это был не просто спектакль, а воплощение размышлений художника о времени.
Каждый из поставленных Товстоноговым спектаклей становился подлинным событием культурной жизни. В БДТ в разные годы приходили А. Райкин, П. Брук, Г. Грин, Б. Окуджава, Ван Клиберн. Музыку к спектаклям писали И. Шварц, В. Гаврилин, С. Слонимский…
В мае 1966 года БДТ выехал на гастроли, которые продолжались месяц. На театральных фестивалях в Париже и Лондоне оглушительный успех имел спектакль «Идиот». Как писал английский журнал: «Исполнение Смоктуновским роли князя Мышкина возвышается над всеми остальными впечатлениями сезона».
Товстоногов никогда не назначал на роль нескольких человек. В случае болезни актёра он предпочитал сделать срочный ввод. «Был в этом глубокий профессиональный смысл, — говорит Кирилл Лавров. — Спектакли Товстоногова насыщались таким количеством тончайших нитей, линий и взаимосвязей, что изъятие одного из актёров моментально разрушало выверенную и выстроенную систему отношений, композицию, его ходы. Мы были его палитрой, тщательно подобранным оркестром, каждый инструмент в котором имел свой, только ему присущий тембр. Такова была его режиссура».