В.В. Юнкер родился в Москве 18 апреля 1840 г. Первоначальное образование он получил за границей в школах Германии и Швейцарии, некоторое время обучался в петербургской школе Петра и Павла. По окончании среднего образования он начал изучать медицину в Петербургской Военно-медицинской академии, затем продолжал учиться в Геттингенском, Берлинском и Юрьевском (ныне Тарту) университетах.
Получив степень доктора медицины, Юнкер тем не менее не занялся врачебной практикой, так как его привлекало иное призвание – географические исследования. Уже в зрелом возрасте, с 1873 по 1875 г., он предпринял большое путешествие по Западной Европе, посетил Адриатическое море, побывал в Северной Африке, в Тунисе, Нижнем Египте. Это послужило ему прекрасной школой, подготовившей его к давно задуманному им большому путешествию по Африке.
Окончательное решение приступить к серьезной работе по изучению Африки и выбор района исследований были приняты в 1875 г. после того, как Юнкер на Всемирном географическом конгрессе в Париже встретился с рядом африканских путешественников и обсудил с ними этот вопрос. Районом исследования была выбрана южная часть Судана, расположенная по левому берегу Белого Нила – малоизвестный в то время султанат Дарфур. Попутно Юнкер решил совершить небольшую экскурсию на запад от дельты Нила в Ливийскую пустыню.
Весь январь 1876 г. прошел у Юнкера в деятельных приготовлениях к новому путешествию, уже в глубь Африки.
Отправиться в глубь Судана было решено из города Суакин, лежащего на побережье Красного моря. Это давало возможность обследовать совершенно неизвестную тогда долину реки Барака и путь от Суакина до Кассалы и далее до Хартума у слияния Белого Нила с Голубым. От Каира до Суэца Юнкер проехал по железной дороге, а оттуда отправился морем сначала в Джедду на побережье Аравии, служащей портом Мекки, а далее до Суакина. Последнее плавание – через Красное море – Юнкер совершил на парусной барке.
Кассала – столица провинции Така, торговый город, с фабрикой для очистки хлопка. С Суакином и Массауа он соединен телеграфной линией. В окрестностях успешно возделывают зерновые хлеба, хлопчатник, имеются хорошие пастбища. Здесь много разнообразных диких животных, и поэтому область Така – прекрасное место для ловли зверей, отправляемых из Кассалы в зоологические сады и зверинцы Европы и Америки.
В начале апреля 1876 г. небольшой караван Юнкера, вожаками которого были бедуины-шукурие, выступил из пыльного и душного города. Путь далее, до Хартума, шел по пустынной и безводной местности. Сильные колебания суточной температуры воздуха сильно беспокоили путников. Юнкер наблюдал здесь собакоголовых обезьян-бабуинов.
После населенного пункта Абу-Харас путь пролегал уже вдоль берега Голубого Нила, столь благодатного для Египта своими половодьями. Отсюда уже недалеко до Хартума.
В Хартуме Юнкер провел два месяца, занимаясь обработкой своих дневников и приводя в порядок собранные им этнографические коллекции. Сопровождавший его помощник сначала коллектировал животных, главным образом птиц, в окрестностях Хартума, а затем отправился вверх по Нилу, откуда через два месяца привез богатую добычу.
Однако, если на Белом Ниле Юнкер преимущественно созерцал картины природы, то на реке Собат начались строго научные наблюдения, тем более, что эта река еще не была хорошо известна. Юнкеру удалось произвести тщательные измерения направления русла этой реки и составить карту, которая серьезным образом исправляла сделанные ранее. Также были описаны берега, сделаны наблюдения над режимом воды.