Здоровье его было в значительной степени ослаблено перенесенными лишениями, и Юнкер мечтал, окончив обработку материалов своих путешествий, поселиться на юге Европы или в Египте. Три года он провел в Вене, приводя в порядок свои дневники, и издал описание своего путешествия в трех томах на немецком языке.
В конце 1891 г. Юнкер вернулся в Петербург, где стал хлопотать об издании своего труда на русском языке, но здесь заболел инфлуэнцой и умер 1/13 февраля 1892 г.
Работы Юнкера до сих пор представляют собою большую ценность: в них собран интереснейший и богатейший материал, полученный русским исследователем по географии, этнографии и истории южной части Восточного Судана и Уганды. Особенно следует отметить точность карт местностей, посещенных Юнкером.
Но не только карты представляют основное достоинство трудов Юнкера. С такой же добросовестностью он дает географические описания ландшафтов, описывает растительный покров, животный мир тропического леса. По отзывам специалистов, эти описания Юнкера не уступают в точности и в научности тем описаниям, которые сделали бы специалисты зоологии или ботаники. Интересен собранный им этнографический материал, характеристика племен, с которыми он встречался, их племенные отличия, вся их материальная культура: оружие, утварь, одежда и украшения.
В противоположность большинству западноевропейских путешественников, Юнкер во время своих путешествий неизменно проявлял уважение к туземцам. Своим отношением Юнкер заслужил доверие многих африканцев. Теплые дружеские чувства связывали его с вождем племени бомбе Ринггио; он совершил обряд побратимства, «поменялся кровью» с вождем племени Мангбатту Момбангой. Василий Васильевич Юнкер был искренним другом, врачом и советчиком многих обитателей стран Центральной Африки, которые он посетил.
Литература
Записки русского морского офицера во время путешествия вокруг света в 1840, 1841 и 1842 годах. «Отечественные записки», XXXIII, 1844.
Первая Русская Антарктическая экспедиция 1819–1821 гг. и ее отчетная навигационная карта. Л., 1963.
Подвиг Семена Дежнева. М., 1973.
Подвиги русских морских офицеров на крайнем Востоке России. 1849–1855. Хабаровск, 1969.
Прончищева (1713–1736). Гордость земли Тульской. Тула, 1991. Т. 2.
Путешествие по северным берегам Сибири и по Ледовитому морю… М., 1948.
Русские мореплаватели. М., 1953.
Русские открытия в Антарктике в 1819–1820—1821 годах. М., 1951.
Сведения об экспедиции, снаряженной для описи Аральского моря в 1848 г. – «Вестник Географического общества», VII, 1853, отд. VII.