Прибыв в Ладо, Юнкер предполагал направиться в земли племени макарака, и для этого должен был ждать в Ладо ожидаемый оттуда транспорт слоновой кости и двинуться в путь с возвращающимися носильщиками. Это ожидание продолжалось два месяца, и Юнкеру удалось провести ряд наблюдений над племенем бари.
В конце января 1877 г. караван, к которому присоединился Юнкер со своим помощником, выступил в путь.
Пребывание Юнкера в области Макарака дало ему возможность самым тщательным образом обследовать эту местность, представляющую часть водораздельного пространства левых притоков Белого Нила, р. Конго и ее правых притоков. Ему удалось собрать значительные этнографические коллекции, составить карту посещенных им местностей, записать небольшой словарь языка мунду.
Наконец Юнкер решил закончить свою работу и, вернувшись в Ладо на Нил, выехал обратно в Хартум. Здесь он упаковал свои многочисленные коллекции и направился сначала через Беюдскую пустыню, затем вдоль Нила до Вади-Хальфа караванным путем. Отсюда он проехал сначала на барке, а потом по железной дороге до Каира, откуда возвратился на родину, в Петербург. Так закончилось трехлетнее пребывание Юнкера в экваториальных областях Центральной Африки.
Конец 1879 г. застает Юнкера снова в Александрии, куда он прибыл, направляясь в свое второе путешествие в Экваториальную Африку. Это путешествие, по ряду случайных причин, затянулось на семь лет, и только в самом начале 1888 г. Юнкер смог вернуться в Россию после очень тяжелых испытаний, потеряв все собранные им коллекции и сохранив только свои дневники.
Из Каира Юнкер отправился в Суэц по железной дороге, а оттуда в Суакин. Отсюда он решил пробраться в Хартум, но не по известному ему уже пути через Кассалу, а через Бербер – город на Ниле. В Хартуме, отпраздновав с некоторыми знакомыми ему там европейцами Новый, 1880 год, Юнкер отправился вниз по Белому Нилу с целью добраться до Ладо, а оттуда, через земли Макарака, к реке Уэле.
Юнкер решил проехать на пароходе по Бахр-эль-Газалю до Мешра-эр-Рек, чтобы оттуда уже двинуться сухим путем в страны племени азанде. Путешествие по Бахр-эль-Газалю оказалось нелегким. Пароход «Измаилия», на котором ехал Юнкер, все время должен был пробиваться через огромные плавучие скопления травы.
Прибыв в Джур-Гаттас, Юнкер решил направиться на запад, посетив одного из вождей племени азанде – Ндоруму, и через его страну и область Мангбатту пройти на реку Уэле.
Когда Юнкер прибыл к Ндоруме, приближался период сильных тропических дождей. Так как вождь желал удержать Юнкера как можно дольше в своих владениях, пришлось приступить к сооружению прочной станции. При помощи сотен работников, назначенных для этого Ндорумой, удалось соорудить хорошее и надежное жилище.
Устройство станции в резиденции Ндорумы не означало, что Юнкер решил долго здесь оставаться. Он обошел вокруг всех владений Ндорумы, подошел к реке Уэле, переправился через нее, достиг Мангбатту, и снова перешел через Уэле. Путешествие заняло четыре месяца.
Вернувшись на свою станцию во владения Ндорумы в декабре 1880 г., Юнкер тотчас же предпринимает новое путешествие, так как наступило лучшее для этого время года. Он совершает ряд экспедиций к соседним племенам.
Конец 1881 г. и половину 1882 г. Юнкер посвятил ряду круговых маршрутов к югу от Уэле и ее притока Бомоканди. Это дало ему возможность внести значительные исправления в карты некоторых участков этой местности, составленные до него итальянским путешественником Миани.
Найдя радушный прием у местных племен азанде, Юнкер имел возможность произвести интересные этнографические наблюдения.
Путешествия к югу от Уэле закончились переходом Юнкера на станцию Тангази в земле Мангбатту. Ему удалось доказать, первым из европейцев, что Уэле является притоком Конго, а не Нигера, как предполагали до него.
Потеряв возможность из-за волнения местных племен вернуться в Хартум и дальше в Каир, Юнкер решил пробираться на юг, в Уганду. В январе 1886 г. он отправился на юг с целью достигнуть Занзибара. Переправившись через озеро Альберт, Юнкер стал искать возможности пробраться далее.
Только в июле 1886 г. Юнкер покинул столицу Уганды и отправился в путь. Через полтора месяца он вышел к озеру Виктория и здесь сел на парусную лодку миссионеров, которая находилась в пути 26 дней. Плаванию мешали южные и юго-восточные ветры, особенно сильные в это время года. Переплыв озеро, Юнкер присоединился к большому каравану со слоновой костью и только в конце декабря 1886 г. достиг берега Индийского океана и затем Занзибара. Отдохнув на Занзибаре, Юнкер отправился на пароходе через Аден в Суэц, а оттуда по железной дороге в Каир. В апреле 1887 г., на торжественном собрании Русского географического общества в Петербурге, Юнкер выступил с подробным докладом о своем семилетнем путешествии по Экваториальной Африке.