С 1688 г. лавра подчиняется Московскому патриарху, а в 1786 г. переподчиняется киевскому митрополиту. К XIX в. Киево-Печерская лавра становится крупнейшим монастырем во всей России, площадь которого составляла до 30 г. В состав лавры входило шесть монастырей, множество пустынь, а на ее территории находилось 23 храма, шесть из них были пещерными. Обитель дала православному миру более полутора сотен святых подвижников, останки 119-и сохранились нетленными в пещерах. Лавра стала общерусской святыней и знаменитым местом паломничества не только у православных христиан, но и у униатов, благоговейно почитавших ее священные реликвии. Слава лавры во многом переносится и на Киев, получающий наименование Русского Иерусалима.
На территории лавры находился ряд захоронений выдающихся лиц. Здесь хоронились киевские и литовские князья, представители знатных родов и фамилий. В Великой церкви почивали мощи преподобного Феодосия, хранилась святая глава равноапостольного князя Владимира и была усыпальница князя К. И. Острожского. В церкви находилась чудотворная икона Божией Матери «Игоревская», пред которой, по преданию, в 1147 г. молился князь Игорь Олегович, во время его убиения. В храме также находились гробницы митрополита Петра Могилы, Варлаама Ясинского, фельдмаршала П.А. Румянцева. Возле трапезной было захоронение известного судьи украинского войска В. Кочубея и полтавского полковника И. Искры. В лавре нашел упокоение и бывший премьер-министр России П.А. Столыпин, убитый социалистами.
А недалеко от монастыря, в церкви Спаса на Берестове, была усыпальница основателя Москвы Юрия Долгорукого.
Приход к власти большевиков привел к безумному повсеместному уничтожению русских национальных святынь и тотальному истреблению православного духовенства. В 1918 г. у стен лавры был убит первый новомученик российский, митрополит Киевский и Галицкий Владимир, а в 1924 г. лавра была передана обновленцам. В 1926 г. на части ее территории был образован музейный городок, а в одном из корпусов размещена Государственная историческая библиотека Украины, находящаяся там до настоящего времени. К 1930 г. монастырь был полностью ликвидирован, а его братия расстреляна или сослана.
Лишь во время оккупации фашистами в монастыре на некоторое время были возоблены богослужения, до освобождения советскими войсками. Но и немцы нанесли непоправимый урон. В ноябре 1941 г. оккупационными войсками была взорвана Великая церковь Успения. После освобождения в лавре начались большие реставрационные работы по спасению архитектурного комплекса. Возродившемуся музею были возвращены из Германии более сорока ящиков уникальных произведений искусства, вывезенных оккупантами.
Восстановление православной обители было осуществлено в 1988 г., в связи с празднованием 1000-летия Крещения Руси, когда территория Ближних пещер была передана братии. В настоящее время нижняя лавра находится в ведении Украинской православной церкви Московского Патриархата, а верхняя лавра — в ведении Киево-Печерского историко-культурного заповедника. В 2000 г., по указанию президента Л. Кучмы, была восстановлена жемчужина лавры — Великая церковь, оставшаяся в ведении музея.
Особой благодатью по-прежнему обладают самые древние сооружения лавры — Ближние пещеры, называемые также Антониевыми, где под спудом должны находиться не найденные мощи святого, и Дальние, или Феодосиевы пещеры. Они состоят из системы подземных коридоров высотой до 2,5 м, а шириной до 1,5 м, на глубине 5—20 м. Общая длина Ближних и Дальних пещер составляет до 600 м. Здесь, на протяжении веков, находили упокоение лаврские подвижники, известные деятели церкви и культуры. В них упокоился легендарный летописец Нестор, авторы «Печерского Патерика» Симон и Поликарп, изограф Алипий, ученик Антония — целитель Агапит, былинный богатырь Илья Муромец, пришедший в монастырь в старости, и многие другие. В каждой пещере имеется по три подземных церкви, в которых и теперь проходят богослужения. Здесь совершается помазывание верующих драгоценным миром от мироточивых глав, а также одеваются чудотворные шапочки преподобного Марка и Иоанна Многострадального. В стенах подземных коридоров сохраняются узкие окошки келий лаврских затворников, которые в уединении вели молитвенную жизнь. По подсчетам, в Ближних пещерах находится более 70 мощей и 30 мироточивых глав; в Дальних — 45 мощей и 30 мироточивых глав. В 1980 гг. в подземельях была обнаружена святая келья преподобного Феодосия Печерского.