После этого события у подножия скалы отшельники возвели небольшой храм во имя Успения Пресвятой Богородицы. Но сама Стопа до 1649 г. оставалась под открытым небом, когда над ней выросла церковь Пресвятой Троицы. Со временем здесь все пришло в запустение, но тотчас преобразилось, когда помещица Анна Гойская, из старинного дворянского рода Козинских, принесла сюда в 1597 г. чудотворную икону Богоматери. Этот образ был преподнесен ей в дар за оказанное гостеприимство греческим митрополитом Неофитом, приезжавшим за милостыней в Москву Икона 30 лет хранилась в доме помещицы и являла чудеса. Но когда по молитве к ней прозрел ее слепорожденный брат Филипп Козинский, она преподнесла чудотворную икону монастырю.
О происхождении названия Почаевского монастыря существует несколько версий. По одной из них, оно произошло от фразы «Поча Дива творити чудеса». В разговорной речи, как считают лингвисты, слово «диво» утратило первую букву «д», и из двух слов «Поча ива» возникло Почаив.
Расцвет монастыря приходится на первую половину XVII в., в связи с деятельностью игумена Иова Почаевского (в миру Иоанна Железо), твердо и активно противостоявшего униатству и ополячиванию православных.
Богоматерь неоднократно являла Свое заступничество православному монастырю. В 1675 г., во время войны с турками, лавру осаждали полки союзных им татар. Монастырские стены не могли служить надежной защитой обители, и только чудо могло спасти братию. Они усердно молились перед чудотворным образом Божией Матери и перед ракой с мощами преподобного Иова. На утро над вражеским воинством явилась Пречистая Богородица с небесными ангелами, держащими мечи, и неразумные враги стали опрометчиво стрелять в них. Но стрелы возвращались назад и ранили пускавших их. В ужасе враги бежали от стен обители.
В начале XVIII в. Почаевский монастырь заняли униаты, а в 1721 г. в нем устраивается резиденция греко-католического монашеского ордена василиан. Щедрым благотворителем Почаевской лавры стал граф Николай Потоцкий, отстроивший на свои средства в 1780 г. новый Успенский собор и братский корпус. Этому способствовали чудесные обстоятельства, случившиеся с ним. Однажды взбесившиеся лошади перевернули графскую коляску, и он в гневе выхватил пистолет, чтобы убить зазевавшегося кучера. Но тот, подняв руки вверх, громко стал призывать милосердную Богородицу, безостановочно восклицая: «Матерь Божия, явленная в иконе Почаевской, спаси меня». Самонадеянный и гордый Потоцкий несколько раз стрелял из пистолета в кучера, но каждый раз случалась осечка. Вразумленный Божией силой, он решил посвятить себя устроению обители. Главным украшением лавры стал выстроенный им соборный храм Успения Божией Матери. В нем, над царскими вратами в звездчатом киоте, помещена была чудотворная Почаевская икона. Она и теперь тут, в третьем ярусе иконостаса, каждое утро после полунощницы икона опускается на лентах вниз для почитания верующими. Проистекавшие многочисленные чудеса от целительной святыни засвидетельствованы в монастырских книгах, в которых говорится об избавлении от неизлечимых недугов и благодатной помощи Богородицы в устроении различных дел. Особенно святыня помогает исцелению от болезней зрения. Чудотворность иконы официально была признана Римо-католической церковью в 1773 г., когда по благословлению Папы Римского образ был коронован. Так что она считается святыней не только православного мира, но и у христиан латинского исповедания.
Святыня лавры — Стопа Богоматери — находится также в Успенском соборе. Во время возведения храма в полу, над Следом Богородицы, оставили небольшой круг, а над ним установили балдахин в виде часовни. В 1884 г. он был заменен на ковчег, а над ним установлен большой бронзовый киот с барельефным изображением. Ковчег, изготовленный из толстого стекла с позолоченной крышкой, сверху накрыт вышитым на шелковом плате изображением Стопы Богородицы. В этом святом месте воочию ощущаешь благодатное присутствие Божией Матери, к помощи которой прибегают тысячи паломников на протяжении уже многих веков. Прикосновение к непостижимой тайне помогает глубже осознать величие нашего православия.
Здесь же можно испить из чудотворного источника, огражденного железной решеткой. Целительная вода разливается здесь иеромонахом, несущим послушание.
Почаевский монастырь был возвращен Православию в 1831 г., а через два года он получил наименование лавры, с присвоением ей четвертого места в статусе существовавших тогда в России лавр.