В село вела улица Басманная, по которой селились царские пекари, от татарского слова «басман», дворцовый или казенный хлеб. С времен Василия III и его сына Иоанна Грозного между Басманной слободой и рекой Яузой скоро образовалась целая Немецкая слобода[62]
, куда поселяли иностранцев, поступавших на государеву, прежде всего на военную, службу. Им запрещалось селиться в центре Москвы, и они селились здесь, как и ремесленники разных национальностей: голландцы, шведы, датчане. Но москвичи называли их всех немцами, от слова «немой», как плохо говоривших по-русски.Собор, освященный во имя Богоявления во время Крещения Господня, документально известен с 1687 г., а уже в 1712–1731 гг. на средства полковника Воронецкого и царевны Прасковьи Ивановны он перестраивается в камне. Участие в строительстве принял тогда и лично Петр I, пожаловавший для него кирпич, которому было важно возвести в Немецкой слободе храм для православных прихожан. Сюда он часто наезжал и сам, наведываясь к своим друзьям — Лефорту и Брюсу, а также к своей возлюбленной Анне Монс. Строительство собора тянулась долго, и он был освящен только в 1731 г. В нем был крещен будущий великий русский поэт Александр Пушкин, родившийся в Немецкой слободе в 1799 г. Собор простоял до 1837 г., пока на его месте не началось возведение нового храма, пристроенного к старой трапезной. Известный московский архитектор Е.Д. Тюрин возводит огромную величественную церковь в классическом стиле, которой, по мнению многих исследователей, заканчивается период московского ампира. Одним из благотворителей храма станет московский 2-й гильдии купец, потомственный почетный гражданин города Василий Иванович Щапов, покрывший треть издержек строительства. Вознесшийся пятиглавый собор потом более шести лет расписывается «священными изображениями греко-фряжского стиля». Освящение его состоится 18 октября 1853 г., совершенное митрополитом московским Филаретом (Дроздовым). В 1912 г. его росписи будут поновлены. Новая церковь станет одной из самых вместительных в Москве и самой известной своей благотворительностью, при которой будет создано Елоховское Богоявленское братство. В 1889 г. архитектором П.П. Зыковым будут надстроены граненый тамбур над трапезной и ступенчатые аттики. Колокольня возведена в традициях зрелого классицизма.
Особую роль храм сыграет в годы советской власти. Он не будет закрыт, хотя переживет неоднократные подобные попытки. Последнее его закрытие было намечено властями на воскресенье 22 июня 1941 г., по окончании литургии, но из-за начавшейся войны оно не было осуществлено. С 1938 г. Богоявленский храм в Елохове стал Патриаршим Кафедральным собором, исполняя эти функции до 1991 г., когда патриаршья кафедра была перенесена в Успенский собор Кремля. В этот период в нем происходили все церемониии интронизации московских патриархов: Сергия в 1943 г., Алексия I в 1945 г., Пимена в 1971 г. и Алексия II в 1990 г. В 1944 г. в его северном Никольском приделе был похоронен патриарх Сергий (Страгородский), гранитное надгробие которого осуществил академик А.В. Щусев, ставшее его последней работой. В 1947 г. здесь упокоились мощи святителя Алексия Московского, перевезенные архитектором П. Барановским из Московского Кремля. После варварского разрушения Чудова монастыря в 1929 г. они были перенесены в Архангельский собор, где пребывали до начала реставрационных работ. Эпоха митрополита Алексия стала временем возвышения Руси, которой он фактически управлял в период регентства над малолетним князем Дмитрием Донским. После сотворения чуда излечения Тайдулы, слепой жены золотоордынского хана Джанибека, он основал на подаренном татарами участке земли знаменитый Чудов монастырь в Кремле.
В Богоявленском соборе упокоились честные мощи святителя Иоасафа Белгородского, прославившегося своими духовными подвигами в XVIII в., бывшего наместника Троице-Сергиевой лавры, ставшего впоследствии епископом Белгородским. 9 декабря 2008 г. в южном Благовещенском приделе собора был захоронен пятнадцатый Патриарх Московский и всея Руси Алексий II.
Особую святость в Богоявленском соборе имеет чтимый список Казанской иконы Божией Матери, прежде находившийся в Казанском соборе на Красной площади. Он находится слева от Царских врат, являясь святой реликвией отечественной истории, связанной с освободительной борьбой 1612 г. Образ был перенесен сюда в 1930 г. из Богоявленского собора в Дорогомилове.
Казанская икона Божией Матери является наиболее распространенным образом в русской иконографии, глубоко почитаемым народом, ставшим защитницей России и олицетворением православной веры. Иконографически Казанская икона относится к сокращенному огрудному варианту Одигитрии («Путеводительницы»).