Монастырь был построен на местности, называемой Божедомкой, на кладбище которого погребали в общих могилах-скудельницах бездомных, убитых и утопленных, то есть умерших без покаяния, свозимых сюда со всей Москвы. При кладбище находились большие ледники — Божии (Убогие) дома, в которых хранились тела до времени погребения, осуществлявшегося два раза в год: на праздник Покрова и седьмой четверг по Пасхе. Здесь был брошен в яму и труп незадачливого Гришки Отрепьева, но неожиданно, по преданию, его тело оказалось перенесенным на другое кладбище. Его труп сожгли как колдуна, зарядили пеплом пушку и выстрелили в сторону запада, откуда явился самозванец.
Церковь не отворачивалась от несчастных, а собором 1548 г. установила «общее поминовение, по всем скончавшимся внезапною смертью». В дни погребений сюда приходили многие сердобольные москвичи и привозили в милостыню саваны, одежду и гробы для безвестных усопших. Они верили, что Бог сам знает имена почивших, и совершали общую панихиду. Кладбище просуществовало в таком виде до 1721 г., а затем стало обычным, где упокаивалось в основном богатое купечество и мещане. Упокоены здесь и дети именитых грузинских царей, погребенные в приделе Покровского храма: как сыновья грузинского царя Георгия XIII Илия, Окропир, Ираклий, дочь имеретинского царя Соломона царевна Дария. Погребены также грузинский митрополит Иона, а под Воскресенским собором покоятся останки митрополита Илиопольского и Ливанского Неофита.
В 1751 г. в обители устраивалась семинария, просуществовавшая здесь всего лишь пятнадцать лет. В середине века здесь возводится шатровая колокольня с затейливыми немецкими часами с боем.
После екатерининских церковных реформ и утверждения духовных штатов число монашеской братии здесь составило всего 6 человек. Монастырь был зачислен в разряд заштатных, на содержание которого из казны отпускалось всего 27 руб. 77 коп. в год. Доходы монастыря стали небольшими, и от нехватки средств он стал приходить в запустение. Поддерживать в исправности монастырские строения стало невозможным, поэтому через двадцать лет пришлось разобрать из-за ветхости оба храма и ограду обители. Но на рубеже XIX в., благодаря щедрым пожертвованиям купца Диомида Мещанинова и других благотворителей, началось возрождение обители. Удалось возвести одноглавый храм во имя Всех Святых с двумя приделами, восстановить ограду и устроить мужскую богадельню на 12 человек, а чуть позднее вне стен монастыря возникла и женская богадельня.
Благодаря щедрой милостыне удалось возвести в 1814 г. и одноглавую церковь Покрова Божией Матери из двух ярусов, в которых было по три престола. Но нашествие французов в 1812 г. принесло неисчислимые бедствия обители и значительные разрушения храмов. Лишь через десять лет удалось восстановить прежний вид обители, а к середине века развернуть в ней активное строительство, возведя братские корпуса, каменные стены с восемью башнями, конный двор и многие хозяйственные постройки. Под руководством известного московского архитектора М.Д. Быковского, искавшего национальные пути развития русского зодчества, началась перестройка храма во имя Всех Святых, приобретшего величественный вид и переосвященного во имя Воскресения Словущего. Просторный пятикупольный храм с тремя престолами и световой ротондой под куполом, обильно украшенный русско-византийским декором, вместил в себя и часть старого храма: восточную стену главного алтаря и центральную часть с четырьмя подкупольными столпами. Храм был искусно расписан на темы евангельских сюжетов, фрагменты которых частично сохранились, а главный алтарь украшен великолепным пятиярусным резным иконостасом. К началу XIX в. была перестроена и колокольня в стиле классицизма, ставшая трехъярусной, достигнув высоты тридцати двух метров. На нее были водружены колокола работы известного мастера-литейщика К.М. Слизова.
Монастырь был закрыт в 1920 г. Были снесены колокольня и часть монастырской ограды, от которой остались стоять одинокие Святые врата, уничтожен старинный некрополь, где был разбит парк культуры и отдыха Ждановского района с аттракционами и стадионом. Лишь в 1994 г. древняя обитель была освобождена от сторонних организаций и передана РПЦ, где был учрежден Свято-Покровский монастырь, ставший теперь женским, четвертым монастырем в Москве.
В 1996 г. с озера Селигер из Ниловой пустыни сюда была доставлена частичка мощей преподобного Нила Столобенского, в честь которого освящен один из престолов Покровского храма. А в мае 1998 г. сюда перенесли честные останки блаженной старицы Матроны Московской.