Французский историк Ж. Каркопино следующим образом определил возникшую проблему: «Если бы в ходе раскопок под базиликой Константина были бы найдены хотя бы следы гробницы Петра и при этом было бы установлено, что они относятся к 258 году или к более раннему периоду, это упрочило бы изначальное единство культа великомученика, а также позиции главы Католической церкви как правопреемника первого из апостолов. Но если бы, напротив, никаких следов найти не удалось, основы, на которых испокон веков зиждилось верховенство римского епископа, были бы поколеблены. Вот почему это предприятие было сопряжено с огромным риском, но вместе с тем, в наш век все возрастающего недоверия к основам религии, оно давало великий шанс, который мог бы способствовать упрочению этих основ». И вот в 1939 году Пий XII, взвесив все обстоятельства, решил использовать появившийся у него шанс…
Руководство раскопками Папа доверил четырем ученым: иезуитам Ферруа и Киршбауму, и мирянам Аполлонию Гетти и Хоси. И закипела работа. Но вспыхнула Вторая мировая война. Однако в Ватикане, обойденном войной, ученые и археологи продолжали раскопки, которые велись порядка десяти лет… Правда, о ходе проводимых работ знали лишь считаные люди.
Но почему же эти раскопки осуществлялись втайне? И каковыми оказались их результаты? Наконец, в январе 1952 года был опубликован «Отчет о раскопках, проводившихся в соборе Святого Петра в Риме беспрерывно с 1939 по 1949 год», тиражом полторы тысячи пронумерованных экземпляров. Отныне о раскопках узнал весь мир. А значит, появилась возможность ответить на вопрос: удалось ли обнаружить гробницу святого Петра?
Но прежде следует отметить, что в ходе этих раскопок были сделаны удивительные и неожиданные открытия. Например, раньше считалось, что южные стены собора опираются на стены цирка Нерона. То есть часть собора Святого Петра находится над тем самым местом, где при Нероне казнили христиан, и где, скорее всего, был распят и апостол Петр. Однако раскопки показали совсем другую картину. Оказывается, базилика Константина была сооружена не на месте цирка Нерона, а там, где когда-то находилось кладбище.
И можно только догадываться, какое волнение охватило археологов, когда они, оказавшись в подполе базилики Константина, сначала наткнулись на один мавзолей, а потом и на другие. При этом все они стояли в ряд, сформировав своеобразную подземную анфиладу. А затем был открыт настоящий некрополь: несколько десятков мавзолеев, а также глиняных саркофагов и каменных склепов с навесами…
Постепенно археологи смогли выяснить очертания и площадь кладбища. Это был самый крупный древнеримский некрополь из всех, когда-либо открытых археологами. И находился этот некрополь как раз под нефом собора…
На стенах погребений были надписи, из которых следовало, что мавзолеи предназначались, в первую очередь, для язычников, и только в некоторых из них покоился прах христиан. Отсюда следовал вывод, что правоверных стали хоронить здесь еще в начальный период христианства. То есть задолго до того, как Константин приказал воздвигнуть на этом месте храм. А это значит, что некоторые христиане предпочли это языческое кладбище в качестве последнего пристанища, вместо пещер, где покоились одни лишь их собратья по вере.
Но для такого решения требовалась очень веская причина. Возможно, часть христиан возжелала обрести вечный покой рядом с мощами Петра. Тем более что в некрополе была обнаружена пустая четырехугольная комната, которую со всех сторон окружали мавзолеи и склепы, относящиеся к началу новой эры. И располагается это «пустое» пространство как раз под «Исповедальней» святого Петра.
В официальном же отчете об этом факте говорится следующее: «Установив, что земля в этом месте совершенно нетронутая (никаких захоронений здесь никогда не было), можно утверждать, что это место почиталось еще до того, как вокруг него выросли другие захоронения; учитывая, что самые древние могилы расположены достаточно глубоко, можно сделать вывод, что это место было огорожено еще в I веке». Более того, в I веке эта «пустота» была огорожена стеной, на которой присутствуют фрагменты красно-белой штукатурки.
А в 161 году вокруг загадочной могилы было установлено дополнительное заграждение: «красная стена» высотой 2,5 метра, толщиной 60 сантиметров и длиной 7 метров. То есть, она ограждала прямоугольный участок площадью почти 25 квадратных метров. Но «это говорит о том, что в те времена – в конце II века – могилу уже не оберегали, но тем не менее вокруг нее хотели сохранить некое «священное пространство».