Бедные люди видели в гонимом патриархе своего отца и усерднейшего помощника во всех делах. Но не дремали и недоброжелатели, которые так настроили царя, что он потребовал поместного Соборного суда над Никоном. На нем было решено избрать нового патриарха, а Никона лишить даже архиерейства и священства. Такое усердие смутило Алексея Михайловича, который считал Никона виновным перед собой, светским монархом, но не перед духовным судом. Царь долго находился в нерешительности, а потом обратился к греческим «канонистам», которые одобрили решение Собора и даже подтвердили это ссылками на Номоканон. Однако приглашенный на Собор иеромонах Славинецкий разоблачил измышления греков и в обширнейшей записке царю толково и ясно доказал всю несостоятельность приводимых греками доводов. Ссылаясь на церковное право, он утверждал, что Собор может избрать нового патриарха, но не имеет права лишать Никона архиерейства и священства, так как добровольно отрекающиеся архиереи не могут быть лишены сана без вины и суда.
Благоразумие некоторых других пастырей (в частности, архимандрита Полоцкого Игнатия) остановило суд над Никоном, но несмотря на это, царь поручил заведовать патриаршими делами Крутицкому митрополиту Питириму. У Никона отобрали некоторые владения, принадлежавшие патриаршей кафедре; без его согласия стали выходить царские именные указы (чего раньше никогда не было) о постановлении монастырских властей и других священно– и церковнослужителей…
Александрийский патриарх Паисий Лигарид сначала пытался помирить царя и патриарха, но потом сошелся с боярами и архиереями и стал открыто против Никона. С его подачи Алексей Михайлович решил обратиться к Вселенским патриархам, как к верховным судьям Православной церкви. Было составлено послание ко всем восточным патриархам об определении вопроса о царской и патриаршей власти. Имя Никона в послании не было указано, чтобы решение восточных патриархов было беспристрастным. На обсуждение были представлены случаи, которые происходили в России, но в такой форме, как будто неизвестно, когда и с кем это случилось. Даже представлялось, что подобные случаи и вовсе не происходили, но могли бы случиться, и потому надо знать, как следует поступать в подобных ситуациях.
Для окончательного решения вопроса царь Алексей Михайлович пригласил восточных патриархов в Москву, но патриархи Иерусалимский и Константинопольский отказались приехать, и Собор открыл суд над Никоном под председательством самого царя. Никон оправдался против предъявленных ему обвинений, но на последнем заседании Собора по приговору восточных патриархов его все равно лишили патриаршества. По неуступчивости и упрямству своего характера Никон назвал суд незаконным, а Восточных патриархов пришельцами, наемниками и беспрестольными. Но в Благовещенском соборе Кремля патриархи сами сняли с Никона знаки патриаршества (кроме панагии), оставили его в звании простого монаха, возложили на его голову простой монашеский клобук, но мантии и жезла на этот раз не отобрали.
Москва была в большом волнении по случаю суда над Никоном, народ толпами собирался у его дома, так что даже пришлось поставить стражу. Ранним утром 13 декабря 1667 года люди стали собираться в Кремле, чтобы последний раз получить благословение бывшего патриарха. Но власти боялись, чтобы не произошло какого-либо волнения, и объявили, что Никона повезут по Сретенке, а на самом деле его повезли другой дорогой в сопровождении конного конвоя из 200 стрельцов.
В ссылку патриарх отправился в сильную стужу даже без зимней одежды, ибо ничего не принял от царя. Новоспасский архимандрит Иосиф, провожая Никона до Клязьмы, снабдил его кое-какими теплыми вещами, а другие не только не питали к опальному патриарху жалости, но даже лишили его хлеба насущного и грубо обращались с ним до самого места изгнания. По дороге в Ферапонтов монастырь остановки были редкие и короткие, причем в самых глухих местах, так как людских сел и монастырей стражники избегали.
Ферапонтов монастырь был бедный, и узнику отвели в нем две закоптелые и душные кельи. Стража обходилась с ним не только грубо, но и жестоко, заколотив в его келье наглухо все окна железными решетками. Никону запретили писать и получать письма, только изредка доходили до изгнанника смутные слухи о том, что делается в Москве и как проходит восстание Степана Разина. Тяжело приходилось ему в заточении: деятельная натура Никона жаждала широкой общественной деятельности, а в стенах монастыря ему было тесно и душно. Но ни бедность содержания, ни угнетения не поколебали его неукротимого духа… Обаяние низложенного патриарха и в унижении было велико. Из соседних сел, городов и монастырей съезжались монахи, чернецы и другой люд и все подходили к нему под благословение, целовали руку и величали патриархом.