Султан явно желал перейти к реорганизации внутреннего строя армии; он установил для неё новую форму и стал вводить более строгую дисциплину; янычар нововведения не коснулись. В это время Порте пришлось столкнуться с двумя серьёзными вызовами: во-первых, восстание видинского паши Пасван-Оглу (1797 г.), который явно пренебрегал приказами, исходившими от правительства, во-вторых, египетская экспедиция Наполеона.
Кучук-Гуссейн двинулся против Пасван-Оглу и вёл с ним настоящую войну, не имевшую определённого результата. Правительство вступило наконец в переговоры с мятежным наместником и признало его пожизненные права на управление Видинским пашалыком, в действительности – на началах почти полной независимости.
В Стамбуле оставались лишь каймакам (помощник великого визиря) и заместители министров. Шейх-уль-ислам воспользовался этим моментом для заговора против султана. В нем приняли участие улемы и янычары, среди которых распространялись слухи о намерении султана расформировать их, распределив по полкам регулярной армии. К заговору примкнул и каймакам.
В назначенный день отряд янычар неожиданно напал на гарнизон постоянного войска, стоявший в столице, и произвёл среди него резню. Другая часть янычар окружила дворец Селима и требовала от него казни ненавистных им лиц. Селим имел мужество отказаться. Он был арестован и заключен под стражу. Султаном был провозглашён сын Абдул-Хамида Мустафа IV (1807–1808 гг.). Резня в городе продолжалась два дня. От имени бессильного Мустафы управляли шейх-уль-ислам и каймакам. Но и у Селима оставались свои приверженцы.
Во время переворота Кабакчи Мустафы, Мустафа Байрактар (паша болгарского города Рущук) и его приверженцы начали переговоры по поводу возврата султана Селима III на престол. Наконец, с 16‐тысячной армией, Мустафа Байрактар отправился в Стамбул, отправив ранее туда Хаджи Али Агу, который убил Кабакчи Мустафу 19 июля 1808 г.
Царствование Махмуда II
Не уступая Селиму в энергии и в понимании необходимости реформ, Махмуд был гораздо более жестким, чем Селим: злой, мстительный, он в большей степени руководствовался личными страстями, которые умерялись скорее политической дальновидностью, чем действительным стремлением ко благу страны.