Почва для нововведений была уже несколько подготовлена, способность не задумываться над средствами тоже благоприятствовала Махмуду, и потому его деятельность оставила всё же более следов, чем деятельность Селима. Своим великим визирем он назначил Байрактара, распорядившегося избиением участников заговора против Селима и других политических противников. Самого же Мустафу на время пощадили.
Как первую реформу, Байрактар наметил реорганизацию корпуса янычар, но он имел неосторожность отправить часть своего войска на театр военных действий; у него оставалось только 7 тысяч солдат. 6 тысяч янычар совершили на них неожиданное нападение и двинулись к дворцу с целью освободить Мустафу IV.
Байрактар, с небольшим отрядом запершийся во дворце, выбросил им труп Мустафы, а затем взорвал часть дворца и похоронил себя в развалинах. Через несколько часов подоспело верное правительству трехтысячное войско с Рамиз-пашой во главе, разбило янычар и истребило значительную их часть.
Даже на оставшейся у империи территории правительство не чувствовало уверенности. В Сербии в 1817 г. началось восстание, окончившееся в 1829 г. лишь после признания Сербии по Адрианопольскому миру отдельным вассальным государством, с собственным князем во главе. В 1820 г. началось восстание Али-паши Янинского. Вследствие измены его собственных сыновей он был разбит, взят в плен и казнён; но значительная часть его армии образовала кадры греческих повстанцев.
В 1821 г. восстание, переросшее в войну за независимость, началось в Греции. После вмешательства России, Франции и Англии и несчастной для Османской империи Наваринской (морской) битвы (1827 г.), в которой погиб турецкий и египетский флот, османы потеряли Грецию.
Избавление от янычар и дервишей (1826 г.) не спасло турок от поражения как в войне с сербами, так и с греками. За этими двумя войнами и в связи с ними последовала война с Россией (1828–1829), окончившаяся Адрианопольским миром 1829 г. Османская империя потеряла почти всю Сербию, Молдавию, Валахию, Грецию, восточное побережье Чёрного моря.
Махмуд II начинает модернизацию в 1839 г