Всю жизнь Никодим стремился к новым знаниям, изучал языки, читал религиозную литературу, стал в конце концов одним из крупнейших специалистов по вопросам богословия, отдельным проблемам церковной истории. Своей должностью и своим образованием он не был удовлетворен, и в середине 50-х решает продолжить учебу в Московской духовной семинарии, затем — академии. Последнюю он окончил со степенью кандидата богословия, защитив работу на тему «Административная и проповедническая деятельность святого Иоанна Златоустого на Константинопольской кафедре». Способности Никодима были очевидны церковному руководству РПЦ, да и от светских властей они не укрылись. В 1958 году начинается «внешнеполитическая» деятельность Никодима. Он назначается сотрудником Русской духовной миссии в Иерусалиме и вскоре становится ее начальником. В то время работа на Ближнем Востоке, в Палестине, а тем более — в Иерусалиме, городе, с которым связывали свои чаяния все мировые религии и многие державы, была одной из наиболее сложных. Между арабами и евреями, а в конечном счете — между СССР и Западом велась постоянная борьба в этом регионе и за этот регион. От представителя интересов Русской Православной Церкви (а в значительной мере и, собственно, Советского Союза) требовались незаурядные дипломатические способности, политическое чутье. На столь ответственном посту Никодим оставался до 9 февраля 1961 года. 5 июля того же года Никодим получил хиротонию, стал епископом Костромским и Галицким. На Костромской кафедре пастырь находился до апреля 1964 года. Затем Православной Церкви опять понадобился дипломатический, политический опыт Никодима. Его новым местом работы стала Южная Америка.
Никодим был назначен епископом Аргентинским и Южно-американским, в 1968 году — архиепископом, экзархом Центральной и Южной Америки, включая Мексику. Регион, надо сказать, тоже непростой. Постоянные военные перевороты, область непосредственных интересов США, Великобритании, Испании, Португалии, СССР, Кубы, Франции. И значительное число в Аргентине и Бразилии эмигрантов из славянских стран (в частности из Украины). Никодим хорошо владел испанским языком, и поэтому не только много работал над становлением Духовных миссий РПЦ, но мог непосредственно общаться с властями. Занимался он и богословской деятельностью. Он перевел на испанский тексты Божественных литургий Василия Великого, Иоанна Златоуста и Григория Двоеслова. За это архиепископ был награжден специальными грамотами правительств Аргентины и Чили. В 1968 году он участвовал в ассамблее Всемирного Совета Церквей. В конце 60-х Никодим неоднократно обращается к церковному руководству с просьбой освободить его от обязанностей главного православного священника Южной Америки. Эта просьба была удовлетворена лишь в 1970 году. Но и после этого он был назначен временно исполняющим обязанности экзарха, несколько раз посещал Аргентину. Полностью от этих обязанностей его освободили только в 1977 году. За свою усердную и полезную церковную деятельность в Южной Америке Никодим был награжден орденом Святого равноапостольного князя Владимира I степени.
В 1970 году Никодим становится архиепископом Харьковским и Богодуховским и остается им до 1983 года. В то же время он постоянно привлекался РПЦ для работы на внешнеполитическом поприще, неоднократно ездил в Иерусалим, бывал в Японии, Бельгии, Канаде, Испании, Греции. Никодим справедливо считался одним из экспертов Церкви в отношениях с другими странами, являлся членом таких обществ дружбы, как Канада-СССР, Бельгия-СССР, участвовал в работе Всеафриканского церковного Конгресса, впоследствии был награжден орденом Дружбы народов.
В 1983 году Никодим был назначен архиепископом Львовским и Тернопольским, а через два года был возведен в сан митрополита. В сентябре 1989 года Никодим решением Св. Синода был освобожден от управления Львовской епархией и назначен митрополитом Харьковским и Богодуховским. Скоро его узнали все харьковчане, религия выходила из своего полуподпольного положения, ее пастыри, наконец, могли сосредоточиться на делах, связанных непосредственно с православием. В 1991 году Никодим как крупный специалист по богословской литературе был назначен председателем комиссии Русской Православной Церкви по богослужебным текстам. Но, возможно, кульминационные события в деятельности этого человека произошли в 1992 году.