В то время ректором университета был видный ученый Тимофей Федорович Осиповский. Сам он читал курсы по математическому анализу, механике и астрономии. Его отношение к математике и физике сказалось на судьбе талантливого студента, поддерживало его на выбранном пути. Михаил Васильевич получил студенческий аттестат и был представлен Осиповским на получение кандидатского диплома. Кандидатский экзамен по математике Остроградский сдал успешно, но тут на сцену вышел преподаватель философии и богословия некто Дудрович. Он давно враждовал с ректором и потребовал, чтобы молодой ученый сдал и экзамен по философии. Однако сам он отказался принимать этот экзамен. Осиповский был в ярости, а Дудрович отправил жалобу на имя попечителя учебного округа Карнеева. В нем Дудрович, в частности, писал: «Явная ко мне ненависть господина ректора Харьковского университета Осиповского доходит уже до крайности. За мой отказ экзаменовать студента Остроградского из философии он самым непристойным образом изливал на меня досаду, кричал "что я сумасшедший, записался в мистики"» Далее Дудрович говорит, что, несомненно, под мистиками понимают и самого Карнеева, и министра духовных дел и народного просвещения Голицына, о котором, дескать, Осиповский не раз говорил, что тот невежда и ничего, кроме Библии, в жизни не читал. Стоит напомнить, что в то время в стране поднималась волна реакции, царь был настроен действительно более чем религиозно. Министр Голицын был известен как мракобес и завоевал на поприще «воспитания» России в православном духе славу не меньшую, чем Аракчеев на поприще гражданском и военном. А Осиповский действительно был настроен оппозиционно, не скрывал и своих материалистических воззрений. Так что Дудрович сделал верную ставку, заканчивая письмо так: «Сейто рассудок г. ректора является причиною, что ни один почти из обучающихся по части математики студентов, коих он глава, почитающий все за вздор и сумасшествие, что не подлежит его математическим выкладкам, не ходит ни на богопознание и христианское учение, ни на лекции по части философии…» Осиповского вскоре уволили, математическая школа в Харькове надолго пришла в упадок. А дело Остроградского Карнеев передал Голицыну. Из его канцелярии ответили, что Остроградский должен еще раз, во избежание неразберихи, сдать экзамены для получения аттестата, а затем уже в должном порядке заниматься кандидатской степенью. Решение было совершенно несправедливым, и Остроградский публично попросил вычеркнуть его из списков выпускников. А диплом у него отобрали еще по ходу разбирательства. Так что будущий академик свидетельства об университетском или, по-нашему, — высшем образовании не имел.
Его это, правда, не очень расстроило. Михаила Васильевича интересовала сама наука, а не ее атрибуты. Он попросил отца отправить его в Париж. В то время там работали такие светила мировой математической, технической науки, как Коши, Лаплас, Лагранж, Пуассон, Фурье. Именно во Франции формировался математический аппарат теории упругости, теории распространения тепла, математической теории электричества, магнетизма, теории распространения волн. Все это хорошо совпадало с научными интересами Остроградского, который всю жизнь тяготел к прикладной математике.