Параллельно с борьбой части населения Украины за независимость началась и нешуточная борьба среди украинских православных священников. Часть из них, отчасти справедливо, обвиняло официальное руководство церкви в соглашательстве с советской властью, в неподобающем пастырям малодушии, работе «на органы». Как и в политике, движение это использовали и те священники, которые и сами не отличались какой-то особой принципиальностью при советской власти, зазвучали лозунги об отделении Украинской Православной Церкви от Московского патриархата. Движение возглавил митрополит Киевский Филарет. Новейшая история борьбы двух течений в украинском православии включает в себя немало просто кровавых страниц, зачастую недостойных столь солидных организаций, которые должны нести в массы идеалы терпимости и добра.
«Московскую» партию возглавил Владимир (Сабодан). Никодим же сыграл далеко не последнюю роль в сохранении позиций УПЦ-МП. Именно он организовал знаменитый Харьковский архиерейский собор в 1992 году. Этот форум состоялся в Свято-Покровском монастыре, председателем как старший по хиротонии был Никодим (он и сейчас остается старейшим из украинских иерархов). Собор решительно осудил раскольнические действия Филарета и его сторонников. Позже Филарет был предан анафеме. Таким образом, было зафиксировано образование двух украинских православных церквей — Московского и Киевского патриархата. Само по себе сохранение авторитета церкви, зависимой от Москвы в том или ином виде (а в данном случае — просто непосредственно), шло несколько вразрез с официальным настроением властей. Но Харьков все же город русскоязычный, к России здесь не стали относиться как к потенциальному врагу, общественного движения против Никодима здесь не наблюдалось, и он остался во главе местной епархии, причем наиболее влиятельным среди своих коллег из других конфессий.
Об этой услуге, оказанной Церкви, не забыл ни митрополит Киевский Владимир, ни патриарх РПЦ Алексий, ни президент России, а затем при изменении политики государства, угасании национализма, и руководство Украины. Никодим получил грамоту от Путина, орден «За заслуги» от Кучмы, всевозможные награды от Православной Церкви разных стран: все высшие ордена Иерусалимской Православной Церкви, ордена Антиохийской, Русской, Польской, Кипрской, Украинской Православных Церквей. В 1993 году Вселенским Патриархом Варфоломеем Никодим был удостоен права ношения двух панагий.
В Харькове Никодим стал заметной общественной, публичной фигурой. Во-первых, ему пришлось активно заниматься вопросами возвращения храмов, их ремонта, основания духовно-образовательных учреждений, монастырей. При нынешнем митрополите было возобновлено издание сразу нескольких православных периодических изданий, которые не выходили с 1917 года (это, в первую очередь, «Харьковские епархиальные ведомости»), сам митрополит несколько лет проповедовал на телевидении. Продолжалась деятельность на богословском поприще. В 1994 году Никодим стал председателем комиссии по канонизации новоправославленных святых при Синоде Украинской Православной Церкви, он является постоянным членом Священного Синода Украинской Православной Церкви Московского патриархата. Кстати, Никодим поддерживает не только теологические, богословские занятия, он активно участвует в организации и работе многих мероприятий, связанных с общим развитием культуры и науки Харькова. (Здесь интересы Никодима касаются, естественно, истории края.) Никодим является почетным профессором нескольких высших учебных заведений — в том числе Киевской духовной академии, Харьковского госуниверситета, Харьковского института искусств.
Никодим широко сотрудничает с представителями других традиционных конфессий. Небезызвестный барон Ходос, в свое время один из лидеров еврейской религиозной общины города, прямо говорил о своих теплых отношениях с православным митрополитом. Никодим резонно замечает, что обеспечение мирного сосуществования со всеми организациями региона — одна из задач его собственной организации. Кстати, не всем нравится такая позиция. Сравнительно недавно разразился конфликт с братией Свято-Покровского монастыря — они предъявили иерарху обвинение в том, что он якобы освятил купол нового храма армянской церкви. Братия покинула монастырь, а митрополит сурово осудил их позицию.
Недавно увидело свет трехтомное собрание сочинений харьковского митрополита. Среди его произведений есть и автобиографическое «Жребий, брошенный Богом», и ряд стихотворений, сочинения богословского и публицистического характера (например, статья о необходимости восстановления войскового священничества по примеру западных стран). Отдельными изданиями увидели свет его сборники служб и акафистов.