В 1995 году по инициативе Семиноженко объединение было преобразовано в первый академический научно-технологический концерн «Институт монокристаллов» НАН Украины. Владимир Петрович до сих пор остается руководителем этого учреждения, заботится о его процветании, занимается не только наукой, но и заключением международных договоров, в этом смысле «Монокристалл» — лидер отечественной науки, пример того, что и в тяжелых экономических условиях, в условиях постоянной утечки мозгов Украина может реализовывать свой богатейший научный потенциал, быть лидером научно-технического прогресса во всем мире. При этом Семиноженко настаивает на том, что он прилагает все усилия, дабы никто из зарубежных партнеров института не получал эксклюзивных прав на использование интеллектуальных достижений последнего.
В 1994 году герой нашего очерка был избран народным депутатом Украины в Дзержинском районе Харькова. В Верховной Раде Семиноженко как законодатель более всего занимался вопросами социальной защиты, науки и образования, очень быстро стал авторитетом всеукраинского уровня в последних двух областях. Конечно, Владимир Петрович оказался в самой гуще работы по разработке и принятию Конституции Украины, которая была принята 28 июня 1996 года. В том же году в Украине было создано Министерство по делам науки и технологий, первым руководителем которого стал Владимир Петрович. В 1998 году он опять был избран народным депутатом.
С августа по декабрь 1999 года Семиноженко был уже вице-премьер-министром Украины. Он стал одним из инициаторов пенсионной реформы и реформы системы медицинского страхования. После окончания полномочий правительства Валерия Пустовойтенко Семиноженко оказался опять в Раде, где занимался любимой проблематикой — возглавил парламентский Комитет по вопросам науки и образования.
Владимира Петровича снова привлекли к правительственной работе в кабинете Анатолия Кинаха. С июня 2001 по ноябрь 2002 года Семиноженко находился на посту вице-премьера. Он работал над вопросами системы социальной защиты населения, реализации тех самых пенсионных и медицинских реформ. Особое внимание вице-премьера привлекала разработка инновационных принципов развития национальной науки и производства. Инновации — излюбленная тема Владимира Семиноженко. Им посвящен ряд его книг и статей по экономике, науке и другим областям. Одна из структур инновационного типа — технологические парки, в организации деятельности которых в Украине огромная заслуга Семиноженко. Сам он стал руководителем технологического парка «Институт монокристаллов» (организован в 2000 г.) и много времени посвятил распространению так называемой «харьковской модели инновационного развития». В тот же период правительственной деятельности Семиноженко возглавлял наблюдательный совет Украинского фонда борьбы со СПИДом, Национальный координационный совет борьбы с наркоманией и другие организации.
Под руководством Семиноженко Северо-Восточный центр НАН Украины предложил ряд региональных научно-технических программ. Руководство страны приняло предложенную Владимиром Петровичем новую модель управления наукой — был создан Совет по вопросам науки и научно-технической политики при Президенте Украины, сеть научно-координационных советов при облгосадминистрациях. Постоянные поиски новых решений привели Семиноженко и в другую организацию — он возглавил фонд «Новые имена Украины». С ноября 2003 года Владимир Петрович занимал должность советника Президента Украины. По выражению вице-президента Национальной Академии наук Украины Ивана Кураса, Семиноженко способен обгонять время и заглядывать в будущее.
Желание академика найти эффективные решения различных проблем с помощью региональных программ нашли отражение не только в научных проектах, но и в общеполитической ориентации. Недаром он стал одним из организаторов Партии регионов и возглавлял ее до апреля 2003 года, когда на посту руководителя его сменил Виктор Янукович. Во время бурных событий выборов-2004 Владимир Петрович опубликовал статью, в которой говорил о «третьей силе» и о том, что он «не за оранжевых и не за бело-синих, а за триколор». 14 февраля 2005 года Семиноженко подал заявление о своем выходе из Партии регионов.
Владимир Петрович — лауреат большого количества премий и наград: дважды лауреат Государственной премии Украины в области науки и техники, лауреат Международной премии в области ядерной физики, он также награжден орденами «За заслуги» I, II и III степени.