Обстановка накаляется. Толпа манифестантов делится на отдельные группы, которые затем врываются в жилища армян и подвергают их разного рода насилию. Вслед за ними приходят правительственные чиновники с готовыми документами, содержащими просьбу о выезде, и предлагают армянам их подписать. Согласившиеся на это могут собрать то, что осталось от их вещей (деньги и ценности украдены), после чего они должны немедленно отправляться в порт. Здесь, перед посадкой на корабли, беглецов еще раз обыскивают, а иногда и избивают.
За одну неделю, с 13 по 19 января, в Баку было убито около 200 армян. Многих (как было и два года назад в Сумгаите) спасли соседи или друзья азербайджанской и русской национальности, спрятав их от бандитов.
Если в Сумгаите, по выражению Горбачева, войска Советской армии опоздали на три часа, то в Баку они вмешались лишь неделю спустя после начала погромов, а затем в городе было объявлено военное положение.
На пути к независимости
Несмотря на эти события, националистической оппозиции в Армении все больше удается взять власть в свои руки. Тем временем стычки между армянами и азербайджанцами происходят и на границе с Нахичеваном.
В марте Горбачев приказывает властям обеих закавказских республик нормализовать положение. Между тем литовский парламент принял голосованием решение об отделении своей республики от СССР. 14 марта в Москве на Внеочередном съезде народных депутатов Горбачева избирают полномочным президентом страны.
20 мая 1990 года Армянское Национальное Движение побеждает на законодательных выборах, а 4 августа бывший диссидент Левон Тер-Петросян, востоковед и переводчик, избирается на должность главы парламента. В конце мая происходят серьезные столкновения армянских отрядов самообороны с советскими войсками; обстановка на границе между Арменией и Азербайджаном все больше напоминает открытую войну. Новая армянская власть 23 августа 1990 года объявляет о суверенитете Армении, а позднее бойкотирует референдум, назначенный Горбачевым на 17 марта 1991 года за «сохранение обновленного Союза».
Условия, в которых оказывается новое суверенное государство, похожи на те, которые были в Независимой Армении в 1918-1920 годах. После пережитого страшного землетрясения, находясь в состоянии войны с Азербайджаном, страна вынуждена противостоять экономической блокаде со стороны Москвы и перекрытию дорог азербайджанцами, тогда как количество беженцев превосходит уже десятую часть населения. Суверенная Армения не имеет никакой политической поддержки со стороны какого-либо государства. Действительно, если Горбачев как будто смирился со все более очевидным крахом коммунизма во многих странах Восточной Европы, то в отношении советских республик дело обстояло совсем иначе. Вплоть до января 1991 года Советская армия пытается положить конец стремлению Литвы и Латвии к независимости. Запад же, озабоченный желанием оказать поддержку Горбачеву, никак не влияет на то, что считает внутренней политикой Москвы.
И все же, несмотря на столь неблагоприятные для армян обстоятельства, три миллиона жителей армянской республики не уступят десяти миллионам азербайджанцев в теперь уже открытой войне за Карабах.
Многочисленные попытки, предпринятые Горбачевым в 1991 году с целью сохранить Советский Союз или найти новую форму объединения республик, оказываются тщетными. Уже в феврале и марте, после референдумов в Литве, Латвии и Грузии, на которых большинство населения высказывается в пользу отделения, эти республики объявляют свою независимость. В марте в России начинается массовая забастовка шахтеров, которая будет продолжаться два месяца и к которой из солидарности примкнут рабочие многих предприятий. Весь Советский Союз оказывается в тисках экономического кризиса. Перестройка подвергается испытанию, и если она не сумеет преодолеть недовольство и сумятицу этого переломного момента, то опасность возвращения назад к коммунистической диктатуре станет все более реальной.
Весной и в начале лета 1991 года Москва еще раз пытается разрешить армянский вопрос старыми методами: советские войска и азербайджанский ОМОН предпринимают военную операцию по принудительному вывозу жителей нескольких армянских деревень, расположенных на территории Азербайджана, на границе Нагорного Карабаха. Перерезав коммуникации и отключив электрический ток, войска входят в деревни; ОМОН и местное азербайджанское население открыто грабят имущество армян и заставляют их подписывать заявления о «добровольном переселении»; одних армян убивают, других избивают, пытают, многим угрожают.
Те же сцены повторяются на севере Армении, в нескольких деревнях, куда вступают советские войска и азербайджанская милиция. Это происходит 3 мая — в тот самый момент, когда советский президент принимал в Кремле председателей президиума Верховного Совета Армении и Азербайджана. 6 мая Горбачев попытался публично оправдать проведение советскими войсками операций в армянских деревнях на границе с Азербайджаном, ссылаясь на необходимость «обезоружить армянских экстремистов».