В тот же день в проповеди по случаю своей интронизации новый католикос подчеркивает уникальность исторического момента для армян: в их жизни открылась новая страница. Армения освободилась от тоталитарной власти последних семидесяти лет, стала независимой республикой, и впервые за несколько веков глава этого свободного государства принимает участие в церемонии возведения на престол католикоса. Так же, в перспективе предстоящего юбилея — 1700-летия крещения Армении, — должна открыться новая страница и в жизни Армянской церкви. Теперь она призвана к более активному свидетельству о Христе, к духовному обновлению, которое возможно только в единстве: «Споры и столкновения следует оставить в прошлом. Открывается новая глава единства, и наш общий долг — воодушевлять всех на согласие, чтобы единство Армянской церкви сияло, подобно ослепительному свету солнца».
Такой призыв к единству со стороны нового католикоса, который родился и жил в диаспоре, был воспитан в семинарии Антелиаса и в течение 18 лет был католикосом Киликийским, имел чрезвычайно важное значение. В период конфликта между двумя католикосатами молодой священник Гарегин защищал автономию престола Антелиаса; впоследствии, однако, будучи католикосом Киликийским, он стремился к сближению с главным престолом Армянской церкви. В 1988 году оба католикоса подписали документ, в котором признали законность и независимость их престолов друг от друга, а также «первенство чести» Эчмиадзина. Став Католикосом Всех Армян, Гарегин I поистине самой своей личностью символизировал единство Армянской церкви и всего армянского народа.
После его избрания на Эчмиадзинский престол кафедру католикоса Великого Дома Киликии занимает армянский архиепископ Ливана Арам Кешишян, его ученик и сподвижник, очень известный в международных экуменических кругах.
Во время своего короткого патриаршества Гарегин I успевает совершить многое. Большое внимание он уделяет подготовке священников, обновляя семинарию в Эчмиадзине, в которой сам преподает. Он основывает центр христианского образования для мирян (детей, молодежи и взрослых), организовывает курсы для преподавателей катехизиса, расширяет типографию и способствует более активной деятельности издательства — при нем число печатных публикаций каталикосата резко возрастает. Католикос посещает многие епархии Армении и диаспоры и учреждает новые — на территории бывшего Советского Союза и за рубежом. Он лично проповедует, используя для этого все возможные средства: пишет, выступает по государственному телевидению и радио. Таким образом, Армянская церковь, которая многие годы была вынуждена молчать и почти бездействовать, вновь обретает в лице католикоса свое место главного действующего лица и наставника нации.
Гарегин I всегда активно вел диалог с другими конфессиями за единство христиан; он и в Эчмиадзине прилагает много усилий для того, чтобы Армянская церковь активно участвовала в работе экуменических организаций, а также лично посещает глав различных Церквей. Он два раза приезжает в Рим, чтобы встретиться с папой Иоанном Павлом II. 13 декабря 1996 года он вместе с римским первосвященником подписывает декларацию по христологии. С богословской точки зрения такая декларация не несет в себе ничего нового, поскольку Армянская церковь в ходе своей истории бесчисленное множество раз повторяла, что она исповедует ту же веру, что и остальные Церкви — хотя и в иной догматической формулировке, — веру во Христа как истинного Человека и истинного Бога. И все же, с точки зрения исторической, эта совместная декларация имеет первостепенное значение, поскольку она кладет конец недоразумению, продолжавшемуся 15 веков.
В момент его избрания думалось, что Гарегин I будет тем католикосом, который введет Армянскую церковь в новый век и, главное, будет ее возглавлять в 2001 году, во время празднования великого юбилея — 1700-летия крещения Армении. Но 29 июня 1999 года после тяжелой болезни он умирает.
Тем временем уже изменился и глава государства. Перед независимой Арменией с самого начала встают серьезные экономические проблемы. Продолжается кризис в отношениях с Азербайджаном, последовавший за объявлением независимости Карабаха, что приводит к экономической блокаде страны. Помимо человеческих жертв и материальных расходов, последствием войны с Азербайджаном стало огромное количество беженцев: в ходе всего армяно-азербайджанского конфликта 160 000 азербайджанцев покинули Армению и 500 000 армян уехали из Азербайджана и находятся сейчас в Армении.
В феврале 1998 года Левон Тер-Петросян уходит в отставку. 30 марта на его место избирается Роберт Кочарян. Он в ноябре 1996 года был избран президентом Нагорно-Карабахской Республики и выступал против плана урегулирования конфликта между двумя республиками, предложенного Организацией за Безопасность и Сотрудничество в Европе (ОБСЕ). С марта 1997 года он был премьер-министром Республики Армения.