Операция по вывозу армянского населения будет продолжаться все лето и остановится только после провала путча в августе 1991 года, когда многие ответственные работники Министерства обороны будут смещены.
Как это ни парадоксально, именно в то время, когда советские войска содействуют азербайджанцам в проведении операций по этнической чистке, 5 июня советский президент Горбачев получает в Осло Нобелевскую премию мира. Он использует эту возможность, чтобы попросить страны Запада о внушительной поддержке России для обеспечения успешного исхода перестройки.
Но через два с половиной месяца перестройка заканчивается попыткой государственного переворота со стороны консервативного крыла правительства: 19 августа вице-президент Г. Янаев, премьер-министр В. Павлов, председатель КГБ В. Крючков и министры внутренних дел и обороны изолируют Горбачева и объявляют чрезвычайное положение во многих районах страны. Государственный переворот терпит поражение благодаря оппозиции граждан, которую возглавил президент России Б. Ельцин.
Последствием неудавшегося государственного переворота становится не только окончание давно уже противоречивой политики перестройки, но и исчезновение самого Советского Союза. Союзные республики одна за другой провозглашают свою независимость.
Армения также объявляет себя независимой республикой после референдума 21 сентября 1991 года; ее независимость немедленно признают Европейское Сообщество, Соединенные Штаты Америки и Турция. 16 октября президентом республики избирается Левон Тер-Петросян.
Тем временем, 2 сентября 1991 года, Верховный Совет Нагорного Карабаха уже провозгласил независимость области, которую 10 декабря подтверждает народный референдум. Однако международные организации до сих пор не признали Карабах как независимое государство.
После распада Советского Союза уже бывшие советские войска перестают поддерживать азербайджанский ОМОН и возвращаются на свои прежние позиции, оставив армян и азербайджанцев один на один друг с другом. Азербайджану не удается противостоять солдатам Карабаха и Армении, и он теряет около пятой части своей территории. Военные операции завершаются 12 мая 1994 года.
В Нагорном Карабахе после окончания войны пришлось восстанавливать с нуля не только жизнь общества, но и Церковь; в 1931 году, до начала великих сталинских чисток, в области насчитывалось 118 церквей и 276 священников. Начиная с 1932 года, с чрезвычайной быстротой разрушались и закрывались храмы, и в результате в Карабахе не осталось ни одной действующей армянской церкви.
Церковь в свободной Армении
Армянская церковь внешне оставалась в стороне от борьбы за воссоединение Карабаха с Арменией и за независимость республики. Члены Армянского Национального Движения тем не менее поддерживали связь с католикосом Вазгеном, который после референдума и победы на выборах Левона Тер-Петросяна благословил новое правительство. Вся Армянская церковь разделила радость обретения независимости; несомненно, именно это хотел подчеркнуть католикос во время церемонии освящения мира, организованной в Эчмиадзине через неделю после объявления результатов референдума 29 сентября 1991 года. По этому случаю Церковь выразила радость от имени всей нации, включая диаспору; на это указывало и присутствие рядом с католикосом Вазгеном католикоса Киликийского Гарегина II и армянских патриархов Иерусалимского и Константинопольского.
Уже в последние годы существования Советского Союза условия жизни Церкви радикально изменились. Государство больше не налагает на нее никаких ограничений, но Церковь сталкивается с новыми проблемами: бедностью населения, ненадежностью положения в связи с войной, с задачей восстановления страны после землетрясения. В это время отношения между двумя католикосатами становятся несравненно лучше, чем в прошлом, и католикос Гарегин II не упускает ни одного случая, чтобы засвидетельствовать свою солидарность с Католикосом Всех Армян.
18 августа 1994 года, в возрасте 86 лет, умирает католикос Вазген. В апреле 1995 года созывается Церковный Национальный Собор — впервые в свободной и независимой Армении. Именно тогда исполняется ровно 80 лет со времени геноцида армян в апреле 1915 года. 4 апреля Католикосом Всех Армян избирается Католикос Киликийский Гарегин II. 9 апреля, в Вербное воскресенье, он восходит на престол Эчмиадзина под именем Гарегина I.