Следующий, 1715 г. оказался для Ивана Михайловича неудачным – он попал в плен к шведам. Однако его вскоре обменяли на пленных шведских офицеров, и он продолжил службу, на сей раз кораблестроительную. В ноябре 1716 г. Иван Михайлович написал царю рапорт, свидетельствующий о его стараниях в кораблестроительном деле:
«Получил я, раб Твой, которое письмо… и против того Указа Твоего Царского Величества, принужден я, раб Твой, собрав у них, корабельных мастеров, рапорты такие, что при сем письме до Вашего Царского Величества посылаю. Я, раб Твой, их как возмог собрать к себе и был с ними в Сенате, и после того числа у них бываю и принуждаю, что плотников надлежит и работных людей, дабы толикое число было у мастеров при работах их в собрании в скором времени; и они, Г.г. Сенаторы принуждены иметь старание о том скорое… Еще Вашему Царскому Величеству доношу, что у которого мастера при корабельной работе сделано, и о том прилагаю рапорт же…»
Видя такое старание, государь назначил Ивана Михайловича в 1717 г. обер-сарваером, то есть главным инспектором строительства кораблей. Должность оказалась хлопотной настолько, что Головину даже пришлось в 1720 г. взять под личное управление Якорный завод. В дополнение к этому его в том же году назначили камер-советником в Адмиралтейств-коллегию. Таким образом, Иван Михайлович превратился из шутейного главного корабельного мастера во вполне профессионального специалиста в этой области.
В 1722 г. царь Петр взял Головина в Персидский поход. Иван Михайлович воспринял это как признание его заслуг в области кораблестроения и прощение царем его вины за венецианскую «учебу». Однако радоваться было еще рано. Во время плавания по Каспию Петр собственноручно бросил не умевшего плавать Головина в море, сказав при этом со смехом: «Опускается бас, чтоб похлебал каспийский квас!». Эта шутка будет встречена дружным смехом сопровождавших царя людей. Действительно смешно, ведь в каспийской воде много нефтепродуктов, отчего она имеет горький привкус. А вытащенный из воды Князь-бас понял, что до окончательного царского прощения еще далеко, если оно вообще когда-нибудь настанет. Правда, в 1723 г. император назначил Головина членом «Вышнего суда» для расследования и суда над бароном П. П. Шафировым, но назвать это прощением вряд ли возможно.
По достоинству Ивана Михайловича оценили при преемниках Петра Великого, после того как прекратили свое существование шутейные учреждения вроде «Всешутейшего, Всепьянейшего и Сумасброднейшего собора», а его прозвище Бас стало забываться. Императрица Екатерина I назначила Головина генерал-кригскомиссаром флота, пожаловала ему соответствующий чин вице-адмирала и кавалерские знаки вновь учрежденного в мае 1725 г. ордена Святого благоверного Александра Невского.
Императрица Анна Иоанновна в день своей коронации 28 апреля 1730 г. пожаловала Головину чин генерал-аншефа при отставке от службы. Однако через два с небольшим года, 18 августа 1732 г., Ивана Михайловича вновь пригласили на службу с переименованием в адмиралы и назначением его командующим Балтийским галерным флотом. В этой должности он служил до самой смерти в 1737 г.
Иван Михайлович был женат дважды. Первый раз на Марии Петровне Дорошенко, дочери гетмана П. Д. Дорошенко. От этого брака родился сын Иван, который дослужился до чина генерал-майора. Второй супругой Ивана Михайловича стала Мария Богдановна Глебова (родная сестра капитана Степана Глебова, посаженного по повелению царя Петра на кол). После восшествия на трон императрицы Елизаветы Петровны Мария Богдановна вошла в ее близкий круг за умение нежно почесывать пятки императрице. От брака с Марией Богдановной в семье родились дети – Наталья, Евдокия, Ольга и Александр. Евдокия вышла замуж за гвардейского сержанта Александра Петровича Пушкина и стала прабабушкой великого русского поэта. Дочь Ольга вышла замуж за князя Юрия Юрьевича Трубецкого, и их сын Дмитрий стал прадедом Льва Николаевича Толстого.