Строительство оборонительных сооружений на этом не закончилось. К 1706 г. на острове Котлин появилось еще пять артиллерийских батарей. В западной части острова построили три батареи – Александровскую (святого Александра Невского), Толбухина и Островского, а на южной стороне, напротив форта Кроншлот, две – Ивановскую (святого Яна) и Лесную (Петровскую). В 1712 г. в крепости на острове Котлин находились 231 пушка и три мортиры. Комендант острова – бригадир Василий Иванович Порошин, которому подчинялись полковники Федот Семенович Толбухин (Толбугин) и Григорий Григорьевич Островский (Астровский). Численность гарнизона острова составляла 2500 человек.
С размещением на острове людей здесь стали строить казармы для солдат, домики армейских и флотских начальников, различные хозяйственные объекты. Все постройки, включая домик государя, не сохранившийся до нашего времени, были деревянными. Постройки находились преимущественно на берегу моря. К 1710 г. возведено около 80 жилых домов.
16 января 1712 г. государь повелел Сенату «объявить шляхетским тысячи домам, купетским лучшим пятистам, средним пяти же стам, рукомесленным всяких дел тысячи домам (из которых половина те, которые заводы имеют, яко кожевенники и проч.), что им жить на Котлине острове по окончании сей войны, и даны им будут дворы готовые за их деньги, а шляхетству дворы и земли под деревни (последние без денег), и кой час будет, даст Бог, мир, тотчас будут переведены и для того сказывают заранее, чтобы никто неведением не отговаривался и для того кто хочет, чтоб на первой приезд в Петербурхе строили себе некоторое строенье, сей выбор людей надлежит без поманки выбрать под потерянием живота, чести и пожитков, кто недостойных в сей перевод напишет». В августе того же года Сенат составил список 1212 именитых дворян и бояр, которые должны поселиться на острове Котлин по окончании войны. Государь решил основное население Петербурга разместить на Котлине, а на берегах Невы оставить работающих на предприятиях, войска гарнизона и гвардейские полки.
Для претворения в жизнь плана застройки острова ввели особые налоги «на строительство домов на Котлине», а также налог на содержание определенных к строительству мастеровых. Также на острове построили кирпичный завод. Руководить заводом поставили князя Юрия Щербатова.
23 января 1712 г. государь подписал указ Сенату «о высылке из всех губерний работных людей для строительства укреплений и жилья на острове Котлине».
В 1713 г. в Петербург приехал специально приглашенный для ведения работ на Котлине немецкий архитектор Андреас Шлютер. К сожалению, его творческий путь здесь был очень короток, в следующем, 1714 г. он скончался от тифа и был похоронен на иноверческом кладбище при Сампсониевском соборе (могила не сохранилась). Главной работой Шлютера в Петербурге стал проект города-порта на острове Котлин. Согласно этому проекту, по главной оси должен был проходить канал, над которым планировалось возвести маяк высотой, в два раза превышавшей Петропавловский собор. Кроме того, Шлютер разработал проекты каменных типовых секционных домов, получивших название «губернских», поскольку финансирование их строительства велось за счет российских губерний.
Эти трехэтажные здания возводились в несколько рядов в глубь острова под руководством сенатора М. М. Самарина, при наблюдении архитекторов И. Браунштейна и Х. Конрада. Таких зданий, построенных из-за экономии кирпича вплотную друг к другу, было возведено 70, и 47 из них дожили (в несколько измененном виде) до наших дней. Губернские дома предназначались для заселения прежде всего ближайшими сподвижниками государя – адмирала Крюйса, князя Ромодановского, канцлера Головкина, вице-адмирала Гордона, генерал-адъютанта Апраксина, генерал-прокурора Ягужинского и прочих. Также дома заселялись офицерами, купцами и знатными мастерами разных ремесел.
Продолжалось строительство крепостных сооружений. В 1715 г. приступили к возведению крепости «Новый Кроншлот» под руководством капитана Эдварда Лейна. Государь внимательно следил за ходом строительства на острове. В 1715 г. он побывал здесь 14 раз. Форт «Новый Кроншлот» окончательно построили только в 1724 г. В 1721 г. начали строить форт «Цитадель» против Ивановской батареи, с целью защитить построенные гавани и усилить защиту фарватера.
В 1717 г. на острове был основан морской госпиталь. В январе 1733 г. при нем открыли госпитальную лекарскую школу – первое военно-морское медицинское учебное заведение страны. В 1719 г. в основном окончили строительство гаваней и начали строительство канала и дока. К 1723 г. остров Котлин имел на вооружении 358 пушек, 11 гаубиц и 19 мортир. Его гарнизон составил 2700 человек. По своей мощи остров Котлин превосходил все русские крепости.