Несколько позже, в 1:12, 22 июня нарком направляет на флоты куда более пространную директиву № зн/88. В ней во многом копировал документ, направленный сухопутным войскам приграничных округов. В ней говорилось: «В течение 22.6—23.6 возможно внезапное нападение немцев. Нападение немцев может начаться с провокационных действий. Наша задача — не поддаваться ни на какие провокационные действия, могущие вызвать крупные осложнения. Одновременно флотам и флотилиям быть в полной боевой готовности встретить возможный удар немцев или их союзников. Приказываю, перейдя на оперативную готовность № 1, тщательно маскировать повышение боевой готовности. Ведение разведки в чужих территориальных водах категорически запрещаю. Никаких других мероприятий без особого распоряжения не проводить».
Тем самым предыдущий простой и всем понятный приказ во многом дезавуировался. В директиве появляется лукавое словосочетание «не поддаваться на провокации» и предложение тщательно маскировать повышение боевой готовности. В обстановке перехода от мира к войне это могло привести к весьма печальным последствиям. Но к счастью, советский флот не был приоритетной целью немецкой авиации в первые часы войны.
Первый день войны в Таллине прошел очень спокойно. Ю. С. Руссин, служивший на подводной лодке типа «М» («малютки»), вспоминал: «В субботу, 21 июня, 1941 г. личный состав подводных лодок жил по обычному распорядку дня. Вечером одна часть личного состава находилась в увольнении на берегу, другая — несла дежурно-вахтенную службу и отдыхала в кубриках на плавбазах. Никто не мог предположить, что это последний мирный день, что следующий день станет поворотным в судьбе каждого, в судьбе всей страны.
В 23 часа 37 минут на кораблях флота прозвучали колокола громкого боя. Должен заметить, что мы нередко слышали такие сигналы и были в какой-то мере привычны к ним. Еще 19 июня по приказанию из Москвы Балтийский флот был переведен на боевую готовность № 2. Ранее тревоги проводились как учебные, и личный состав выполнял свои обязанности в установленной последовательности. Но на этот раз боевая тревога всех насторожила. Она отозвалась в сердце каждого. И действительно, в ту ночь флот переходил на боевую готовность № 1.
В течение всей ночи личный состав „малюток“ не смыкал глаз, ожидая боевого приказа. Многие догадывались, что назревают чрезвычайные события. В Таллине было тихо, но, как мы узнали позже, в предутренние часы гитлеровцы уже бомбили с воздуха советские города и военно-морские базы».
Блокирование выходов из Финского залива требовало большого числа мин и даже при постановке сотен мин было неплотным. Поэтому минные заграждения «Апольда» и «Корбета» были дополнены постановкой минных полей у выходов из баз советского военно-морского флота. Минирование подступов к Кронштадту и Таллину при начертании границы в июне 1941 г. было для Люфтваффе практически невыполнимой задачей. Аэродромы в Восточной Пруссии находились слишком далеко, за пределами дальности полета бомбардировщиков. Задача могла быть решена только с помощью финнов. Операция была заранее подготовлена Люфтваффе совместно со штабом военно-воздушных сил Финляндии. Самолеты-минзаги поднялись в воздух раньше основных сил Люфтваффе, их полет начался в 00:10 22 июня. 14 «Юнкерсов-88» из состава Kampfgruppe-806 поднялись с аэродрома в Восточной Пруссии и взяли курс на Кронштадт. Внезапность была достигнута за счет того, что на заключительном этапе полет выполнялся на малой высоте и заход на Кронштадт был осуществлен со стороны Ленинграда. Застигнутая врасплох советская зенитная артиллерия не сделала ни одного выстрела. 28 магнитных мин были сброшены как на полигоне. Находившийся в ведущем самолете финский офицер связи вывел группу на аэродром Утти для дозаправки. Вечером 22 июня немецкие самолеты вернулись в Восточную Пруссию.